პროდუქტები

არარეფერენცირებული mRNA Sequencing-Illumina

mRNA თანმიმდევრობა იყენებს შემდეგი თაობის თანმიმდევრობის მეთოდს (NGS), რათა დაიჭიროს ევკარიოტის მაცნე რნმ (მრნმ) კონკრეტული პერიოდის განმავლობაში, როდესაც აქტიურდება ზოგიერთი სპეციალური ფუნქცია.ყველაზე გრძელ ჩანაწერს ეწოდა "Unigene" და გამოიყენებოდა, როგორც საცნობარო თანმიმდევრობა შემდგომი ანალიზისთვის, რაც ეფექტური საშუალებაა სახეობების მოლეკულური მექანიზმისა და მარეგულირებელი ქსელის შესასწავლად მითითების გარეშე.

ტრანსკრიპტომის მონაცემების შეკრებისა და უნიგენის ფუნქციური ანოტაციის შემდეგ

(1) SSR ანალიზი, CDS პროგნოზირება და გენის სტრუქტურა წინასწარ იქნება შემუშავებული.

(2) განხორციელდება უნიგენის ექსპრესიის რაოდენობრივი განსაზღვრა თითოეულ ნიმუშში.

(3) დიფერენციალურად გამოხატული უნიგენები ნიმუშებს (ან ჯგუფებს) შორის აღმოჩენილი იქნება უნიგენური ექსპრესიის საფუძველზე

(4) განხორციელდება დიფერენციალურად გამოხატული უნიგენების კლასტერირება, ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრების ანალიზი

Დაგვიკავშირდით

სერვისის დეტალები

ბიოინფორმატიკა

დემო შედეგები

საქმის შესწავლა

მახასიათებლები

● ნებისმიერი საცნობარო გენომისაგან დამოუკიდებელი,

● მონაცემები შეიძლება გამოყენებულ იქნას ტრანსკრიპტების სტრუქტურისა და გამოხატვის გასაანალიზებლად

● ცვლადი ამოღების ადგილების იდენტიფიცირება

სერვისის უპირატესობები

● BMKCloud-ზე დაფუძნებული შედეგების მიწოდება: შედეგები მიწოდებულია მონაცემთა ფაილის სახით და ინტერაქტიული მოხსენების სახით BMKCloud პლატფორმის საშუალებით, რაც საშუალებას აძლევს მომხმარებლისთვის მოსახერხებელი წაიკითხოს რთული ანალიზის შედეგები და მორგებული მონაცემთა მოპოვება სტანდარტული ბიოინფორმატიკის ანალიზის საფუძველზე.

● გაყიდვის შემდგომი მომსახურება: გაყიდვის შემდგომი მომსახურება მოქმედებს 3 თვის განმავლობაში პროექტის დასრულებიდან, მათ შორის პროექტების შემდგომი დაკვირვება, პრობლემების აღმოფხვრა, შედეგების კითხვა-პასუხი და ა.შ.

ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება

ნიმუშის მოთხოვნები:

ნუკლეოტიდები:

კონს.(ნგ/მკლ)

რაოდენობა (მკგ)

სიწმინდე

მთლიანობა

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

გელზე ნაჩვენებია შეზღუდული ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება ან არა.

მცენარეებისთვის: RIN≥6.5;

ცხოველებისთვის: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

შეზღუდული ან არ არის საბაზისო სიმაღლე

ქსოვილი: წონა (მშრალი): ≥1 გ
*5 მგ-ზე ნაკლები ქსოვილისთვის, ჩვენ გირჩევთ გააგზავნოთ გაყინული (თხევადი აზოტით) ქსოვილის ნიმუში.

უჯრედის სუსპენზია: უჯრედების რაოდენობა = 3×10⁷
*ჩვენ გირჩევთ გაგზავნოთ გაყინული უჯრედის ლიზატი.თუ ეს უჯრედი ითვლის 5×10-ზე ნაკლები⁵რეკომენდირებულია თხევადი აზოტის გაყინვა.

სისხლის ნიმუშები:
PA×geneBloodRNATube;
6 მლტრიზოლი და 2 მლ სისხლი (ტრიზოლი: სისხლი = 3: 1)

რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება

კონტეინერი:
2 მლ ცენტრიფუგის მილაკი (თუნუქის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: ჯგუფი+რეპლიკა, მაგ. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა იყოს შეფუთული ჩანთებში და დამარხული მშრალ ყინულში.
2. რნმ სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშები შეიძლება გაშრეს რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და გაიგზავნოს ოთახის ტემპერატურაზე.

