Жаңалықтар

Транспозициялық элементті (ТЭ) күшейту геном мөлшерінің кеңеюіне және эволюциясына делдалдық қозғаушы күш ретінде танылды, бірақ 3D геномдық архитектураны қалыптастырудың салдары өсімдіктерде негізінен белгісіз болып қалады.Мұнда біз геном мөлшері үш есе болатын мақтаның үш түріне арналған анықтамалық геномдық жинақтарды хабарлаймыз, атап айтқандаGossypium rotundifolium(K2),G. дендропарк(A2), жәнеG.raimondii(D5), Oxford Nanopore Technologies көмегімен.Салыстырмалы геномдық талдаулар геном өлшемдерінің үлкен айырмашылықтарына ықпал ететін тектік-спецификалық TE күшейту мәліметтерін құжаттайды (K2, 2,44 Гб; A2, 1,62 Гб; D5, 750,19 Мб) және салыстырмалы түрде сақталған ген мазмұны мен геномдар арасындағы синтениялық қатынастарды көрсетеді.Біз синтендік гендердің шамамен 17% белсенді («A») және белсенді емес («В») бөлімдер арасында хроматин күйінің өзгеретінін анықтадық, ал TE күшейту гендік аймақтардағы (~ 7 000 ген) А бөлімі үлесінің ұлғаюымен байланысты болды. ) D5-ке қатысты K2 және A2.Үш геномның арасында топологиялық ассоциацияланатын домен (TAD) шекараларының тек 42%-ы ғана сақталған.Біздің деректеріміз тектік спецификалық TAD шекараларының қалыптасуынан кейін TE-нің жақында күшейтілгенін білдіреді.Бұл зерттеу өсімдіктердегі жоғары ретті хроматин құрылымының эволюциясындағы транспозондық геномның кеңеюінің рөлін ашады.