-
ერთბირთვიანი რნმ-ის თანმიმდევრობა
ერთი უჯრედის დაჭერისა და ინდივიდუალური ბიბლიოთეკის აგების ტექნიკის წინსვლა მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობასთან ერთად იძლევა გენის ექსპრესიის შესწავლას უჯრედ-უჯრედზე.ის იძლევა უფრო ღრმა და სრულ სისტემურ ანალიზს უჯრედების კომპლექსურ პოპულაციებზე, რომლებშიც ის დიდწილად თავიდან აიცილებს მათი ჰეტეროგენურობის ნიღბვას ყველა უჯრედის საშუალო აღებით.
თუმცა, ზოგიერთი უჯრედი არ არის შესაფერისი ერთუჯრედიანი სუსპენზიის დასამზადებლად, ამიტომ ნიმუშის მომზადების სხვა მეთოდებია საჭირო - ბირთვის ამოღება ქსოვილებიდან, ანუ ბირთვი პირდაპირ ამოღებულია ქსოვილებიდან ან უჯრედიდან და მზადდება ერთბირთვიან სუსპენზიაში. უჯრედების თანმიმდევრობა.
BMK უზრუნველყოფს 10× Genomics ChromiumTM-ზე დაფუძნებული ერთუჯრედიანი რნმ-ის თანმიმდევრობის სერვისს.ეს სერვისი ფართოდ გამოიყენებოდა დაავადებებთან დაკავშირებული კვლევების კვლევებში, როგორიცაა იმუნური უჯრედების დიფერენციაცია, სიმსივნის ჰეტეროგენულობა, ქსოვილის განვითარება და ა.შ.
სივრცითი ტრანსკრიპტომის ჩიპი: 10× გენომიკა
პლატფორმა: Illumina NovaSeq პლატფორმა
-
მცენარეთა/ცხოველთა მთელი გენომის თანმიმდევრობა
მთლიანი გენომის ხელახალი თანმიმდევრობა, რომელიც ასევე ცნობილია როგორც WGS, საშუალებას იძლევა გამოავლინოს როგორც საერთო, ისე იშვიათი მუტაციები მთელ გენომზე, მათ შორის ერთნუკლეოტიდის პოლიმორფიზმი (SNP), ჩასმის წაშლა (InDel), სტრუქტურის ცვალებადობა (SV) და ასლის ნომრის ვარიაცია (CNV). ).SV-ები ქმნიან ვარიაციის ბაზის უფრო დიდ ნაწილს, ვიდრე SNP-ები და უფრო დიდ გავლენას ახდენენ გენომზე, რაც მნიშვნელოვან გავლენას ახდენს ცოცხალ ორგანიზმებზე.ხანგრძლივად წაკითხული თანმიმდევრობა იძლევა დიდი ფრაგმენტების და რთული ვარიაციების უფრო ზუსტი იდენტიფიკაციის საშუალებას, რადგან ხანგრძლივი წაკითხვა აადვილებს ქრომოსომების გადაკვეთას რთულ რეგიონებზე, როგორიცაა ტანდემი გამეორებები, GC/AT მდიდარი რეგიონები და ჰიპერცვლადი რეგიონები.
პლატფორმა: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 სივრცითი ტრანსკრიპტომა
სივრცითი ტრანსკრიპტომიკა დგას მეცნიერული ინოვაციების სათავეში, რაც მკვლევარებს აძლევს უფლებას ჩაუღრმავდნენ ქსოვილებში გენის ექსპრესიის რთულ შაბლონებს მათი სივრცითი კონტექსტის შენარჩუნებით.სხვადასხვა პლატფორმის ფონზე, BMKGene-მა შეიმუშავა BMKManu S1000 სივრცითი ტრანსკრიპტომის ჩიპი, რომელიც ამაყობსგაძლიერებული გარჩევადობა5 μM-ით, აღწევს უჯრედქვეშა დიაპაზონს და საშუალებას აძლევსმრავალ დონის რეზოლუციის პარამეტრები.S1000 ჩიპი, რომელიც შეიცავს დაახლოებით 2 მილიონ ლაქას, იყენებს მიკრობებს, რომლებიც ფენით არის დატვირთული მძივებით დატვირთული სივრცითი შტრიხკოდირებული დაჭერის ზონდებით.cDNA ბიბლიოთეკა, გამდიდრებული სივრცითი შტრიხკოდებით, მომზადებულია S1000 ჩიპიდან და შემდგომში დახარისხებულია Illumina NovaSeq პლატფორმაზე.სივრცითი შტრიხკოდირებული ნიმუშების და UMI-ების კომბინაცია უზრუნველყოფს გენერირებული მონაცემების სიზუსტესა და სპეციფიკას.BMKManu S1000 ჩიპის უნიკალური ატრიბუტი მდგომარეობს მის მრავალფეროვნებაში, გთავაზობთ მრავალ დონის გარჩევადობის პარამეტრებს, რომლებიც შეიძლება სრულყოფილად იყოს მორგებული სხვადასხვა ქსოვილებსა და დეტალების დონეზე.ეს ადაპტირება აყალიბებს ჩიპს, როგორც გამორჩეულ არჩევანს მრავალფეროვანი სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის კვლევებისთვის, რაც უზრუნველყოფს ზუსტი სივრცის კლასტერირებას მინიმალური ხმაურით.
BMKManu S1000 ჩიპის და სხვა სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის ტექნოლოგიების გამოყენებით, მკვლევარებს შეუძლიათ უკეთ გაიგონ უჯრედების სივრცითი ორგანიზება და რთული მოლეკულური ურთიერთქმედებები, რომლებიც ხდება ქსოვილებში, რაც უზრუნველყოფს ფასდაუდებელ ინფორმაციას ბიოლოგიური პროცესების საფუძველში ფართო სპექტრის სფეროებში, მათ შორის. ონკოლოგია, ნეირომეცნიერება, განვითარების ბიოლოგია, იმუნოლოგია და ბოტანიკური კვლევები.
პლატფორმა: BMKManu S1000 ჩიპი და Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium სივრცითი ტრანსკრიპტომა
სივრცითი ტრანსკრიპტომიკა არის უახლესი ტექნოლოგია, რომელიც მკვლევარებს საშუალებას აძლევს გამოიკვლიონ გენის ექსპრესიის შაბლონები ქსოვილებში, მათი სივრცითი კონტექსტის შენარჩუნებით.ამ დომენის ერთ-ერთი ძლიერი პლატფორმა არის 10x Genomics Visium ერთად Illumina თანმიმდევრობით.10X Visium-ის პრინციპი დევს სპეციალიზირებულ ჩიპზე დანიშნულ ადგილას, სადაც ქსოვილის სექციებია განთავსებული.დაჭერის ეს ზონა შეიცავს შტრიხკოდირებულ ლაქებს, თითოეული შეესაბამება უნიკალურ სივრცულ მდებარეობას ქსოვილში.ქსოვილიდან დატყვევებული რნმ-ის მოლეკულები შებრუნებული ტრანსკრიფციის პროცესის დროს იარლიყება უნიკალური მოლეკულური იდენტიფიკატორებით (UMIs).ეს შტრიხკოდირებული ლაქები და UMI-ები საშუალებას იძლევა ზუსტი სივრცითი რუქა და გენის ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრა ერთი უჯრედის გარჩევადობით.სივრცითი შტრიხკოდირებული ნიმუშებისა და UMI-ების კომბინაცია უზრუნველყოფს გენერირებული მონაცემების სიზუსტესა და სპეციფიკას.სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის ამ ტექნოლოგიის გამოყენებით მკვლევარებს შეუძლიათ მიიღონ უფრო ღრმა გაგება უჯრედების სივრცითი ორგანიზაციისა და ქსოვილებში არსებული რთული მოლეკულური ურთიერთქმედების შესახებ. და ბოტანიკური კვლევები.
პლატფორმა: 10X Genomics Visium და Illumina NovaSeq
-
სრული სიგრძის mRNA თანმიმდევრობა-ნანოპური
მიუხედავად იმისა, რომ NGS-ზე დაფუძნებული mRNA თანმიმდევრობა ემსახურება როგორც მრავალმხრივი ინსტრუმენტი გენის ექსპრესიის რაოდენობრივ განსაზღვრას, მისი დამოკიდებულება მოკლე წაკითხვაზე ზღუდავს მის ეფექტურობას რთულ ტრანსკრიპტომურ ანალიზებში.მეორეს მხრივ, ნანოფორის თანმიმდევრობა იყენებს ხანგრძლივად წაკითხულ ტექნოლოგიას, რაც საშუალებას იძლევა სრულმეტრაჟიანი mRNA ტრანსკრიპტების თანმიმდევრობა.ეს მიდგომა ხელს უწყობს ალტერნატიული სპლაისინგის, გენების შერწყმის, პოლი-ადენილაციისა და mRNA იზოფორმების რაოდენობრივ განსაზღვრას.
ნანოფორების თანმიმდევრობა ეყრდნობა ნანოპურ ერთმოლეკულიან რეალურ დროში ელექტრო სიგნალებს.საავტომობილო პროტეინებით ხელმძღვანელობით, ორჯაჭვიანი დნმ უერთდება ბიოფილმში ჩაშენებულ ნანოპურ პროტეინებს და იხსნება ნანოპურ არხში ძაბვის სხვაობის ქვეშ გავლისას.გამორჩეული ელექტრული სიგნალები, რომლებიც წარმოიქმნება დნმ-ის ჯაჭვზე სხვადასხვა ბაზებით, აღმოჩენილია და კლასიფიცირდება რეალურ დროში, რაც ხელს უწყობს ზუსტი და უწყვეტი ნუკლეოტიდების თანმიმდევრობას.ეს ინოვაციური მიდგომა გადალახავს მოკლე წაკითხვის შეზღუდვებს და უზრუნველყოფს დინამიურ პლატფორმას რთული გენომიური ანალიზისთვის, მოიცავს რთულ ტრანსკრიპტომიურ კვლევებს.
პლატფორმა: Nanopore Promethion P48
-
სრულმეტრაჟიანი mRNA თანმიმდევრობა - PacBio
მიუხედავად იმისა, რომ NGS-ზე დაფუძნებული mRNA თანმიმდევრობა არის მრავალმხრივი ინსტრუმენტი გენის ექსპრესიის რაოდენობრივი დასადგენად, მისი დამოკიდებულება მოკლე წაკითხვაზე ზღუდავს მის გამოყენებას რთულ ტრანსკრიპტომიურ ანალიზებში.PacBio თანმიმდევრობა (Iso-Seq), მეორეს მხრივ, იყენებს ხანგრძლივად წაკითხულ ტექნოლოგიას, რაც საშუალებას აძლევს სრულმეტრაჟიანი mRNA ტრანსკრიპტების თანმიმდევრობას.ეს მიდგომა ხელს უწყობს ალტერნატიული სპლაისინგის, გენების შერწყმისა და პოლიადენილაციის ყოვლისმომცველ კვლევას, თუმცა ეს არ არის პირველადი არჩევანი გენის ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრისთვის, საჭირო მონაცემთა დიდი რაოდენობის გამო.