სერვისის სამუშაო ნაკადი

ექსპერიმენტის დიზაინი

ნიმუშის მიწოდება

რნმ-ის ექსტრაქცია

ბიბლიოთეკის მშენებლობა

თანმიმდევრობა

Მონაცემთა ანალიზი

გაყიდვის შემდგომი მომსახურება

წინა: გრძელი არაკოდირების თანმიმდევრობა-Illumina

შემდეგი: ევკარიოტული mRNA Sequencing-Illumina

ბიოინფორმატიკა

1.mRNA(denovo) ასამბლეის პრინციპი

სამების მიხედვით, წაკითხვები დაყოფილია პატარა ნაჭრებად, რომლებიც ცნობილია როგორც K-mer.ეს K-მერები შემდეგ გამოიყენება თესლებად, რათა გაფართოვდეს კონტიგებად და შემდეგ კომპონენტებად დაფუძნებული კონტიგების გადახურვაზე.დაბოლოს, დე ბრუინი აქ გამოიყენეს კომპონენტებში ტრანსკრიპტების ამოცნობისთვის.

mRNA-(De-novo)-სამების მიმოხილვა

mRNA (De novo) სამების მიმოხილვა

2.mRNA (De novo) გენის გამოხატვის დონის განაწილება

RNA-Seq-ს შეუძლია მიაღწიოს გენის ექსპრესიის ძალიან მგრძნობიარე შეფასებას.ჩვეულებრივ, ტრანსკრიპტების FPKM გამოხატვის დიაპაზონი 10^-2-დან 10^6-მდე მერყეობს.

mRNA-(De-novo)-FPKM-სიმკვრივის-განაწილება-თითოეულ ნიმუშში

mRNA (De novo) FPKM სიმკვრივის განაწილება თითოეულ ნიმუშში

3.mRNA (De novo) GO გამდიდრების ანალიზი DEGs

GO (გენის ონტოლოგია) მონაცემთა ბაზა არის სტრუქტურირებული ბიოლოგიური ანოტაციის სისტემა, რომელიც შეიცავს გენის და გენის პროდუქტების ფუნქციების სტანდარტულ ლექსიკას.იგი შეიცავს მრავალ დონეს, სადაც რაც უფრო დაბალია დონე, მით უფრო სპეციფიკურია ფუნქციები.

mRNA-(De-novo)-GO-classification-of-DEGs-at-second-level

mRNA (De novo) GO კლასიფიკაცია DEG-ების მეორე დონეზე

BMK საქმე

საქაროზის მეტაბოლიზმის ტრანსკრიპტომული ანალიზი ხახვში ბოლქვის შეშუპებისა და განვითარების დროს (Allium cepa L.)

გამოქვეყნებულია: საზღვრები მცენარეთა მეცნიერებაში, 2016წ

თანმიმდევრობის სტრატეგია

Illumina HiSeq2500

ნიმუშების კოლექცია

ამ კვლევაში გამოყენებული იყო Utah Yellow Sweet Spain ჯიში „Y1351“.შეგროვებული ნიმუშების რაოდენობა იყო
ბოლქვის შეშუპებიდან (DAS) მე-15 დღე (2 სმ დიამეტრი და 3-4 გ წონა), 30-ე DAS (5 სმ დიამეტრი და 100-110 გ წონა) და ~3 მე-40 DAS-ზე (7 სმ დიამეტრი და 260-300 გრამი).

ძირითადი შედეგები

1. ვენის დიაგრამაში სულ 146 DEG იყო გამოვლენილი სამივე წყვილი განვითარების სტადიაზე
2. „ნახშირწყლების ტრანსპორტი და მეტაბოლიზმი“ წარმოდგენილი იყო მხოლოდ 585 უნიგენით (ანუ ანოტირებული COG-ის 7%).
3. GO მონაცემთა ბაზაში წარმატებით შეტანილი უნიგენები კლასიფიცირებული იყო სამ ძირითად კატეგორიად ნათურების განვითარების სამი სხვადასხვა ეტაპისთვის.„ბიოლოგიური პროცესის“ ძირითად კატეგორიაში ყველაზე მეტად წარმოდგენილი იყო „მეტაბოლური პროცესი“, რასაც მოჰყვა „უჯრედული პროცესი“.„მოლეკულური ფუნქციის“ ძირითად კატეგორიაში ყველაზე მეტად წარმოდგენილი ორი კატეგორია იყო „შემაკავშირებელი“ და „კატალიტიკური აქტივობა“.

PB-full-length-RNA-sequencing-case-study

ორთოლოგიური ჯგუფების (COG) კლასიფიკაციის კლასტერების ჰისტოგრამა

გენის ონტოლოგიის (GO) კლასიფიკაციის ჰისტოგრამა ბოლქვებიდან მიღებული უნიგენებისთვის განვითარების სამ ეტაპად

ვენის დიაგრამა, რომელიც გვიჩვენებს ხახვის ბოლქვის განვითარების ნებისმიერ ორ ეტაპზე განსხვავებულად გამოხატულ გენებს

მითითება

Zhang C, Zhang H, Zhan Z და სხვ.საქაროზას მეტაბოლიზმის ტრანსკრიპტომული ანალიზი ხახვში ბოლქვის შეშუპებისა და განვითარების დროს (Allium cepa L.)[J].საზღვრები მცენარეთა მეცნიერებაში, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425