Толық ұзындықтағы мРНҚ реттілігі-нанопора
Қызметтің артықшылықтары
● Төмен реттілік ауытқуы
● Толық ұзындықтағы кДНҚ молекулаларын ашу
● Транскрипттердің бірдей санын қамту үшін азырақ деректер қажет
● Бір генге бірнеше изоформаларды анықтау
● Изоформа деңгейіндегі өрнектерді сандық анықтау
Қызмет сипаттамалары
| Кітапхана | Платформа | Ұсынылған деректер өнімділігі (Гб) | Сапа бақылауы |
| cDNA-ПТР (поли-А байытылған) | Nanopore PromethION P48 | 6 Гб/үлгі (түрлерге байланысты) | Толық ұзындық қатынасы＞70% Орташа сапа баллы: Q10
|
Биоинформатикалық талдаулар
●Шикі деректерді өңдеу
● Транскриптті сәйкестендіру
● Баламалы жалғау
● Ген деңгейінде және изоформа деңгейінде экспрессияны сандық анықтау
● Дифференциалды өрнекті талдау
● Функцияның түсіндірмесі және байыту (DEG және DET)
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар:
Нуклеотидтер:
| Конс.(нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 100 | ≥ 0,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе жоқ. | Өсімдіктер үшін: RIN≥7,0; Жануарлар үшін: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; шектелген немесе жоқ бастапқы биіктік |
Тін: Салмағы (құрғақ): ≥1 г
*5 мг-ден аз тіндер үшін флэш мұздатылған (сұйық азотта) тін үлгісін жіберуді ұсынамыз.
Жасуша суспензиясы: жасуша саны = 3×106- 1×107
*Мұздатылған жасуша лизатын жөнелтуді ұсынамыз.Бұл ұяшық 5×10-нан аз болған жағдайда5, сұйық азотта мұздатылған жарқыл ұсынылады, бұл микро экстракция үшін қолайлы.
Қан үлгілері: көлемі≥1 мл
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қаңылтыр фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+қайталау, мысалы, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Жеткізу: 2、Құрғақ мұз: Үлгілерді қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
- RNAstable түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіруге және бөлме температурасында жөнелтуге болады.
Қызметтің жұмыс ағыны
Нуклеотидтер:
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Қызметтің жұмыс ағыны
Тін:
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
1.Дифференциалды өрнекті талдау -Вулкан сюжеті
Дифференциалды экспрессиялық талдауды дифференциалды экспрессияланған гендерді (DEGs) анықтау үшін ген деңгейінде де, дифференциалды анықтау үшін изоформа деңгейінде де өңдеуге болады.
экспрессиялық транскрипттер (DETs)
2.Иерархиялық кластерлік жылу картасы
3. Альтернативті сплайсинг идентификациясы және классификациясы
Astalavista арқылы баламалы қосылыс оқиғаларының бес түрін болжауға болады.
4.Альтернативті полиаденилдену (APA) оқиғаларын анықтау және поли-А жоғары ағынында 50 б.
BMK ісі
Нанопораның толық ұзындықтағы транскриптомды секвенирлеуі арқылы альтернативті сплайсинг идентификациясы және изоформа деңгейіндегі сандық анықтау
Жарияланды:Табиғат коммуникациялары, 2020
Тізбектеу стратегиясы:
Топтастыру: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E мутациясы);3. Қалыпты В-жасушалар
Тізбектеу стратегиясы: MinION 2D кітапхана секвенирлеуі, PromethION 1D кітапхана секвенциясы;бірдей үлгілерден алынған қысқаша оқылатын деректер
Тізбектеу платформасы: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;
Негізгі нәтижелер
1.Изоформа деңгейіндегі альтернативті сплайсинг идентификациясы
Ұзақ оқылатын тізбектер мутантты SF3B1 идентификациясына мүмкіндік бередіK700E- изоформа деңгейінде өзгерген қосылыс орындары.35 балама 3′SS және 10 балама 5′SS SF3B1 арасында айтарлықтай дифференциалданғандығы анықталды.K700Eжәне SF3B1WT.35 өзгерістің 33-і ұзақ оқылған тізбектер арқылы жаңадан ашылды.
2.Изоформа деңгейіндегі альтернативті сплайсингтің сандық көрсеткіші
SF3B1-де интронды ұстау (IR) изоформаларының экспрессиясыK700Eжәне SF3B1WTSF3B1-де ИҚ изоформаларының жаһандық төмендетілген реттелуін анықтай отырып, нанопора тізбегі негізінде сандық бағаланды.K700E.
Анықтама
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV және т.б.Созылмалы лимфоцитарлы лейкоздағы SF3B1 мутациясының толық ұзындықтағы транскрипттік сипаттамасы сақталған интрондардың [J] төмендеуін көрсетеді.Табиғат коммуникациялары.
