BMKCloud Log in
ბანერი-03

სიახლეები

T2T GENOME ASSEMBLY, GAP FREE GENOME

1stბრინჯის ორი გენომი1

სათაური: ორი უფსკრული საცნობარო გენომის შეკრება და ვალიდაცია Xian/indica რაისისთვის, ავლენს შეხედულებებს მცენარეთა ცენტრიმერის არქიტექტურაში

დოი:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

გამოქვეყნების დრო: 2021 წლის 01 იანვარი.

ინსტიტუტი: ჰუაჟონგის სასოფლო-სამეურნეო უნივერსიტეტი, ჩინეთი

მასალები

O. sativa xian/indicaბრინჯის ჯიშები "Zhenshan 97 (ZS97)" და "Minghui 63 (MH63)

თანმიმდევრობის სტრატეგია

NGS კითხულობს + HiFi კითხვას + CLR კითხვას + BioNano + Hi-C

მონაცემები:

ZS97: 8,34 გბ (~ 23x) HiFi წაკითხვა + 48,39 გბ (~ 131x ) CLR კითხვა + 25 გბ (~ 69x) NGS + 2 BioNano Irys უჯრედი

MH63: 37,88 გბ (~ 103x) HiFi წაკითხვა + 48,97 გბ (~ 132x) CLR კითხვა + 28 გბ (~ 76x) NGS + 2 BioNano Irys უჯრედი

Ფიგურა 1

სურათი 1 ბრინჯის ორი უფსკრული გენომი (MH63 და ZS97)

2ndბანანის გენომი2

სათაური: ბანანის ტელომერიდან ტელომერამდე უფსკრული ქრომოსომა ნანოფორების თანმიმდევრობის გამოყენებით

დოი:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

გამოქვეყნების დრო: 2021 წლის 17 აპრილი.

ინსტიტუტი: Université Paris-Saclay, საფრანგეთი

მასალები

ორმაგი ჰაპლოიდიმუსა აკუმინატაsppმალაქცენზისი(DH-Pahang)

თანმიმდევრობის სტრატეგია და მონაცემები:

HiSeq2500 PE250 რეჟიმი + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ ოპტიკური რუკა (DLE-1+BspQ1)

ცხრილი 1 Musa acuminata (DH-Pahang) გენომის კრებულების შედარება

ცხრილი1-GRCh38-and-T2T-CHM13-ადამიანის-გენომი-შეკრებების შედარება
ფიგურა-მუსა-გენომები-არქიტექტურა-შედარება

სურათი 2 მუსას გენომის არქიტექტურის შედარება

3rdPhaeodactylum tricornutum გენომი3

სათაური: Telomere-to-telomere genome assembly ofP
haeodactylum tricornutum

დოი:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

გამოქვეყნების დრო: 2021 წლის 04 მაისი

ინსტიტუტი: დასავლეთის უნივერსიტეტი, კანადა

მასალები

Phaeodactylum tricornutum(წყალმცენარეებისა და პროტოზოების კულტურის კოლექცია CCAP 1055/1)

თანმიმდევრობის სტრატეგია და მონაცემები:

1 Oxford Nanopore minION ნაკადის უჯრედი + 2×75 დაწყვილებული ბოლო შუა გამომავალი NextSeq 550 გაშვება

ფიგურა-Workflow-for-telomere-to-telomere-genome-assembly-1-1024x740

სურათი 3 სამუშაო პროცესი ტელომერიდან ტელომერამდე გენომის შეკრებისთვის

4thადამიანის CHM13 გენომი4

სათაური: ადამიანის გენომის სრული თანმიმდევრობა

დოი:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

გამოქვეყნების დრო: 2021 წლის 27 მაისი

ინსტიტუტი: ჯანმრთელობის ეროვნული ინსტიტუტი (NIH), აშშ

მასალები: უჯრედის ხაზი CHM13

თანმიმდევრობის სტრატეგია და მონაცემები:

30× PacBio წრიული კონსენსუსის თანმიმდევრობა (HiFi), 120× Oxford Nanopore ულტრაგრძელი წაკითხვის თანმიმდევრობა, 100× Illumina PCR-უფასო თანმიმდევრობა (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-Ctical), და Strand-seq

ცხრილი 2 GRCh38 და T2T-CHM13 ადამიანის გენომის კრებულების შედარება

Table-Comparison-of-Musa-acuminata-DH-Pahang-genome-assemblies

მითითება

1.სერგეი ნურკი და სხვ.ადამიანის გენომის სრული თანმიმდევრობა.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.კაროლინ ბელსერი და სხვ.ბანანის ტელომერიდან ტელომერამდე უფსკრული ქრომოსომები ნანოფორების თანმიმდევრობის გამოყენებით.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.Phaeodactylum tricornutum-ის ტელომერიდან ტელომერის გენომის შეკრება.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.ჯია-მინგ სონგი და სხვ.Xian/indica რაისისთვის ორი უფსკრული საცნობარო გენომის აწყობა და ვალიდაცია ავლენს მცენარეთა ცენტრიმერის არქიტექტურის შეხედულებებს.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


გამოქვეყნების დრო: იან-06-2022

გამოგვიგზავნეთ თქვენი შეტყობინება: