2021 წელს, BMKGENE მოწმე გახდა 31 De novo გენომის კვლევა, რომელიც წარმატებით გამოქვეყნდა მაღალი ზემოქმედების ჟურნალებში, საერთო გავლენის ფაქტორებით 320-ზე მეტი.
2022 წლის დასაწყისის შემდეგ უკვე გამოქვეყნდა ორი კვლევითი სტატია ჟურნალებში „Natural Genetics“ და „Molecular Plant“-ზე.ეს არის „ორი განსხვავებული ჰაპლოტიპი უაღრესად ჰეტეროზიგოტური ლიჩის გენომიდან, გვთავაზობს დამოუკიდებელ მოშინაურების მოვლენებს ადრეული და გვიან მომწიფებული ჯიშებისთვის“ (ლიჩის გენომის კვლევა, ჩატარებული კოლეჯის მებაღეობის, სამხრეთ ჩინეთის სასოფლო-სამეურნეო უნივერსიტეტისა და სამეცნიერო თანამშრომლების მიერ, გამოქვეყნებული Natural Genetics-ში. ), და „ეგილოპების ხუთი Sitopsis სახეობის გენომის თანმიმდევრობა და პოლიპლოიდური ხორბლის B-ქვეგენომის წარმოშობა“ (Five Sitopsis species genome, ჩატარდა პროფესორ ბაო ლიუს ჩრდილო-აღმოსავლეთის ნორმალური უნივერსიტეტის კვლევითი ჯგუფის მიერ.).ჩვენ ასევე განვიხილავთ ამ ორ სტატიას და გავუზიარებთ ჩვენს მკითხველს.
ახლა, მოდით, გადავხედოთ 2021 წელს გამოქვეყნებულ შესანიშნავ კვლევით სტატიებს, რომლებიც BMK-ისა და ჩვენი ერთობლივი ობიექტების თანაავტორობით არიან დაწერილი.
მცენარის გენომი - გარღვევა მრავალსახეობაზე.
1. მაღალი ხარისხის გენომის შეკრება ხაზს უსვამს ჭვავის გენომურ მახასიათებლებს და აგრონომიულად მნიშვნელოვან გენებს
ერთობლივი დაწესებულება: ჰენანის სასოფლო-სამეურნეო უნივერსიტეტი
ჟურნალი: ბუნებრივი გენეტიკა
იმპაქტ-ფაქტორი: 38.31
ამ პროექტში, ელიტარული ჩინური ჭვავის ჯიშის, ვეინინგის ჭვავის გენომის სეკვევენირება მოხდა.აწყობილი კონტიგები (7.74 გბ) შეადგენდა გენომის სავარაუდო ზომის 98.47%-ს (7.86 გბ), კონტიგების 93.67% (7.25 გბ) მინიჭებული იყო შვიდ ქრომოსომაზე.განმეორებადი ელემენტები შეადგენდნენ აწყობილი გენომის 90.31%-ს.Weining-ის შეკრების შემდგომმა ანალიზებმა ახალი შუქი მოჰფინა გენომის მასშტაბით გენების დუბლირებას და მათ გავლენას სახამებლის ბიოსინთეზის გენებზე, პროლამინის კომპლექსური ლოკების ფიზიკურ ორგანიზაციაზე, გენის ექსპრესიის მახასიათებლებზე, რომლებიც საფუძვლად უდევს ადრეული სათაურის მახასიათებელს და სავარაუდო მოშინაურებასთან ასოცირებულ ქრომოსომულ რეგიონებსა და ლოკებს ჭვავაში.გენომის ეს თანმიმდევრობა გვპირდება დააჩქაროს ჭვავის და მასთან დაკავშირებული მარცვლეული კულტურების გენომისა და მეცხოველეობის კვლევები.
