სითბოს რუკა
მატრიცის მონაცემთა ფაილი გამოიყენება თერმული რუქის სახატავად, რომელსაც შეუძლია მატრიცის მონაცემების გაფილტვრა, ნორმალიზება და დაჯგუფება.იგი ძირითადად გამოიყენება სხვადასხვა ნიმუშებს შორის გენის გამოხატვის დონის კლასტერული ანალიზისთვის.
გენის ანოტაცია
გენის ფუნქციის ანოტაცია ხორციელდება FASTA ფაილში თანმიმდევრობების რუკების საშუალებით სხვადასხვა მონაცემთა ბაზის წინააღმდეგ.
გენის ანოტაცია
ძირითადი ლოკალური გასწორების საძიებო ინსტრუმენტი
CDS_UTR_პროგნოზირება
ეს ინსტრუმენტი შექმნილია კოდირების რეგიონების (CDS) და არაკოდირების რეგიონების (UTR) პროგნოზირებისთვის მოცემულ ტრანსკრიპტის თანმიმდევრობებში, რომელიც დაფუძნებულია აფეთქებაზე ცნობილი ცილის მონაცემთა ბაზაზე და ORF პროგნოზირებაზე.
მანჰეტენის ნაკვეთი
მანჰეტენის ნაკვეთი იძლევა მონაცემთა ჩვენების შესაძლებლობას მონაცემთა დიდი რაოდენობით.იგი ჩვეულებრივ გამოიყენება გენომის მასშტაბური ასოციაციის კვლევებში (GWAS).
ცირკი
CIRCOS დიაგრამა იძლევა SNP, InDeL, SV, CNV განაწილების პირდაპირ პრეზენტაციას გენომზე.
GO_გამდიდრება
TopGO არის ინსტრუმენტი, რომელიც შექმნილია ფუნქციური გამდიდრებისთვის.TopGO-Bioconductor პაკეტი მოიცავს დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზს, GO გამდიდრების ანალიზს და შედეგების ვიზუალიზაციას.ის გამოიმუშავებს საქაღალდეს გამომავალი სახელწოდებით "გრაფიკი", რომელიც შეიცავს შედეგებს topGO_BP, topGO_CC და topGO_MF.
WGCNA
WGCNA არის ფართოდ გამოყენებული მონაცემთა მოპოვების მეთოდი გენის თანაგამოხატვის მოდულების აღმოსაჩენად.იგი გამოიყენება სხვადასხვა გამოხატულების მონაცემთა ნაკრებისთვის, მათ შორის მიკრომასივების მონაცემები და გენის ექსპრესიის მონაცემები, რომლებიც წარმოიშვა შემდეგი თაობის თანმიმდევრობით.
ინტერპროსკანი
ინტერპრო ცილის თანმიმდევრობის ანალიზი და კლასიფიკაცია
GO_KEGG_გამდიდრება
ეს ხელსაწყო შექმნილია GO გამდიდრების ჰისტოგრამის, KEGG გამდიდრების ჰისტოგრამის და KEGG გამდიდრების გზის გენერირებისთვის, რომელიც ეფუძნება მოწოდებულ გენთა კომპლექტს და შესაბამის ანოტაციას.