სიახლეები

ტრანსპოტენტური ელემენტის (TE) გაძლიერება აღიარებულია, როგორც მამოძრავებელი ძალა, რომელიც შუამავლობს გენომის ზომის გაფართოებასა და ევოლუციას, მაგრამ შედეგები 3D გენომის არქიტექტურის ფორმირებაზე ძირითადად უცნობი რჩება მცენარეებში.აქ ჩვენ ვახსენებთ საცნობარო ხარისხის გენომის შეკრებებს ბამბის სამი სახეობისთვის, რომლებიც სამჯერ მერყეობს გენომის ზომის, კერძოდGossypium rotundifolium(K2),გ.არბორეუმი(A2) დაგ.რაიმონდი(D5), Oxford Nanopore Technologies-ის გამოყენებით.გენომის შედარებითი ანალიზები ადასტურებს შთამომავლობის სპეციფიკური TE გაძლიერების დეტალებს, რაც ხელს უწყობს გენომის ზომის დიდ განსხვავებებს (K2, 2.44 გბ; A2, 1.62 გბ; D5, 750.19 მბ) და მიუთითებს შედარებით შენახულ გენის შემცველობასა და გენომებს შორის სინტენიის კავშირებზე.ჩვენ აღმოვაჩინეთ, რომ სინტენური გენების დაახლოებით 17% ამჟღავნებს ქრომატინის სტატუსის ცვლილებას აქტიურ ("A") და არააქტიურ ("B") ნაწილებს შორის და TE გაძლიერება დაკავშირებული იყო A განყოფილების პროპორციის ზრდასთან გენურ რეგიონებში (~ 7000 გენი). ) K2-ში და A2-ში D5-თან შედარებით.ტოპოლოგიურად ასოცირებული დომენის (TAD) საზღვრების მხოლოდ 42% იყო დაცული სამ გენომს შორის.ჩვენი მონაცემები გულისხმობს TE-ების ბოლო გაძლიერებას გვარის სპეციფიკური TAD საზღვრების ფორმირების შემდეგ.ეს კვლევა ნათელს ჰფენს ტრანსპოზონის შუამავლობით გენომის გაფართოების როლს მცენარეებში უმაღლესი რიგის ქრომატინის სტრუქტურის ევოლუციაში.