2. ვარდი ბუჩქის გარეშე: გენომიური შეხედულებები, რომლებიც დაკავშირებულია ტენიანობის ადაპტაციასთან
ერთობლივი დაწესებულება: კუნმინგის ბოტანიკის ინსტიტუტი, ჩინეთის მეცნიერებათა აკადემია
ჟურნალი: National Science Review
იმპაქტ-ფაქტორი: 17.273
ამ პროექტში შეგროვდა "Basye's Thornless" (BT, წვეტიანი ჯიშის Rosa wichuraiana), "Old Blush" (OB, ვარდების მოშინაურების დამფუძნებელი გენოტიპი), მათი F1 ჰიბრიდების და BCF1 ნიმუშები.და შეიქმნა მაღალი ხარისხის საცნობარო გენომის ასამბლეა ღეროს ღეროს განვითარებასთან დაკავშირებული გენეტიკური ელემენტების იდენტიფიცირებისთვის.გენომის ზომა არის დაახლოებით 530.6 Mb.აწყობილი გენომის ხარისხის შესამოწმებლად, ჩატარდა ანალიზი, როგორიცაა გენეტიკური რუქის შედარება, BUSCO, NGS წაკითხვის ხელახლა შეკრება, შედარება OB ჰაპლოტიპთან, თანმიმდევრობის ბაზის შეცდომის სიჩქარის კონტროლი და გენომის მასშტაბით LTR ასამბლეის ინდექსის მნიშვნელობის შემოწმება (LAI=20.03).ამ კვლევამ გამოავლინა ღეროს ღეროების კომპლექსური მემკვიდრეობის ნიმუში და მარეგულირებელი მექანიზმი და მოგვცა საფუძველი და ახალი რესურსები ვარდების ბიოლოგიის შესასწავლად და მნიშვნელოვან მახასიათებლებთან დაკავშირებული მოლეკულური მარკერების მოსაპოვებლად.
3. სინთეზირებული ალოპოლიპლოიდების მთელი გენომის თანმიმდევრობა Cucumis-ში ავლენს შეხედულებებს ალოპოლიპლოიდიზაციის გენომის ევოლუციის შესახებ
ერთობლივი დაწესებულება: ნანკინის სასოფლო-სამეურნეო უნივერსიტეტი
ჟურნალი: Advanced Science
იმპაქტ ფაქტორი: 16.801
ამ კვლევამ მოახსენა სინთეზური ალოტეტრაპლოიდის მაღალი ხარისხის გენომი, რომელიც მიღებული იყო კიტრის (C. sativus, 2n = 14) და მის ველურ მონათესავე სახეობას შორის (C. hystrix, 2n = 24) შორის ჰიბრიდიზაციის გამოყენებით და შემდგომი ქრომოსომის გაორმაგება, რაც პირველია. სრულად თანმიმდევრული სინთეზური ალოპოლიპლოიდი.გენომის ასამბლეამ გამოიყენა "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina" თანმიმდევრობის სამუშაო ნაკადი, რამაც გამოიწვია გენომის ზომა 530.8 Mb და contig N50 = 6.5Mb.წაკითხვები მიენიჭა 19 ფსევდოქრომოსომას და ქვეგენომს.შედეგებმა აჩვენა, რომ ჰიბრიდიზაცია, ვიდრე გენომის დუბლირება, იწვევს გენომიურ ცვლილებებს როგორც ბირთვულ, ასევე cp გენომებში.იგი ვარაუდობს, რომ ფიქსირებული ჰეტეროზიგოტურობა უზრუნველყოფს C.×hytivus-ს გაზრდილ სტრესის ადაპტაციას.შედეგები იძლევა ახალ შეხედულებებს მცენარეთა პოლიპლოიდის ევოლუციის შესახებ და გვთავაზობს პერსპექტიულ მეცხოველეობის სტრატეგიას მომავალი კულტურებისთვის.
