BMKCloud Log in
ბანერი-03

სიახლეები

მაღალი გამტარუნარიანობის გენოტიპირება, განსაკუთრებით ფართომასშტაბიან პოპულაციაში, არის ფუნდამენტური ნაბიჯი გენეტიკური ასოციაციის კვლევებში, რომელიც უზრუნველყოფს გენეტიკურ საფუძველს ფუნქციური გენის აღმოჩენისთვის, ევოლუციური ანალიზისთვის და ა.შ. ) დაინერგება თითო ნიმუშის თანმიმდევრობის დანახარჯების შესამცირებლად, გენეტიკური მარკერის აღმოჩენის გონივრული ეფექტურობის შესანარჩუნებლად.ეს ჩვეულებრივ მიიღწევა შეზღუდვის ფრაგმენტის მოპოვებით მოცემულ ზომის დიაპაზონში, რომელსაც ეწოდება შემცირებული წარმოდგენის ბიბლიოთეკა (RRL).სპეციფიური ლოკუსით გაძლიერებული ფრაგმენტების თანმიმდევრობა (SLAF-Seq) არის თვითგანვითარებული სტრატეგია de novo SNP აღმოჩენისა და დიდი პოპულაციების SNP გენოტიპაციისთვის.

ტექნიკური სამუშაო პროცესი

SLAF-tech-flow
SLAF-Seq-workflow-1011x1024

SLAF vs არსებული RRL მეთოდები

SLAF

SLAF-ის უპირატესობები

გენეტიკური მარკერების აღმოჩენის უფრო მაღალი ეფექტურობა– მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის ტექნოლოგიასთან ერთად, SLAF-Seq-ს შეუძლია მიაღწიოს ასობით ათასი ტეგს, რომლებიც აღმოჩენილია მთელ გენომში, რათა შეასრულოს სხვადასხვა კვლევითი პროექტების მოთხოვნა, როგორც საცნობარო გენომით, ასევე მის გარეშე.

მორგებული და მოქნილი ექსპერიმენტული დიზაინი- სხვადასხვა კვლევის მიზნისთვის ან სახეობისთვის, ხელმისაწვდომია სხვადასხვა ფერმენტული მონელების სტრატეგია, მათ შორის ერთფერმენტიანი, ორფერმენტული და მრავალფერმენტული მონელება.საჭმლის მონელების სტრატეგია წინასწარ იქნება შეფასებული სილიკოში, ფერმენტის ოპტიმალური დიზაინის უზრუნველსაყოფად.

მაღალი ეფექტურობა ფერმენტულ მონელებაში– წინასწარ შემუშავებული ფერმენტული მონელება უზრუნველყოფს უფრო თანაბრად განაწილებულ SLAF-ებს ქრომოსომაზე.ფრაგმენტების შეგროვების ეფექტურობამ შეიძლება მიაღწიოს 95% -ს.

მოერიდეთ განმეორებით თანმიმდევრობას– SLAF-Seq მონაცემებში განმეორებადი თანმიმდევრობის პროცენტი შემცირებულია 5%-ზე დაბალზე, განსაკუთრებით განმეორებადი ელემენტების მაღალი დონის მქონე სახეობებში, როგორიცაა ხორბალი, სიმინდი და ა.შ.

თვითგანვითარებული ბიოინფორმაციული სამუშაო პროცესი– BMK-მ შეიმუშავა ინტეგრირებული ბიოინფორმაციული სამუშაო პროცესი, რომელიც გამოიყენება SLAF-Seq ტექნოლოგიაზე, რათა უზრუნველყოს საბოლოო გამომავალი საიმედოობა და სიზუსტე.

SLAF-ის გამოყენება

გენეტიკური კავშირის რუკა

მაღალი სიმკვრივის გენეტიკური რუქის აგება და ლოკების იდენტიფიცირება, რომლებიც აკონტროლებენ ყვავილის ტიპის მახასიათებლებს ქრიზანთემაში (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)

ჟურნალი: მებაღეობის კვლევა გამოქვეყნებულია: 2020.7

GWAS

კანდიდატი გენის იდენტიფიკაცია, რომელიც დაკავშირებულია იზოფავონის შემცველობასთან სოიოს თესლებში გენომის მასშტაბური ასოციაციისა და კავშირის რუკის გამოყენებით

ჟურნალი: მცენარეთა ჟურნალი გამოქვეყნდა: 2020.08

ევოლუციური გენეტიკა

პოპულაციის გენომიური ანალიზი და დე ნოვო შეკრება ავლენს სარეველა ბრინჯის წარმოშობას, როგორც ევოლუციური თამაშის

ჟურნალი: Molecular Plant გამოქვეყნებულია: 2019 წ.5

ნაყარი სეგრეგანტული ანალიზი (BSA)

GmST1, რომელიც აკოდირებს სულფოტრანსფერაზას, ანიჭებს წინააღმდეგობას სოიოს მოზაიკის ვირუსის G2 და G3 შტამების მიმართ.

ჟურნალი: Plant, Cell&Environment გამოქვეყნებულია: 2021.04

SLAF-BSA

მითითება

Sun X, Liu D, Zhang X და სხვ.SLAF-Seq: ფართომასშტაბიანი de novo SNP აღმოჩენისა და გენოტიპირების ეფექტური მეთოდი მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის[J] გამოყენებით.Plos one, 2013, 8(3):e58700
სიმღერა X, Xu Y, Gao K და სხვ.მაღალი სიმკვრივის გენეტიკური რუქის აგება და ლოკების იდენტიფიცირება, რომლებიც აკონტროლებენ ყვავილის ტიპის ნიშან-თვისებებს ქრიზანთემაში (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7:108.
ვუ დ, ლი დ, ჟაო X და სხვ.კანდიდატი გენის იდენტიფიცირება, რომელიც დაკავშირებულია იზოფლავონის შემცველობასთან სოიოს თესლებში გენომის მასშტაბური ასოციაციისა და კავშირის რუკის გამოყენებით.მცენარე J. 2020;104 (4): 950-963 წწ.
Sun J, Ma D, Tang L და სხვ.პოპულაციის გენომის ანალიზი და De Novo ასამბლეა ავლენს სარეველა ბრინჯის, როგორც ევოლუციური თამაშის წარმოშობას.მოლის მცენარე.2019; 12 (5): 632-647.მოლის მცენარე.2018 წელი;11(11):1360-1376 წ.
Zhao X, Jing Y, Luo Z და სხვ.GmST1, რომელიც აკოდირებს სულფოტრანსფერაზას, ანიჭებს მდგრადობას სოიოს მოზაიკის ვირუსის G2 და G3 შტამების მიმართ.მცენარეული უჯრედის გარემო.2021;10.1111/ც.14066


გამოქვეყნების დრო: იან-04-2022

გამოგვიგზავნეთ თქვენი შეტყობინება: