Салыстырмалы геномика
Қызметтің артықшылықтары
● Ең жиі талап етілетін сегіз талдауды қамтитын кешенді талдаулар бумасы
● Нәтижелер бойынша егжей-тегжейлі және оңай түсінікті интерпретациямен талдаудағы жоғары сенімділік
● Жақсы жобаланған, басып шығаруға дайын сандар
● Жоғары білікті биоинформатика командасы әр түрлі жекелендірілген талдау талаптарын орындайды
● Талдау дәлдігі жоғарырақ айналдыру уақыты қысқарады
● 900-ден астам жинақталған жарияланған импакт-факторы бар 90-нан астам сәтті істердің мол тәжірибесі
Қызмет сипаттамалары
| Болжалды айналым уақыты | Түрлердің саны | Талдайды |
| 30 жұмыс күні | 6 - 12 | Гендік топтастыру Гендер отбасының кеңеюі және қысқаруы Филогенетикалық ағаш құрылысы Дивергенция уақытын бағалау (қазбаны калибрлеу қажет) LTR енгізу уақыты (өсімдіктер үшін) Тұтас геномның қайталануы (өсімдіктер үшін) Селективті қысым Синтениялық талдау |
Биоинформатикалық талдаулар
● Гендер отбасы
● Филогенетика
● Дивергенция уақыты
● Таңдамалы қысым
● Синтениялық талдау
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар:
Геномды секвенирлеу және құрастыру үшін тін немесе ДНҚ
Мата үшін
| Түрлер | Мата | Сауалнама | PacBio CCS |
| Жануар | Висцеральды ұлпа | 0,5 ~ 1 г | ≥ 3,5 г |
| Бұлшық ет тіні | |||
| ≥ 5,0 г | |||
| ≥ 5,0 мл | |||
| Сүтқоректілердің қаны | |||
| ≥ 0,5 мл | |||
| Құс еті/балық қаны | |||
| Өсімдік | Жаңа піскен жапырақ | 1 ~ 2 г | ≥ 5,0 г |
| Жапырақ/сабақ | 1 ~ 2 г | ≥ 10,0 г | |
| Тамыр/тұқым | 1 ~ 2 г | ≥ 20,0 г | |
| Жасушалар | Мәдени жасуша | - | ≥ 1 x 108 |
Деректер
Бір-бірімен тығыз байланысты түрлердің геном реттілігі файлдары (.fasta) және аннотация файлдары (.gff3)
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
*Мұнда көрсетілген демонстрациялық нәтижелердің барлығы Biomarker Technologies компаниясымен жарияланған геномдардан алынған
1.LTR кірістіру уақытын бағалау: сурет басқа түрлермен салыстырғанда Вайнинг қара бидай геномында LTR-RTs енгізу уақытының бірегей бимодальды таралуын көрсетеді.Ең соңғы шың шамамен 0,5 миллион жыл бұрын пайда болды.
Ли Гуан және т.б.Табиғат генетикасы, 2021
2. Чайоттың (Sechium edule) филогенезі және гендік отбасының талдауы: Чайотты және гендік отбасындағы басқа 13 туысты түрді талдау арқылы Чайоттың жылан асқабақпен (Trichosanthes anguina) жақын екені анықталды.Шамамен 27-45 Мя-да жылан асқабағынан алынған чайот және геномның толық қайталануы (WGD) 25±4 Мядағы шайотада байқалды, бұл cucuibitaceae-дағы үшінші WGD оқиғасы.
Фу А және т.б.Бау-бақша шаруашылығын зерттеу, 2021
3.Синтениялық талдау: Жеміс дамуындағы фитогормондарға қатысты кейбір гендер шайотта, жылан бақандай және асқабақтан табылды.Чайот пен асқабақ арасындағы корреляция шайот пен жылан асқабағына қарағанда біршама жоғары.
Фу А және т.б.Бау-бақша шаруашылығын зерттеу, 2021
4.Гендік отбасылық талдау: G.thurberi және G.davidsonii геномдарындағы гендік отбасының кеңеюі мен қысқаруы бойынша KEGG байыту стероидтар биосинтезі мен брассиностероидтар биосинтезіне қатысты гендер кеңейтілгенін көрсетті.
Yang Z et al.,BMC биологиясы, 2021
5.Тұтас геномның қайталануын талдау: 4DTV және Ks таралу талдауы геномның толық қайталану оқиғасын көрсетті.Түрішілік шыңдар қайталану оқиғаларын көрсетті.Түр аралық шыңдары түрлену оқиғаларын көрсетті.Талдау көрсеткендей, басқа үш жақын түрмен салыстырғанда, O. europaea жақында кең ауқымды гендік қайталанудан өткен.
Рао Г және т.б.Бау-бақша шаруашылығын зерттеу, 2021
BMK ісі
Шанақсыз раушан: ылғалға бейімделумен байланысты геномдық түсініктер
Жарияланды: Ұлттық ғылыми шолу, 2021
Тізбектеу стратегиясы:
БасьеТікенсіз' (Р.Вичурайнан) геномы:
Шамамен93 X PacBio + шамамен.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Негізгі нәтижелер
1.Жоғары сапалы R.wichuraiana геномы ұзақ оқылатын секвенирлеу әдістерін қолдану арқылы құрастырылды, ол 530,07 Мб жиынды береді (болжалды геном өлшемі ағын цитометриясы бойынша шамамен 525,9 Мб және геномды зерттеу бойынша 525,5 болды； гетероздылық %).BUSCO бағалау көрсеткіші 93,9% құрады.«Ескі қызарумен» (haploOB) салыстырғанда, бұл геномның сапасы мен толықтығы базалық бір негізді дәлдікпен және LTR құрастыру индексімен (LAI=20,03) расталды.R.wichuraiana геномында 32674 белокты кодтайтын ген бар.
2. Салыстырмалы геномикадан, транскриптомикадан, генетикалық популяцияның QTL талдауынан тұратын мульти-омикалық бірлескен талдау R. wichuraiana мен Rosa chinensis арасындағы шешуші ерекшелікті анықтады.Сондай-ақ, QTL-дегі байланысты гендердің экспрессиялық вариациясы сабақтың шаншу үлгісімен байланысты болуы мүмкін.
Basye;s Thornless және Rosa chinensis арасындағы салыстырмалы геномикалық талдау, оның ішінде синтениялық талдау, гендік отбасылық кластер, кеңею және қысқару талдауы раушан гүлдеріндегі маңызды белгілерге қатысты көптеген вариацияларды анықтады.NAC және FAR1/FRS гендер тобының бірегей кеңеюі қара нүктеге төзімділікпен байланысты болуы мүмкін.
BT және haploOB геномдары арасындағы салыстырмалы геномикалық талдау.
Чжун, М., т.б.«Тұқымсыз раушан: ылғалға бейімделумен байланысты геномдық түсініктер»Ұлттық ғылыми шолу, 2021;, nwab092.