4. გენომის შედარებითი ანალიზი ხაზს უსვამს ტრანსპოზონის შუამავლობით გენომის გაფართოებას და 3D გენომიური დასაკეცი ბამბაში ევოლუციური არქიტექტურას
ერთობლივი დაწესებულება: ჰუაჟონგის სასოფლო-სამეურნეო უნივერსიტეტი
ჟურნალი: მოლეკულური ბიოლოგია და ევოლუცია
იმპაქტ-ფაქტორი: 16.242
ამ პროექტმა გამოიყენა Nanopore Sequencing ბამბის სამი სახეობის გენომის ასაწყობად, კერძოდ: Gossypium rotundifolium (K2, გენომის ზომა = 2.44 გბ, contigN50 = 5.33 მბ), G. arboreum (A2, გენომის ზომა = 1.62 გბ, contigN50) და 6.69 =M. G. raimondii (D5, გენომის ზომა = 0,75 გბ, contigN50 = 17,04 გბ).სამივე გენომის 99%-ზე მეტი აწყობილი იყო Hi-C მეშვეობით.BUSCO-ს ანალიზის შედეგები არის შესაბამისად 92.5%, 93.9% და 95.4%.ყველა ეს რიცხვი მიუთითებს, რომ სამი ასამბლეის გენომი არის საცნობარო კლასის.გენომის შედარებითი ანალიზმა დააფიქსირა შტოს სპეციფიკური TE გაძლიერების დეტალები, რაც ხელს უწყობს გენომის ზომის დიდ განსხვავებებს.ეს კვლევა ნათელს ჰფენს ტრანსპოზონის შუამავლობით გენომის გაფართოების როლს მცენარეებში უმაღლესი რიგის ქრომატინის სტრუქტურის ევოლუციაში.
5. ქრომოსომული მასშტაბის შეკრება და ბიომასის მოსავლის Miscanthus lutarioriparius გენომის ანალიზი
ერთობლივი დაწესებულება: CAS ცენტრი ბრწყინვალების მოლეკულურ მცენარეთა მეცნიერებებში
ჟურნალი: Nature Communications
იმპაქტ-ფაქტორი: 14.912
ამ პროექტმა მოახსენა Miscanthus lutarioriparius გენომის ქრომოსომის მასშტაბის შეკრება Oxford Nanopore თანმიმდევრობის და Hi-C ტექნოლოგიების კომბინაციით.2.07 გბ ასამბლეა ფარავს გენომის 96.64%-ს, კონტიგი N50 1.71 მბ.მთლიანი თანმიმდევრობების დაახლოებით 94.30% დამაგრებული იყო 19 ფსევდოქრომოსომაში.BAC თანმიმდევრობასთან შედარების, LAI შეფასების, BUSCO-ს შეფასების, NGS მონაცემებით ხელახალი შეკრების, ტრანსკრიპტომის მონაცემების ხელახალი შეკრების გზით, გენომი შეფასდა, როგორც მაღალი ხარისხის და უწყვეტობა.M. lutarioriparius-ის ალოტეტრაპლოიდური წარმოშობა დადასტურებულია ცენტრომერული თანამგზავრის გამეორებების გამოყენებით.M. lutarioriparius-ის ტანდემური დუბლიკატი გენები ფუნქციურად გამდიდრებულია არა მხოლოდ სტრესის რეაქციასთან, არამედ უჯრედის კედლის ბიოსინთეზთან დაკავშირებული თვალსაზრისით.გენის დუბლიკატები ალბათ როლს თამაშობენ C4 ფოტოსინთეზში და ხელს უწყობენ Miscanthus C4 ფოტოსინთეზს დაბალ ტემპერატურაზე.კვლევამ მნიშვნელოვანი მითითება წარმოადგინა მრავალწლიანი მცენარეების შესასწავლად.
6. ქრომოსომის დონის Camptotheca acuminata გენომის შეკრება გვაწვდის ინფორმაციას კამპტოთეცინის ბიოსინთეზის ევოლუციური წარმოშობის შესახებ.
ერთობლივი დაწესებულება: სიჩუანის უნივერსიტეტი
ჟურნალი: Nature Communications
იმპაქტ-ფაქტორი: 14.912
ეს პროექტი იტყობინება მაღალი ხარისხის, ქრომოსომის დონის C. acuminata გენომის ერთობლიობა, გენომის ზომა 414.95 მბ და contingN50 1.47 მბ.ჩვენ აღმოვაჩინეთ, რომ C. acuminata განიცდის დამოუკიდებელ მთლიან გენომის დუბლირებას და მისგან მიღებული მრავალი გენი დაკავშირებულია კამპტოთეცინის ბიოსინთეზთან.LAMT გენის ფუნქციური განსხვავება და ორი SLAS გენის დადებითი ევოლუცია, შესაბამისად, ორივემ დიდი წვლილი შეიტანა კამპტოთეცინის ბიოსინთეზში C. acuminata-ში.შედეგებმა ხაზი გაუსვა გენომის მაღალი ხარისხის შეკრების მნიშვნელობას მეორადი მეტაბოლიტის ევოლუციური წარმოშობის გენეტიკური ცვლილებების იდენტიფიცირებისთვის.