PacBio თანმიმდევრობის ტექნოლოგია ეყრდნობა ერთმოლეკულურ, რეალურ დროში (SMRT) თანმიმდევრობას, რაც უზრუნველყოფს მკაფიო უპირატესობას სრულმეტრაჟიანი mRNA ტრანსკრიპტების აღებაში.ეს ინოვაციური მიდგომა მოიცავს ნულოვანი რეჟიმის ტალღების (ZMWs) გამოყენებას, მიკროფაბრიკატულ ჭებს, რომლებიც საშუალებას იძლევა რეალურ დროში დაკვირვება დნმ პოლიმერაზას აქტივობაზე თანმიმდევრობის დროს.ამ ZMW-ებში, PacBio-ს დნმ პოლიმერაზა ასინთეზებს დნმ-ის დამატებით ჯაჭვს, წარმოქმნის გრძელ კითხვას, რომელიც მოიცავს mRNA ტრანსკრიპტების მთელ ნაწილს.PacBio ოპერაცია წრიული კონსენსუსის თანმიმდევრობის (CCS) რეჟიმში აძლიერებს სიზუსტეს ერთი და იგივე მოლეკულის განმეორებით თანმიმდევრობით.გენერირებულ HiFi წაკითხვებს აქვს NGS-თან შედარებით სიზუსტე, რაც შემდგომში ხელს უწყობს რთული ტრანსკრიპტომიური მახასიათებლების ყოვლისმომცველ და საიმედო ანალიზს.პლატფორმა: PacBio Sequel II
-
ევკარიოტული mRNA Sequencing-Illumina
mRNA თანმიმდევრობა აძლიერებს უჯრედებში ყველა mRNA ტრანსკრიპტის ყოვლისმომცველ პროფილირებას სპეციფიკურ პირობებში.ეს უახლესი ტექნოლოგია ემსახურება როგორც ძლიერ იარაღს, რომელიც ავლენს რთულ გენის ექსპრესიის პროფილებს, გენის სტრუქტურებს და მოლეკულურ მექანიზმებს, რომლებიც დაკავშირებულია მრავალფეროვან ბიოლოგიურ პროცესებთან.ფართოდ მიღებული ფუნდამენტური კვლევების, კლინიკური დიაგნოსტიკისა და წამლების შემუშავებაში, mRNA თანმიმდევრობა გვთავაზობს წარმოდგენას უჯრედული დინამიკისა და გენეტიკური რეგულირების სირთულეების შესახებ.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq X
-
არარეფერენცირებული mRNA Sequencing-Illumina
mRNA თანმიმდევრობა აძლიერებს უჯრედებში ყველა mRNA ტრანსკრიპტის ყოვლისმომცველ პროფილირებას სპეციფიკურ პირობებში.ეს უახლესი ტექნოლოგია ემსახურება როგორც ძლიერ იარაღს, რომელიც ავლენს რთულ გენის ექსპრესიის პროფილებს, გენის სტრუქტურებს და მოლეკულურ მექანიზმებს, რომლებიც დაკავშირებულია მრავალფეროვან ბიოლოგიურ პროცესებთან.ფართოდ მიღებული ფუნდამენტური კვლევების, კლინიკური დიაგნოსტიკისა და წამლების შემუშავებაში, mRNA თანმიმდევრობა გვთავაზობს წარმოდგენას უჯრედული დინამიკისა და გენეტიკური რეგულირების სირთულეების შესახებ.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq X
-
გრძელი არაკოდირების თანმიმდევრობა-Illumina
გრძელი არაკოდიციური რნმ-ები (lncRNAs) არის რნმ-ები, რომლებიც აღემატება 200 ნუკლეოტიდს, რომლებსაც გააჩნიათ მინიმალური კოდირების პოტენციალი და წარმოადგენს საკვანძო ელემენტებს არაკოდირებულ რნმ-ში.ბირთვსა და ციტოპლაზმაში აღმოჩენილი ეს რნმ გადამწყვეტ როლს ასრულებს ეპიგენეტიკურ, ტრანსკრიპციულ და პოსტტრანსკრიპციულ რეგულაციაში, რაც ხაზს უსვამს მათ მნიშვნელობას უჯრედული და მოლეკულური პროცესების ფორმირებაში.LncRNA თანმიმდევრობა არის ძლიერი ინსტრუმენტი უჯრედების დიფერენციაციაში, ონტოგენეზში და ადამიანის დაავადებებში.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq
-
მცირე რნმ-ის თანმიმდევრობა-Illumina
მცირე რნმ (sRNA) მოლეკულები, როგორც წესი, 200 ნუკლეოტიდის სიგრძით, მოიცავს მიკრორნმ-ებს (miRNAs), მცირე ინტერფერენტულ რნმ-ებს (siRNAs) და piwi-ის ურთიერთქმედების რნმ-ებს (piRNAs).მათ შორის, miRNAs, დაახლოებით 20-24 ნუკლეოტიდის სიგრძით, განსაკუთრებით აღსანიშნავია მათი ძირითადი მარეგულირებელი როლით სხვადასხვა უჯრედულ პროცესებში.ქსოვილის სპეციფიკური და ეტაპობრივი გამოხატვის შაბლონებით, miRNAs ავლენენ მაღალ კონსერვაციას სხვადასხვა სახეობებში.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq
-
circRNA თანმიმდევრობა-Illumina
წრიული რნმ-ის თანმიმდევრობა (circRNA-seq) არის წრიული რნმ-ების პროფილირება და ანალიზი, რნმ-ის მოლეკულების კლასი, რომლებიც ქმნიან დახურულ მარყუჟებს არაკანონიკური შერწყმის მოვლენების გამო, რაც უზრუნველყოფს ამ რნმ-ს გაზრდილ სტაბილურობას.მიუხედავად იმისა, რომ ზოგიერთი ცირკნმ-ები მოქმედებენ როგორც მიკრორნმ-ის ღრუბლები, ახდენენ მიკრორნმ-ების სეკვესტრირებას და ხელს უშლიან მათ სამიზნე mRNA-ების რეგულირებაში, სხვა ცირკნმ-ებს შეუძლიათ ურთიერთქმედება პროტეინებთან, მოდულირებენ გენის ექსპრესიას ან ასრულებენ როლს უჯრედულ პროცესებში.circRNA-ს ექსპრესიის ანალიზი გვაწვდის ინფორმაციას ამ მოლეკულების მარეგულირებელ როლებზე და მათ მნიშვნელობაზე სხვადასხვა უჯრედულ პროცესებში, განვითარების ეტაპებზე და დაავადების პირობებში, რაც ხელს უწყობს რნმ-ის რეგულირების სირთულის უფრო ღრმა გაგებას გენის ექსპრესიის კონტექსტში.
-
მთელი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობა - Illumina
მთლიანი ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობა გთავაზობთ ყოვლისმომცველ მიდგომას რნმ-ის მრავალფეროვანი მოლეკულების პროფილირებისთვის, რომელიც მოიცავს როგორც კოდირებულ (mRNA) ასევე არაკოდირებულ რნმ-ებს (lncRNA, circRNA და miRNA).ეს ტექნიკა იჭერს კონკრეტული უჯრედების სრულ ტრანსკრიპტომს მოცემულ მომენტში, რაც უჯრედული პროცესების ჰოლისტიკური გაგების საშუალებას იძლევა.ასევე ცნობილია, როგორც „მთლიანი რნმ-ის თანმიმდევრობა“, ის მიზნად ისახავს გამოავლინოს რთული მარეგულირებელი ქსელები ტრანსკრიპტომის დონეზე, რაც საშუალებას აძლევს სიღრმისეულ ანალიზს, როგორიცაა კონკურენტი ენდოგენური რნმ (ceRNA) და ერთობლივი რნმ ანალიზი.ეს აღნიშნავს საწყის ნაბიჯს ფუნქციური დახასიათებისკენ, განსაკუთრებით მარეგულირებელი ქსელების ამოხსნისას, რომლებიც მოიცავს circRNA-miRNA-mRNA-ზე დაფუძნებულ ceRNA ურთიერთქმედებებს.
