Платформа | Тізбектеу режимі | Қолданбалар |
Illumina Nova жүйесі | SE50 PE50 PE150 PE250 | 1. Бүкіл геномдарды жылдам тізбеу 2. Мақсатты аймақтарды терең реттілікке келтіру үшін үлкейтіңіз 3. Жаңа РНҚ нұсқаларын және сплайс сайттарын табу үшін РНҚ секвенирлеуін (RNA-Seq) пайдаланыңыз немесе ген экспрессиясын талдау үшін мРНҚ санын анықтаңыз 4. Геномдық ДНҚ метилденуі және ДНҚ-ақуыз әрекеттесуі сияқты эпигенетикалық факторларды талдаңыз. 5. Сирек соматикалық нұсқаларды, ісік субклондарын және т.б. зерттеу үшін қатерлі ісік үлгілерін реттілікпен орналастырыңыз. Адамдардағы немесе қоршаған ортадағы микробтардың әртүрлілігін зерттеу |
● Түрлі түрлері бар мыңдаған жабық жобалары бар Illumina секвенирлеу платформасында үлкен тәжірибе.
● Қысқа айналдыру уақыты бар жетілген реттілік процесі.
● Төменгі ағындағы биоинформатика талдау қызметтерін аяқтаңыз.
● Қатаң сапаны бақылау жүйесі: реттілік деректерінің қатаң QC стандарты.
Тізбектеу платформасы & Тізбектеу стратегиясы | Деректер көлемі |
Шоғырлану
| Көлемі | Сома | QC нәтижесі |
Novaseq жүйесі, жұптастырылған 150 бит | X≤30Гб | ≥1нг/мкл | ≥20 мкл | ≥20 нг | Білікті |
30 Гб < X≤100 Гб | ≥1нг/мкл | ≥25 мкл | ≥30 нг | ||
X>100 Гб | ≥2нг/мкл | ≥25 мкл | ≥50 нг |
Концентрация мен жалпы мөлшерге қоса, қолайлы шың үлгісі де қажет.
Платформа
|
Шоғырлану
| Көлемі | QC нәтижесі |
HiseqXten | ≥2,5нМ | ≥20 мкл | Білікті |
NovaSeq 6000 S4 | ≥2нМ | ≥30 мкл | |
NovaSeg 6000 SP | ≥2нМ | ≥30 мкл |
РНҚ үлгісінің деректер сапасын бағалау
Кесте 1. Деректерді тізбектеу бойынша статистика.
Үлгі идентификаторы | BMKID | Шикі оқиды | Шикі деректер (bp) | Таза оқулар (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99.14 | 94,85 | 36,67 |
C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4 415 360 100 | 96.00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
Сурет 1. Әрбір үлгідегі оқулар бойынша сапа таралуы
Сурет 2. Негізгі мазмұнды бөлу
Сурет 3. Деректерді реттілікте оқу мазмұнының таралуы