7. ალელებით განსაზღვრული გენომი ავლენს ბიალელურ დიფერენციაციას კასავას ევოლუციის დროს
ერთობლივი დაწესებულება: ჩინეთის ტროპიკული სოფლის მეურნეობის მეცნიერებათა აკადემია
ჟურნალი: მოლეკულური მცენარე
იმპაქტ ფაქტორი: 13.162
ამ პროექტმა შეკრიბა საცნობარო გენომი კასავისთვის contigN50 1.1 მბ-ით Pacific Biosciences (PacBio) თანმიმდევრობის პლატფორმის გამოყენებით.BUSCO-ს, LAI ინდექსის და მაღალი სიმკვრივის გენეტიკური რუქის შეფასების შემდეგ, აწყობილი გენომი დადასტურებულია, როგორც რეფერენციული ხარისხი.იდენტიფიცირებული იყო ზედმეტი რეგიონები და კონტიგები დამაგრდა 18 ფსევდოქრომოსომაზე Hi-C ბმულების გამოყენებით.კასავას ეს მაღალი ხარისხის და ალელებით განსაზღვრული საცნობარო გენომი ღირებულია ჰომოლოგიურ ქრომოსომებზე განსხვავებული ბი-ალელების იდენტიფიცირებისთვის, რაც საშუალებას იძლევა გამოიკვლიოს ბი-ალელების დიფერენციაცია და გამოხატვის დომინირება და მათი ფუძემდებლური ევოლუციური მამოძრავებელი ძალები.მან ხელი შეუწყო კასავასა და სხვა უაღრესად ჰეტეროზიგოტური კულტურების გამრავლების სტრატეგიების შემუშავებას.
8. გენომიური შეხედულებები პაულოვნიების სწრაფი ზრდისა და პაულონიის ჯადოქრების ცოცხის ფორმირების შესახებ
ერთობლივი დაწესებულება: ჰენანის სასოფლო-სამეურნეო უნივერსიტეტი
ჟურნალი: მოლეკულური მცენარე
იმპაქტ ფაქტორი: 13.162
ამ პროექტმა შეკრიბა Paulownia fortunei-ის მაღალი ხარისხის ბირთვული გენომი, 511,6 Mb ზომის, თანმიმდევრობების 93,2% მიმაგრებულია 20 ფსევდოქრომოსომაზე.უფრო მაღალი ფოტოსინთეზური ეფექტურობა მიიღწევა C3 ფოტოსინთეზისა და კრასულაცის მჟავას მეტაბოლიზმის გზის ინტეგრირებით, რამაც შესაძლოა ხელი შეუწყო პაულოვნიას ხეების უკიდურესად სწრაფ ზრდას.PaWB ფიტოპლაზმის გენომის დამატებითი თანმიმდევრობა, ფუნქციურ ანალიზებთან ერთად, მიუთითებს, რომ ეფექტორი PaWB-SAP54 პირდაპირ ურთიერთქმედებს Paulownia PfSPLA-სთან, რაც თავის მხრივ იწვევს PfSPLA-ს დეგრადაციას უბიკიტინის შუამავლობით და იწვევს ჯადოქრების ცოცხის წარმოქმნას.ამ მონაცემებმა მნიშვნელოვანი ინფორმაცია მოგვცა პაულოვნიას ბიოლოგიასა და PaWB-ის ფორმირების მარეგულირებელ მექანიზმზე.
