Hi-C негізіндегі геномдық ассамблея
Қызметтің артықшылықтары
Hi-C шолуы
(Либерман-Айден Е және т.б.,Ғылым, 2009)
● Контигті бекіту үшін генетикалық популяцияны құрудың қажеті жоқ;
● Маркердің жоғары тығыздығы 90%-дан жоғары контигтерді бекіту коэффициентіне әкеледі;
● Қолданыстағы геномдық жинақтарды бағалауға және түзетуге мүмкіндік береді;
● Геномды жинақтаудағы жоғары дәлдікпен қысқа айналдыру уақыты;
● 500-ден астам түрге арналған 1000-нан астам Hi-C кітапханасының мол тәжірибесі;
● 760-тан астам жинақталған жарияланған импакт-факторы бар 100-ден астам сәтті істер;
● Полиплоидты геномға арналған Hi-C негізіндегі геномдық жинақ, алдыңғы жобада 100% бекіту жылдамдығына қол жеткізілді;
● Hi-C эксперименттері мен деректерді талдау үшін ішкі патенттер мен бағдарламалық құралдың авторлық құқықтары;
● Өздігінен әзірленген визуалды деректерді баптау бағдарламалық құралы блокты қолмен жылжытуға, кері айналдыруға, күшін жоюға және қайта жасауға мүмкіндік береді.
Қызмет сипаттамалары
|
Кітапхана түрі
|
Платформа | Оқу ұзақтығы | Стратегияны ұсыну |
| Сәлем С | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Биоинформатикалық талдаулар
● Шикі деректер сапасын бақылау
● Hi-C кітапханасының сапасын бақылау
● Hi-C негізіндегі геном жинағы
● Құрастырудан кейінгі бағалау
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар:
| Жануар | Саңырауқұлақ | Өсімдіктер
|
| Мұздатылған тін: әр кітапханаға 1-2 г Ұяшықтар: әр кітапханаға 1x 10^7 ұяшық | Мұздатылған ұлпа: әр кітапханаға 1 г | Мұздатылған тін: әр кітапханаға 1-2 г
|
| *Hi-C эксперименті үшін кемінде 2 аликвотты (әрқайсысы 1 г) жіберуді ұсынамыз. | ||
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қаңылтыр фольга ұсынылмайды)
Үлгілердің көпшілігі үшін этанолда сақтамауды ұсынамыз.
Үлгілерді таңбалау: Үлгілер нақты таңбалануы және ұсынылған үлгі ақпаратының пішінімен бірдей болуы керек.
Жеткізу: Құрғақ мұз: Үлгілерді алдымен қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
ДНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
*Мұнда көрсетілген демонстрациялық нәтижелердің барлығы Biomarker Technologies компаниясымен жарияланған геномдардан алынған
1.Hi-C өзара әрекеттесу жылу картасыCamptotheca acuminataгеном.Картада көрсетілгендей, өзара әрекеттесу қарқындылығы сызықтық қашықтықпен теріс корреляцияланады, бұл хромосома деңгейінің жоғары дәлдігін көрсетеді.(Анкерлік коэффициенті: 96,03%)
Канг М және т.б.Табиғат коммуникациялары, 2021
2.Hi-C арасындағы инверсиялардың валидациясы жеңілдетілдіGossypium hirsutumL. TM-1 A06 жәнеG. дендропаркChr06
Yang Z et al.,Табиғатпен байланыс, 2019 ж
3. SC205 маниок геномының жинақталуы және биаллельді дифференциациясы.Hi-C жылу картасы гомологтық хромосомалардың анық бөлінуін көрсетеді.
Ху В және т.б.Молекулярлық өсімдік, 2021
4. Ficus екі түрінің геномдық жиынындағы Hi-C жылу картасы:F.microcarpa(зәкірлік қатынасы: 99,3%) жәнеF.hispida (анкерлік қатынасы: 99,7%)
Чжан X және т.б.Ұяшық, 2020
BMK ісі
Баньян ағашы мен тозаңдатқыш араның геномдары інжір арасының коэволюциясы туралы түсінік береді
Жарияланды: Ұяшық, 2020
Тізбектеу стратегиясы:
F. microcarpa геномы: шамамен.84 X PacBio RSII (36,87 Гб) + Hi-C (44 Гб)
F. hispidaгеномы: шамамен.97 X PacBio RSII (36,12 Гб) + Hi-C (60 Гб)
Eupristina verticillataгеномы: шамамен.170 X PacBio RSII (65 Гб)
Негізгі нәтижелер
1. Екі баньян ағашы геномы және бір тозаңдатқыш ара геномы PacBio секвенциясы, Hi-C және байланыс картасы арқылы құрастырылды.
(1)F. microcarpaгеном: 426 Мб (болжалды геном мөлшерінің 97,7%) жинағы N50 контиг 908 Кб, BUSCO көрсеткіші 95,6% болып орнатылды.Барлығы 423 Мб реттілік Hi-C арқылы 13 хромосомаға бекітілді.Геномды аннотациялау 29 416 ақуызды кодтайтын генді берді.
(2)F. Hispidaгеном: 360 Мб (болжалды геном өлшемінен 97,3%) жинақ N50 контиг 492 Кб және BUSCO көрсеткіші 97,4% болатын кірістілік болды.Барлығы 359 Мб реттілік Hi-C арқылы 14 хромосомаға бекітілген және тығыздығы жоғары байланыс картасына өте ұқсас.
(3)Eupristina verticillataгеном: 387 Мб (болжалды геном өлшемі: 382 Мб) контиг N50 3,1 Мб және BUSCO көрсеткіші 97,7% болатын жинақ орнатылды.
2. Салыстырмалы геномикалық талдау екі арасындағы құрылымдық өзгерістердің көп санын анықтадыФикусбейімделу эволюциясын зерттеу үшін баға жетпес генетикалық ресурс беретін геномдар.Бұл зерттеу алғаш рет геномдық деңгейде інжір арасының коэволюциясы туралы түсінік берді.
 Екінің геномдық ерекшеліктері бойынша циркос диаграммасыФикусгеномдар, соның ішінде хромосомалар, сегменттік қайталанулар (SD), транспозондар (LTR, TEs, DNA TEs), ген экспрессиясы және синтения |  Y хромосомасының идентификациясы және жынысын анықтауға кандидат гені |
Чжан, X. және т.б.«Баньян ағашының және тозаңдандырғыш араның геномдары інжір арасының коэволюциясы туралы түсінік береді».183.4 ұяшығы(2020).
