მარკერის აღმოჩენის მაღალი ეფექტურობა- მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის ტექნოლოგია ეხმარება SLAF-Seq-ს მთელ გენომში ასობით ათასი ტეგის აღმოჩენაში.
დაბალი დამოკიდებულება გენომზე- ის შეიძლება გამოყენებულ იქნას სახეობებზე, როგორც საცნობარო გენომით, ასევე მის გარეშე.
მოქნილი სქემის დიზაინი- ერთფერმენტიანი, ორმაგი ფერმენტი, მრავალფერმენტული მონელება და სხვადასხვა ტიპის ფერმენტები, ყველა შეიძლება შეირჩეს სხვადასხვა კვლევის მიზნის ან სახეობის დასაკმაყოფილებლად.სილიკოში წინასწარი შეფასება გამოიყენება ფერმენტის ოპტიმალური დიზაინის უზრუნველსაყოფად.
ეფექტური ფერმენტული მონელება- პირობების ოპტიმიზაციის მიზნით ჩატარდა წინასწარი ექსპერიმენტი, რაც ფორმალურ ექსპერიმენტს სტაბილურს და საიმედოს ხდის.ფრაგმენტების შეგროვების ეფექტურობამ შეიძლება მიაღწიოს 95% -ს.
თანაბრად განაწილებული SLAF ტეგები- SLAF ტეგები თანაბრად ნაწილდება ყველა ქრომოსომაში ყველაზე დიდი ზომით, რაც საშუალოდ აღწევს 1 SLAF 4 კბ-ზე.
გამეორებების ეფექტური თავიდან აცილება- SLAF-Seq მონაცემებში განმეორებითი თანმიმდევრობა მცირდება 5%-ზე დაბალზე, განსაკუთრებით გამეორებების მაღალი დონის მქონე სახეობებში, როგორიცაა ხორბალი, სიმინდი და ა.შ.
Დიდი გამოცდილება-2000-ზე მეტი დახურული SLAF-Seq პროექტი ასობით სახეობაზე, რომელიც მოიცავს მცენარეებს, ძუძუმწოვრებს, ფრინველებს, მწერებს, აკვა-ორგანიზმებს და ა.შ.
თვითგანვითარებული ბიოინფორმაციული სამუშაო პროცესი- SLAF-Seq-ისთვის ინტეგრირებული ბიოინფორმატიული სამუშაო პროცესი შეიქმნა BMKGENE-ის მიერ, რათა უზრუნველყოს საბოლოო გამომავალი სანდოობა და სიზუსტე.
Პლატფორმა | კონს.(ნგ/გლ) | სულ (ug) | OD260/280 |
Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(ტომი>15μl) | 1.6-2.5 |
თანმიმდევრობის სიღრმე: 10X/Tag
გენომის ზომა | რეკომენდებული SLAF ტეგები |
< 500 Mb | 100K ან WGS |
500 მბ-1 გბ | 100 კ |
1 გბ -2 გბ | 200 კ |
გიგანტური ან რთული გენომები | 300 - 400 ათასი |
აპლიკაციები
| რეკომენდირებულია მოსახლეობის მასშტაბი
| თანმიმდევრობის სტრატეგია და სიღრმე
| |
სიღრმე
| Მონიშნე ნომერი
| ||
GWAS
| ნიმუშის ნომერი ≥ 200
| 10X
|
Მიხედვით გენომის ზომა
|
გენეტიკური ევოლუცია
| თითოეულის ინდივიდები ქვეჯგუფი ≥ 10; სულ ნიმუშები ≥ 30
| 10X
|
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგა ტუბი
ნიმუშების უმეტესობისთვის ჩვენ გირჩევთ არ შეინახოთ ეთანოლში.
ნიმუშის მარკირება: ნიმუშები უნდა იყოს მკაფიოდ დატანილი და იდენტური იყოს წარმოდგენილი ნიმუშის ინფორმაციის ფორმისა.
გადაზიდვა: მშრალი ყინული: ნიმუშები ჯერ უნდა შეიფუთოს ჩანთებში და დამარხონ მშრალ ყინულში.
1. რუკის შედეგის სტატისტიკა
2. SLAF მარკერის განვითარება
3. ვარიაციის ანოტაცია
წელიწადი | ჟურნალი | IF | სათაური | აპლიკაციები |
2022 წელი | ბუნების კომუნიკაციები | 17.694 | ხის პეონის გიგა-ქრომოსომებისა და გიგა-გენომის გენომიური საფუძველი პაეონია ოსტიი | SLAF-GWAS |
2015 წელი | ახალი ფიტოლოგი | 7.433 | მოშინაურების კვალი ამაგრებს აგრონომიული მნიშვნელობის გენომიურ რეგიონებს სოიო | SLAF-GWAS |
2022 წელი | ჟურნალი Advanced Research | 12.822 | Gossypium barbadense-ის გენომის ფართო ხელოვნური ინტროგრესიები G. hirsutum-ში გამოავლენს უმაღლეს ლოკებს ბამბის ბოჭკოს ხარისხისა და მოსავლიანობის ერთდროული გასაუმჯობესებლად თვისებები | SLAF-ევოლუციური გენეტიკა |
2019 წელი | მოლეკულური მცენარე | 10.81 | პოპულაციის გენომიური ანალიზი და De Novo ასამბლეა ავლენს Weedy-ის წარმოშობას რაისი, როგორც ევოლუციური თამაში | SLAF-ევოლუციური გენეტიკა |
2019 წელი | ბუნების გენეტიკა | 31.616 | ჩვეულებრივი კობრის, Cyprinus carpio-ს გენომის თანმიმდევრობა და გენეტიკური მრავალფეროვნება | SLAF-Linkage რუკა |
2014 წელი | ბუნების გენეტიკა | 25.455 | კულტივირებული არაქისის გენომი იძლევა გარკვევას პარკოსნების კარიოტიპების, პოლიპლოიდების შესახებ ევოლუცია და მოსავლის მოშინაურება. | SLAF-Linkage რუკა |
2022 წელი | მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი | 9.803 | ST1-ის იდენტიფიკაცია ავლენს შერჩევას, რომელიც მოიცავს თესლის მორფოლოგიის ავტოსტოპს და ზეთის შემცველობა სოიოს მოშინაურების დროს | SLAF-მარკერის განვითარება |
2022 წელი | მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი | 6.208 | იდენტიფიკაცია და დნმ მარკერის განვითარება ხორბლის-Leymus mollis 2Ns-ისთვის (2D) დიზომური ქრომოსომის ჩანაცვლება | SLAF-მარკერის განვითარება |