ცხოველის გენომი - სახეობების ევოლუციის ღრმა შეხედულებები
1. Nautilus pompilius-ის გენომი ანათებს თვალის ევოლუციას და ბიომინერალიზაციას
ერთობლივი დაწესებულება: სამხრეთ ჩინეთის ზღვის ოკეანოლოგიის ინსტიტუტი, CAS
ჟურნალი: ბუნებრივი ეკოლოგია და ევოლუცია
იმპაქტ-ფაქტორი: 15.462
ამ პროექტმა წარმოადგინა Nautilus pompilius-ის სრული გენომი.მას აქვს მინიმალისტური გენომი თანმიმდევრულ ცეფალოპოდებს შორის, რომელიც არის 730.58 მბ contigN50 = 1.1 მბ.BUSCO-ს შეფასების შედეგია 91,31%.ტრანსკრიპტომთან, პროტეომთან, გენის ოჯახთან და ფილოგენეტიკურ ანალიზთან ერთად, ამ გენომმა წარმოადგინა ფუნდამენტური მითითება ცეფალოპოდის ინოვაციებზე, როგორიცაა ნახვრეტი თვალი და ბიომინერალიზაცია.კვლევამ აჩვენა, რომ Hox-ის გენის კლასტერის სისრულის დაზიანება შეიძლება დაკავშირებული იყოს მოლუსკების გარსის გაქრობასთან.მნიშვნელოვანია, რომ მრავალი გენომიური ინოვაცია, მათ შორის გენების დაკარგვა, დამოუკიდებელი შეკუმშვა და გაფართოება კონკრეტული გენების ოჯახებისა და მათთან დაკავშირებულ მარეგულირებელ ქსელებში, სავარაუდოდ, აყალიბებს ნაუტილუსის ქინძისთავის თვალის ევოლუციას.ნაუტილუსის გენომი წარმოადგენდა ღირებულ რესურსს ევოლუციური სცენარებისა და გენომიური ინოვაციების რეკონსტრუქციისთვის, რომლებიც ქმნიან არსებულ ცეფალოპოდებს.
2. ზღვის დრაკონის გენომის ანალიზი იძლევა მის ფენოტიპსა და სქესის განსაზღვრის ადგილს
ერთობლივი დაწესებულება: სამხრეთ ჩინეთის ზღვის ოკეანოლოგიის ინსტიტუტი, CAS
ჟურნალი: Science Advances
იმპაქტ-ფაქტორი: 14.132
ეს პროექტი არის ჩვეულებრივი ზღვის დრაკონის (Phyllopteryx taeniolatus) და მასთან მჭიდროდ მონათესავე სახეობის, ალიგატორი მილი თევზის (Syngnathoides biaculeatus) მამრობითი და მდედრობითი სქესის გენომების ახალი თანმიმდევრობა.გენომის ზომა Phyllopteryx taeniolatus არის ~659 Mb (♂) და ~663 Mb (♀), contigN50 10.0 Mb და 12.1 Mb.გენომის ზომა Phyllopteryx taeniolatus არის 637 Mb (♂) და ~ 648 Mb (♀), contigN50 18.0 Mb და 21.0 Mb.ფილოგენეტიკური ანალიზის შედეგად, ჩვეულებრივი ზღვის დრაკონი და ალიგატორი მილსადენი არის Syngnathinae-ის ძმა ტაქსონი და განსხვავდებოდნენ დაახლოებით 27,3 მლნ.ევოლუციური სიახლის, ფოთლისმაგვარი დანამატების ტრანსკრიფციის პროფილები აჩვენებს, რომ ფარფლების განვითარებაში ჩართული გენების ნაკრები კოოპტირდება, ისევე როგორც ტრანსკრიპტების გამდიდრება პოტენციური ქსოვილის აღდგენისა და იმუნური თავდაცვის გენებისთვის.იდენტიფიცირებული იყო სავარაუდო სქესის განმსაზღვრელი ლოკუსი, რომელიც აკოდირებს მამაკაცის სპეციფიკურ amhr2y გენს, რომელსაც იზიარებს ჩვეულებრივი ზღვის დრაკონი და ალიგატორი მილსადენი.ამ პროექტმა წარმოადგინა კრიტიკული მტკიცებულება ადაპტური ევოლუციის კვლევებისთვის.
გამოქვეყნების დრო: სექ-19-2022