პლატფორმა: Illumina NovaSeq პლატფორმა, PE150
ბიბლიოთეკის ტიპი: 350bp ჩასმული cDNA ბიბლიოთეკა (დამოკიდებულია პიკის განაწილებაზე)
თანმიმდევრობის სტრატეგია: Paired-End 150 bp
რეკომენდირებული მონაცემთა მოცულობა: 2 გბ ნედლეული მონაცემები/ნიმუში
(1) თანმიმდევრობის მონაცემების ხარისხის კონტროლი: ნუკლეოტიდის განაწილება, ბაზის ხარისხის განაწილება, rRNA თანაფარდობის შეფასება;
(2) თანმიმდევრობის გასწორების ანალიზი: გასწორების შედეგების სტატისტიკა, თანმიმდევრობის გაჯერება, თანმიმდევრობის დაფარვა;
(3) საცნობარო გენომის ანოტაცია (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);
(4) გამოხატვის ანალიზი: გამოხატვის განაწილება (ორი ან მეტი ნიმუშით), ექსპრესიის ანალიზი ნიმუშებს შორის (ვენის ანალიზი, კორელაციური ანალიზი, PCA ანალიზი);
(5) დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი (ორი ან მეტი ნიმუშით);
(6) გენების ნაკრების ანალიზი: ვენის ანალიზი, კლასტერული ანალიზი, ფუნქციის ანოტაციის ანალიზი (COG, GO, KEGG), ფუნქციის გამდიდრების ანალიზი (GO, KEGG), ფუნქციის გამდიდრების აკორდალური გრაფიკი, Ipath ანალიზი;
(7) sRNA ანალიზი: sRNA პროგნოზირება, sRNA ანოტაცია (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA მეორადი სტრუქტურის პროგნოზირება, sRNA სამიზნე გენის პროგნოზირება;
(8) ტრანსკრიპტის სტრუქტურის ანალიზი: ოპერონის ანალიზი, ტრანსკრიფციის დაწყების და დასრულების ადგილების პროგნოზირება, UTR ანოტაცია და ანალიზი, პრომოტერის თანმიმდევრობის პროგნოზირება, SNP/InDel ანალიზი (SNP/InDel ანოტაცია, SNP/InDel რეგიონული განაწილება, SNP სტატისტიკა).