გენომის ევოლუცია
გენომი De novo
ასამბლეა|სქესის განსაზღვრა მთელი თანმიმდევრობის სამუშაოები და ნაწილობრივი ბიოინფორმატიული სერვისები უზრუნველყოფილი იყო Biomarker Technologies-ის მიერ.
Აბსტრაქტული
"ზღვის დრაკონების საკულტო ფენოტიპი მოიცავს ფოთლისმაგვარ დანამატებს, უკბილო მილაკოვან პირს და მამაკაცის ორსულობას, რომელიც მოიცავს განაყოფიერებული კვერცხუჯრედების ინკუბაციას ღია „ნაკვთების ლაქაზე“.ჩვენ განვსაზღვრეთ ჩვეულებრივი ზღვის დრაკონის (Phyllopteryx taeniolatus) და მის მჭიდროდ მონათესავე სახეობის, ალიგატორი მილის თევზის (Syngnathoides biaculeatus) მამრობითი და მდედრობითი სქესის გენომის თანმიმდევრობა.ევოლუციური სიახლის, ფოთლისმაგვარი დანამატების ტრანსკრიპციის პროფილები აჩვენებს, რომ ფარფლების განვითარებაში ჩართული გენების ნაკრები კოოპტირდება, ისევე როგორც ტრანსსკრიპტების გამდიდრება პოტენციური ქსოვილის აღდგენისა და იმუნური თავდაცვის გენებისთვის.scpp5-ის ზებრაფი მუტანტები, რომლებიც იკარგება ყველა სინგნატიდში, აღმოჩნდა, რომ აკლიათ ან აქვთ დეფორმირებული ფარინგეალური კბილები, რაც მხარს უჭერს ჰიპოთეზას, რომ scpp5-ის დაკარგვამ ხელი შეუწყო კბილების დაკარგვას სინგნატიდებში.იდენტიფიცირებული იყო სავარაუდო სქესის განმსაზღვრელი ლოკუსი, რომელიც აკოდირებს მამაკაცის სპეციფიკურ amhr2y გენს, რომელსაც იზიარებს ჩვეულებრივი ზღვის დრაკონი და ალიგატორი მილსადენი. ”
Მასალა და მეთოდები:
მასალები
Fჩვენი საერთო ზღვის დრაკონი (P. taeniolatus) და ორი ალიგატორი მილის თევზი (S. biaculeatus) ნიმუშები.ორი ჩვეულებრივი ზღვის დრაკონი (ერთი მამრი და ერთი მდედრი) და ორი ალიგატორი მილსადენი (ერთი მამრი და ერთი მდედრი) ინდივიდი გამოიყენებოდა მთელი გენომის თანმიმდევრობისთვის, ხოლო ორი სხვა მამრი ჩვეულებრივი ზღვის დრაკონის ინდივიდი გამოიყენებოდა გენომის ხელახალი თანმიმდევრობისთვის.
გენომის თანმიმდევრობის სტრატეგია
270/350 bp ბიბლიოთეკა (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) ან Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). თანმიმდევრობა და ორი სხვა მამრობითი ჩვეულებრივი ზღვის დრაკონის ინდივიდი გამოიყენებოდა გენომის განმეორებით განსაზღვრისთვის.
ტრანსკრიპტომის თანმიმდევრობა
Fან ჩვეულებრივი ზღვის დრაკონი, ტვინი, თვალი, ღრძილები, ღვიძლი, გული, თირკმელი, მეზენტერია, ნაწლავი, კუნთი, ფარფლი, კანი, ფოთლისმაგვარი დანამატები, სათესლე ჯირკვალი და საკვერცხე შეგროვდა.
Genome de novo ასამბლეის სტრატეგია
Canu (შესწორება) + WTDBG2 (ასამბლეა) + პილონი (პოლონური) + Lachesis (Hi-C).
ძირითადი შედეგები
ნახ. 1. ჩვეულებრივი ზღვის დრაკონის (P. taeniolatus) და ალიგატორის მილის თევზის (S. biaculeatus) ძირითადი მახასიათებლები და მათი ფილოგენეტიკური პოზიციები.
ნახ. 2. ფოთლისმაგვარი დანამატების მორფოლოგია და გენეტიკური შემადგენლობა ზღვის დრაკონში (P. taeniolatus).
ნახ. 3. სავარაუდო სქესის განსაზღვრის გენი ჩვეულებრივი ზღვის დრაკონში (P. taeniolatus) და ალიგატორი მილსადენში (S. biaculeatus).
სურ. 4. ფარინგეალური კბილის ფენოტიპები ზებრაფიშ scpp5 ჰომოზიგოტურ მუტანტებში.
გამოქვეყნების დრო: იან-08-2022