-
ქრომატინის იმუნოპრეციპიტაციის თანმიმდევრობა (ChIP-seq)
ChIP-Seq უზრუნველყოფს დნმ-ის სამიზნეების გენომის მასშტაბურ პროფილს ჰისტონის მოდიფიკაციისთვის, ტრანსკრიფციის ფაქტორებისა და დნმ-თან დაკავშირებული სხვა პროტეინებისთვის.იგი აერთიანებს ქრომატინის იმუნო-ნალექის (ChIP) სელექციურობას ცილოვან-დნმ-ის სპეციფიკური კომპლექსების აღსადგენად, შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის (NGS) სიმძლავრესთან ერთად აღდგენილი დნმ-ის მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობისთვის.გარდა ამისა, იმის გამო, რომ ცილა-დნმ კომპლექსები აღდგება ცოცხალი უჯრედებიდან, შემაკავშირებელი ადგილები შეიძლება შევადაროთ სხვადასხვა ტიპის უჯრედებსა და ქსოვილებში, ან სხვადასხვა პირობებში.აპლიკაციები მერყეობს ტრანსკრიპციული რეგულირებიდან განვითარების გზებიდან დაავადების მექანიზმებამდე და მის ფარგლებს გარეთ.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq პლატფორმა
-
მთელი გენომის ბისულფიტის თანმიმდევრობა
ციტოზინში (5-mC) მეხუთე პოზიციაზე დნმ-ის მეთილაცია ფუნდამენტურ გავლენას ახდენს გენის ექსპრესიასა და უჯრედულ აქტივობაზე.მეთილაციის არანორმალური ნიმუშები დაკავშირებულია რამდენიმე მდგომარეობასთან და დაავადებასთან, როგორიცაა კიბო.WGBS გახდა ოქროს სტანდარტი გენომის ფართო მეთილაციის შესასწავლად ერთი ბაზის გარჩევადობით.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq პლატფორმა
-
ანალიზი ტრანსპოაზაზე ხელმისაწვდომ ქრომატინზე მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობით (ATAC-seq)
ATAC-seq არის მაღალი გამტარუნარიანობის სეკვევენირების მეთოდი გენომის მასშტაბით ქრომატინის ხელმისაწვდომობის ანალიზისთვის, რაც მნიშვნელოვანია გენის ექსპრესიის გლობალური ეპიგენეტიკური კონტროლისთვის.თანმიმდევრობის გადამყვანები ჩასმულია ღია ქრომატინის რეგიონებში ჰიპერაქტიური Tn5 ტრანსპოზაზას საშუალებით.PCR-ის გაძლიერების შემდეგ, იქმნება თანმიმდევრობის ბიბლიოთეკა.ყველა ღია ქრომატინის რეგიონი შეიძლება მიღებულ იქნეს კონკრეტული სივრცე-დროის პირობებში, არა მხოლოდ შემოიფარგლება ტრანსკრიფციის ფაქტორის შემაკავშირებელ ადგილებში, ან ჰისტონებით შეცვლილი რეგიონით.
-
შემცირებული წარმომადგენლობის ბისულფიტის თანმიმდევრობა (RRBS)
დნმ-ის მეთილაციის კვლევა ყოველთვის იყო მწვავე თემა დაავადების კვლევაში და მჭიდრო კავშირშია გენის ექსპრესიასთან და ფენოტიპურ მახასიათებლებთან.RRBS არის ზუსტი, ეფექტური და ეკონომიური მეთოდი დნმ-ის მეთილაციის კვლევისთვის.პრომოტორისა და CpG კუნძულის რეგიონების გამდიდრება ფერმენტული გაყოფით (Msp I), ბისულფიტის თანმიმდევრობით, უზრუნველყოფს მაღალი გარჩევადობის დნმ-ის მეთილაციის გამოვლენას.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq პლატფორმა
