ДНҚ/РНҚ секвенирлеуі - PacBio Sequencer
Ерекше өзгешеліктері
PacBio секвенсеріндегі екі реттілік режимі: үздіксіз ұзақ оқу (CLR) және айналмалы консенсусты оқу (CCS)
| Тізбектеу режимі | Кітапхана өлшемі | Теориялық деректерӨнімділік (әр ұяшыққа) | Бір негіздіДәлдік | Қолданбалар |
| CLR | 20Кб, 30Кб және т.б. | 80 Гб-тан 130 Гб-қа дейін | Шамамен85% | De novo, SV қоңырауы және т.б. |
| CCS | 15-20 Кб | 14-40 Гб/ұяшық (II жалғасы) 70-110 Гб/ұяшық (Revio) Үлгілерге байланысты | Шамамен99% | De novo, SNP/Indel/SV шақыру, Iso-Seq, |
Revio және Sequel II өнімділігі мен ерекшеліктерін салыстыру
| Шарттар | II жалғасы жүйесі | Revio жүйесі | Арттыру |
| Жоғары тығыздық | 8 миллион ZMW | 25 миллион ZMW | 3x |
| Тәуелсіз кезеңдер | 1 | 4 | 4x |
| Қысқа жұмыс уақыттары | 30 сағат | 24 сағат | 1,25x |
| 30X HiFi адам геномы/жылына | 88 | 1300 | 1жалпы 5 есе |
Қызметтің артықшылықтары
● Түрлі түрлермен мыңдаған жабық жобалары бар PacBio секвенирлеу платформасында 8 жылдан астам тәжірибе.
● Жеткілікті реттілік өткізу қабілетіне кепілдік беру үшін ең соңғы PacBio Sequencing платформаларымен, Revioмен толық жабдықталған.
● Жылдамырақ өңдеу уақыты, жоғары деректер шығымы және дәлірек деректер.
● PacBio негізіндегі әсерлі жүздеген жарияланымдарға үлес қосты.
Үлгіге қойылатын талаптар
| Үлгі түрі | Сома | Концентрация （Qubit®） | Көлемі | Тазалық | Басқалар |
| Геномдық ДНҚ | Деректер талабына байланысты | ≥50 нг/мкл | ≥15мкл | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5； Мөлдір шыңы 260 нм,ластанулар жоқ | Концентрацияны Qubit және Qubit/Nanopor = 0,8-2,5 арқылы өлшеу керек. |
| Жалпы РНҚ | ≥1,2 мкг | ≥120 нг/мкл | ≥15мкл | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5；ластанулар жоқ | RIN мәні ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Қызметтің жұмыс процесі
Үлгіні дайындау
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Жобаны жеткізу
1.Үйдегі деректер кірісі
63 CCS жасушаларынан алынған деректер (26 түрден)
| ДЕРЕКТЕР-PacBio-CCS-15 Кб | Орташа | Макс | Мин | Медиана |
| Шығарылым - қосалқы оқулар (Гб) | 421.12 | 544,27 | 221.38 | 426,58 |
| Yiled - CCS(Гб) | 25.93 | 38,59 | 10.86 | 25.43 |
| Полимераз N50 | 145 651 | 175 430 | 118,118 | 144 689 |
| N50 қосымша оқулары | 17 509 | 23 924 | 12 485 | 17 584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19 034 | 9 876 | 14 747 |
| Орташа ұзындық – Полимераз | 67 995 | 89 379 | 49 664 | 66 433 |
| Орташа ұзындық-Қосымшалар | 15 866 | 21 036 | 11 657 | 16 012 |
| Орташа ұзындық-CCS | 14 489 | 19 074 | 8 575 | 14 655 |
16 CLR ұяшықтарынан алынған деректер (76 түрден)
| DATA-PacBio-CLR-30Кб | Орташа | Макс | Мин | Медиана |
| Шығарылым - қосалқы оқулар (Гб) | 142.20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Полимераз N50 | 39 456 | 121,191 | 15 389 | 35 231 |
| N50 қосымша оқулары | 28 490 | 41 012 | 14 430 | 29 063 |
| Орташа ұзындық – Полимераз | 22 063 | 48 886 | 8 747 | 21 555 |
| Орташа ұзындық-Қосымшалар | 17 720 | 27 225 | 8 293 | 17 779 |
2.Data QC – ДемоДеректер шығымы туралы статистика
| Үлгі | ccs Оқу саны | Жалпы ccs негіздері (bp) | ccs оқулары N50 (bp) | ccs Орташа ұзындық (bp) | ccs Ең ұзақ оқу (bp) | қосымша оқулар Негіздер (bp) | ccs мөлшерлемесі(%) |
| PB_BMKxxx | 3 444 159 | 54,164,122,586 | 15 728 | 15 726 | 36 110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
