T2T GENOME ASSEMBLY, GAP FREE GENOME
1stბრინჯის ორი გენომი1
სათაური: ორი უფსკრული საცნობარო გენომის შეკრება და ვალიდაცია Xian/indica რაისისთვის, ავლენს შეხედულებებს მცენარეთა ცენტრიმერის არქიტექტურაში
დოი:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
გამოქვეყნების დრო: 2021 წლის 01 იანვარი.
ინსტიტუტი: ჰუაჟონგის სასოფლო-სამეურნეო უნივერსიტეტი, ჩინეთი
მასალები
O. sativa xian/indicaბრინჯის ჯიშები "Zhenshan 97 (ZS97)" და "Minghui 63 (MH63)
თანმიმდევრობის სტრატეგია
NGS კითხულობს + HiFi კითხვას + CLR კითხვას + BioNano + Hi-C
მონაცემები:
ZS97: 8,34 გბ (~ 23x) HiFi წაკითხვა + 48,39 გბ (~ 131x ) CLR კითხვა + 25 გბ (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys უჯრედი
MH63: 37,88 გბ (~ 103x) HiFi წაკითხვა + 48,97 გბ (~ 132x) CLR კითხვა + 28 გბ (~ 76x) NGS + 2 BioNano Irys უჯრედი
სურათი 1 ბრინჯის ორი უფსკრული გენომი (MH63 და ZS97)
2ndბანანის გენომი2
სათაური: ბანანის ტელომერიდან ტელომერამდე უფსკრული ქრომოსომა ნანოფორების თანმიმდევრობის გამოყენებით
დოი:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
გამოქვეყნების დრო: 2021 წლის 17 აპრილი.
ინსტიტუტი: Université Paris-Saclay, საფრანგეთი
მასალები
ორმაგი ჰაპლოიდიმუსა აკუმინატაsppმალაქცენზისი(DH-Pahang)
თანმიმდევრობის სტრატეგია და მონაცემები:
HiSeq2500 PE250 რეჟიმი + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ ოპტიკური რუკა (DLE-1+BspQ1)
ცხრილი 1 Musa acuminata (DH-Pahang) გენომის კრებულების შედარება
სურათი 2 მუსას გენომის არქიტექტურის შედარება
3rdPhaeodactylum tricornutum გენომი3
სათაური: Telomere-to-telomere genome assembly ofP
haeodactylum tricornutum
დოი:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
გამოქვეყნების დრო: 2021 წლის 04 მაისი
ინსტიტუტი: დასავლეთის უნივერსიტეტი, კანადა
მასალები
Phaeodactylum tricornutum(წყალმცენარეებისა და პროტოზოების კულტურის კოლექცია CCAP 1055/1)
თანმიმდევრობის სტრატეგია და მონაცემები:
1 Oxford Nanopore minION ნაკადის უჯრედი + 2×75 დაწყვილებული ბოლო შუა გამომავალი NextSeq 550 გაშვება
სურათი 3 სამუშაო პროცესი ტელომერიდან ტელომერამდე გენომის შეკრებისთვის
4thადამიანის CHM13 გენომი4
სათაური: ადამიანის გენომის სრული თანმიმდევრობა
დოი:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
გამოქვეყნების დრო: 2021 წლის 27 მაისი
ინსტიტუტი: ჯანმრთელობის ეროვნული ინსტიტუტი (NIH), აშშ
მასალები: უჯრედის ხაზი CHM13
თანმიმდევრობის სტრატეგია და მონაცემები:
30× PacBio წრიული კონსენსუსის თანმიმდევრობა (HiFi), 120× Oxford Nanopore ულტრაგრძელი წაკითხვის თანმიმდევრობა, 100× Illumina PCR-უფასო თანმიმდევრობა (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-Ctical), და Strand-seq
ცხრილი 2 GRCh38 და T2T-CHM13 ადამიანის გენომის კრებულების შედარება
მითითება
1.სერგეი ნურკი და სხვ.ადამიანის გენომის სრული თანმიმდევრობა.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.კაროლინ ბელსერი და სხვ.ბანანის ტელომერიდან ტელომერამდე უფსკრული ქრომოსომები ნანოფორების თანმიმდევრობის გამოყენებით.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutum-ის ტელომერიდან ტელომერის გენომის შეკრება.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.ჯია-მინგ სონგი და სხვ.Xian/indica რაისისთვის ორი უფსკრული საცნობარო გენომის აწყობა და ვალიდაცია ავლენს მცენარეთა ცენტრიმერის არქიტექტურის შეხედულებებს.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
გამოქვეყნების დრო: იან-06-2022