Метагеномикалық реттілік-нанопора
Қызметтің артықшылықтары
● Жоғары сапалы құрастыру - түрлерді анықтау және функционалды генді болжау дәлдігін арттыру
● Жабық бактериялық геномды оқшаулау
● Әртүрлі салада неғұрлым күшті және сенімді қолдану, мысалы, патогендік микроорганизмдерді немесе антибиотиктерге төзімділікке қатысты гендерді анықтау
● Салыстырмалы метагеномды талдау
Қызмет сипаттамалары
| Платформа | Тізбектеу | Ұсынылған деректер | Айналым уақыты |
| Нанопора | ONT | 6 Г/10 Г | 65 жұмыс күні |
Биоинформатикалық талдаулар
● Шикі деректер сапасын бақылау
● Метагеном жинағы
● Артық емес гендер жинағы және аннотация
● Түрлердің әртүрлілігін талдау
● Генетикалық функциялардың әртүрлілігін талдау
● Топаралық талдау
● Эксперименттік факторларға қатысты ассоциациялық талдау
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар:
ҮшінДНҚ сығындылары:
| Үлгі түрі | Сома | Шоғырлану | Тазалық |
| ДНҚ сығындылары | 1-1,5 мкг | ＞ 20 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Қоршаған ортаның үлгілері үшін:
| Үлгі түрі | Ұсынылатын сынама алу процедурасы |
| Топырақ | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Қалған қурап қалған затты бетінен алып тастау керек;Үлкен бөліктерді ұсақтап, 2 мм сүзгіден өткізіңіз;Брондау үшін стерильді EP-түтіктегі немесе циротүтіктегі аликвоттық үлгілер. |
| Нәжіс | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға үлгілерді жинаңыз және аликвотты алыңыз. |
| Ішек мазмұны | Үлгілерді асептикалық жағдайда өңдеу керек.Жиналған тіндерді PBS көмегімен жуыңыз;PBS-ті центрифугалаңыз және тұнбаны EP-түтіктерге жинаңыз. |
| Шлам | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға шлам үлгісін жинап алыңыз |
| Су қоймасы | Кран суы, құдық суы және т.б. сияқты микроб мөлшері шектеулі үлгі үшін кем дегенде 1 л су жинап, мембранадағы микробты байыту үшін 0,22 мкм сүзгіден өткізіңіз.Мембрананы стерильді түтікте сақтаңыз. |
| Тері | Терінің бетін стерильді мақта тампонымен немесе хирургиялық пышақпен абайлап қырыңыз және оны стерильді түтікке салыңыз. |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Үлгілерді сұйық азотта 3-4 сағат мұздатып, сұйық азотта немесе -80 градусқа дейін ұзақ мерзімді резервте сақтаңыз.Құрғақ мұзбен үлгіні тасымалдау қажет.
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
1.Жылу картасы: Түрлердің байлығын топтастыру
2. KEGG метаболикалық жолдарына аннотацияланған функционалдық гендер
3.Түрлердің корреляциялық желісі
4. CARD антибиотикке төзімділік гендерінің циркосы
BMK ісі
Нанопора метагеномикасы төменгі тыныс жолдарының бактериялық инфекциясын жылдам клиникалық диагностикалауға мүмкіндік береді
Жарияланды:Табиғат биотехнологиясы, 2019 ж
Техникалық көрсеткіштер
Тізбектеу: Nanopore MinION
Клиникалық метагеномика биоинформатика: хост ДНҚ-сының сарқылуы, WIMP және ARMA талдауы
Жылдам анықтау: 6 сағат
Жоғары сезімталдық: 96,6%
Негізгі нәтижелер
2006 жылы төменгі тыныс жолдарының инфекциясы (ТЖ) дүние жүзінде 3 миллион адамның өліміне себеп болды.LR1 қоздырғышын анықтаудың типтік әдісі культивация болып табылады, оның сезімталдығы нашар, айналу уақыты ұзақ және антибиотикалық терапияның ерте кезеңдерінде нұсқаулар жоқ.Жылдам және дәл микробтық диагностика ұзақ уақыт бойы шұғыл қажеттілік болды.Шығыс Англия университетінің докторы Джастин және оның серіктестері патогенді анықтаудың нанопора негізіндегі метагеномдық әдісін сәтті жасады.Олардың жұмыс процесіне сәйкес, иесінің ДНҚ-ның 99,99% таусылуы мүмкін.Патогендерді және антибиотиктерге төзімді гендерді анықтау 6 сағатта аяқталуы мүмкін.
Анықтама
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Айдын, A., & O'Grady, J.(2019).Нанопора метагеномикасы төменгі тыныс жолдарының бактериялық инфекциясын жылдам клиникалық диагностикалауға мүмкіндік береді.Табиғат биотехнологиясы, 37(7), 1.
