მეტაგენომიური თანმიმდევრობა-ნანოპორი
სერვისის უპირატესობები
● მაღალი ხარისხის შეკრება - სახეობების იდენტიფიკაციისა და ფუნქციური გენის პროგნოზირების სიზუსტის გამაძლიერებელი
● ბაქტერიული გენომის დახურული იზოლაცია
● უფრო ძლიერი და საიმედო გამოყენება მრავალფეროვან სფეროში, მაგ.
● შედარებითი მეტაგენომის ანალიზი
სერვისის სპეციფიკაციები
| Პლატფორმა | თანმიმდევრობა | რეკომენდებული მონაცემები | შემობრუნების დრო |
| ნანოპორი | ONT | 6 გ/10 გ | 65 სამუშაო დღე |
ბიოინფორმატიკის ანალიზები
● ნედლი მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
● მეტაგენომის შეკრება
● არაზედმეტი გენის ნაკრები და ანოტაცია
● სახეობების მრავალფეროვნების ანალიზი
● გენეტიკური ფუნქციის მრავალფეროვნების ანალიზი
● ჯგუფთაშორისი ანალიზი
● ასოციაციის ანალიზი ექსპერიმენტული ფაქტორების წინააღმდეგ
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ნიმუშის მოთხოვნები:
ამისთვისდნმ-ის ექსტრაქტები:
| ნიმუშის ტიპი | თანხა | კონცენტრაცია | სიწმინდე |
| დნმ-ის ექსტრაქტები | 1-1,5 მკგ | ＞ 20 ნგ/მკლ | OD260/280= 1.6-2.5 |
გარემოს ნიმუშებისთვის:
| ნიმუშის ტიპი | რეკომენდირებული ნიმუშის აღების პროცედურა |
| ნიადაგი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;დარჩენილი გამხმარი ნივთიერება უნდა მოიხსნას ზედაპირიდან;გახეხეთ დიდი ნაჭრები და გაიარეთ 2მმ ფილტრით;აკრიფეთ ნიმუშები სტერილურ EP-ტუბში ან ციროტუბში დაჯავშნისთვის. |
| განავალი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;შეაგროვეთ და აკრიფეთ ნიმუშები სტერილურ EP-ტუბში ან კრიოტუბში დაჯავშნისთვის. |
| ნაწლავის შიგთავსი | ნიმუშები უნდა დამუშავდეს ასეპტიკურ პირობებში.გარეცხეთ შეგროვებული ქსოვილი PBS-ით;ცენტრიფუგა PBS და შეაგროვეთ ნალექი EP- მილებში. |
| შლამი | სინჯის რაოდენობა: დაახლ.5 გ;შეაგროვეთ და შეაგროვეთ ტალახის ნიმუში სტერილურ EP-ტუბში ან კრიოტუბში დაჯავშნისთვის |
| წყლის სხეული | მიკრობების შეზღუდული რაოდენობის ნიმუშისთვის, როგორიცაა ონკანის წყალი, ჭაბურღილის წყალი და ა.შ., შეაგროვეთ მინიმუმ 1 ლიტრი წყალი და გაიარეთ 0,22 მკმ ფილტრში მიკრობული მემბრანაზე გამდიდრების მიზნით.შეინახეთ მემბრანა სტერილურ მილში. |
| Კანი | ფრთხილად გახეხეთ კანის ზედაპირი სტერილური ბამბის ტამპონით ან ქირურგიული პირით და მოათავსეთ იგი სტერილურ მილში. |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
ნიმუშები გაყინეთ თხევად აზოტში 3-4 საათის განმავლობაში და შეინახეთ თხევად აზოტში ან -80 გრადუსამდე ხანგრძლივ რეზერვაციამდე.საჭიროა ნიმუშის მიწოდება მშრალი ყინულით.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
1. Heatmap: სახეობების სიმდიდრის კლასტერირება
2. ფუნქციური გენები, რომლებიც ანოტირებულია KEGG მეტაბოლურ გზებზე
3.სახეობების კორელაციის ქსელი
4.CARD ანტიბიოტიკების წინააღმდეგობის გენების ცირკები
BMK საქმე
Nanopore metagenomics შესაძლებელს ხდის ქვედა სასუნთქი გზების ბაქტერიული ინფექციის სწრაფ კლინიკურ დიაგნოზს
გამოქვეყნებულია:ბუნება ბიოტექნოლოგია, 2019 წელი
ტექნიკური მაჩვენებლები
თანმიმდევრობა: Nanopore MinION
კლინიკური მეტაგენომიკის ბიოინფორმატიკა: მასპინძლის დნმ-ის ამოწურვა, WIMP და ARMA ანალიზი
სწრაფი აღმოჩენა: 6 საათი
მაღალი მგრძნობელობა: 96.6%
ძირითადი შედეგები
2006 წელს ქვედა სასუნთქი გზების ინფექციამ (LR) მსოფლიოში 3 მილიონი ადამიანის სიკვდილი გამოიწვია.LR1 პათოგენის გამოვლენის ტიპიური მეთოდია კულტივირება, რომელსაც აქვს ცუდი მგრძნობელობა, ხანგრძლივი შემობრუნების დრო და ადრეული ანტიბიოტიკოთერაპიის მიმართ მითითებების ნაკლებობა.სწრაფი და ზუსტი მიკრობული დიაგნოზი დიდი ხანია გადაუდებელი საჭიროებაა.დოქტორმა ჯასტინმა აღმოსავლეთ ინგლისის უნივერსიტეტიდან და მისმა პარტნიორებმა წარმატებით შეიმუშავეს ნანოპორზე დაფუძნებული მეტაგენომიური მეთოდი პათოგენის გამოვლენისთვის.მათი სამუშაო პროცესის მიხედვით, მასპინძელი დნმ-ის 99,99% შეიძლება ამოიწუროს.გამოვლენა პათოგენებსა და ანტიბიოტიკებისადმი რეზისტენტულ გენებში შეიძლება დასრულდეს 6 საათში.
მითითება
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomics შესაძლებელს ხდის ქვედა სასუნთქი გზების ბაქტერიული ინფექციის სწრაფ კლინიკურ დიაგნოზს.ბუნება ბიოტექნოლოგია, 37(7), 1.
