16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Қызметтің артықшылықтары
● 16S/18S/ITS толық метражды тізбегін көрсететін ұзақ оқулар
● PacBio CCS режимінің реттілігімен жоғары дәлдікпен негізгі қоңырау шалу
● OTU/ASV аннотациясындағы түр деңгейіндегі ажыратымдылық
● Дерекқор, аннотация, OTU/ASV тұрғысынан әртүрлі талдаулары бар соңғы QIIME2 талдау ағыны.
● Әртүрлі микробтық қауымдастықты зерттеуге қолданылады
● BMK топырақты, суды, газды, шламды, нәжісті, ішектерді, теріні, ашыту сорпасын, жәндіктерді, өсімдіктерді және т.б. қамтитын 100 000-нан астам сынамалармен үлкен тәжірибеге ие.
● BMKCloud 45 жекелендірілген талдау құралын қамтитын деректерді түсіндіруді жеңілдетеді
Қызмет сипаттамалары
| ТізбектеуПлатформа | Кітапхана | Ұсынылған деректер | Айналым уақыты |
| PacBio жалғасы II | SMRT-қоңырау | 5K/10K/20K тегтері | 44 жұмыс күні |
Биоинформатикалық талдаулар
● Шикі деректер сапасын бақылау
● OTU кластерлеу/шуды жою (ASV)
● OTU аннотациясы
● Альфа әртүрлілігі
● Бета әртүрлілігі
● Топ аралық талдау
● Эксперименттік факторларға қатысты ассоциациялық талдау
● Функция генін болжау
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар:
ҮшінДНҚ сығындылары:
| Үлгі түрі | Сома | Шоғырлану | Тазалық |
| ДНҚ сығындылары | ＞ 1 мкг | ＞ 20 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Қоршаған ортаның үлгілері үшін:
| Үлгі түрі | Ұсынылатын сынама алу процедурасы |
| Топырақ | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Қалған қурап қалған затты бетінен алып тастау керек;Үлкен бөліктерді ұсақтап, 2 мм сүзгіден өткізіңіз;Брондау үшін стерильді EP-түтіктегі немесе циротүтіктегі аликвоттық үлгілер. |
| Нәжіс | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға үлгілерді жинаңыз және аликвотты алыңыз. |
| Ішек мазмұны | Үлгілерді асептикалық жағдайда өңдеу керек.Жиналған тіндерді PBS көмегімен жуыңыз;PBS-ті центрифугалаңыз және тұнбаны EP-түтіктерге жинаңыз. |
| Шлам | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға шлам үлгісін жинап алыңыз |
| Су қоймасы | Кран суы, құдық суы және т.б. сияқты микроб мөлшері шектеулі үлгі үшін кем дегенде 1 л су жинап, мембранадағы микробты байыту үшін 0,22 мкм сүзгіден өткізіңіз.Мембрананы стерильді түтікте сақтаңыз. |
| Тері | Терінің бетін стерильді мақта тампонымен немесе хирургиялық пышақпен абайлап қырыңыз және оны стерильді түтікке салыңыз. |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Үлгілерді сұйық азотта 3-4 сағат мұздатып, сұйық азотта немесе -80 градусқа дейін ұзақ мерзімді резервте сақтаңыз.Құрғақ мұзбен үлгіні тасымалдау қажет.
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
1. V3+V4(Illumina) негізіндегі микробтық қауымдастықтың профилін жасаудың аннотация жылдамдығы. Толық ұзындық (PacBio) негізіндегі профильдеу.
(Статистикаға кездейсоқ таңдалған 30 жобаның деректері қолданылды)
2. Түрлі үлгілердегі түр деңгейінде толық ұзындықтағы ампликонды секвенирлеудің аннотация жылдамдығы
3.Түрлердің таралуы
4. Филогенетикалық ағаш
BMK ісі
Мышьяктың әсері ішек тосқауылының бұзылуын тудырады және соның салдарынан ішек-бауыр осінің белсендірілуіне әкеледі, бұл үйректерде бауырдың қабынуы мен пироптозына әкеледі.
Жарияланды:Жалпы қоршаған орта туралы ғылым,2021
Тізбектеу стратегиясы:
Үлгілер: 8 мг/кг АТО әсер ететін топқа қарсы бақылау
Деректерді реттілік: барлығы 102 583 шикі CCS тізбегі
Бақылау: 54,518 ± 747 тиімді ОКҚ
ATO әсеріне ұшыраған : 45,050 ± 1675 тиімді CCS
Негізгі нәтижелер
Альфа әртүрлілігі:ATO экспозициясы үйректердің ішек микробтық байлығын және әртүрлілігін айтарлықтай өзгертті.
Метастатикалық талдау:
Филум деңгейінде: 2 бактерия филасы тек бақылау топтарында анықталды
Тұқым деңгейінде: 6 тұқымдас салыстырмалы көптігі бойынша айтарлықтай ерекшеленді
Түрлер деңгейінде: барлығы 36 түр анықталды, олардың 6-ы салыстырмалы түрде айтарлықтай ерекшеленеді
Анықтама
Thingholm, LB және т.б.«2 типті қант диабеті бар және онсыз семіз адамдар ішектің микробтық функционалдық мүмкіндіктері мен құрамын көрсетеді.»Жасуша хосты және микроб26.2(2019).
