პროდუქტები

1.ჰისტოგრამა: სახეობების გავრცელება

2. ფუნქციური გენები, რომლებიც ანოტირებულია KEGG მეტაბოლურ გზებზე

3.სითბო რუკა: დიფერენციალური ფუნქციები გენების ფარდობითი სიმრავლის საფუძველზე4.CARD ანტიბიოტიკების წინააღმდეგობის გენების ცირკები

BMK საქმე

ანტიბიოტიკორეზისტენტობის გენებისა და ბაქტერიული პათოგენების გავრცელება ნიადაგ-მანგროს ფესვის კონტინუუმის გასწვრივ

გამოქვეყნებულია:ჟურნალი საშიში მასალების შესახებ, 2021 წ

თანმიმდევრობის სტრატეგია:

მასალები: მანგროს ფესვების ასოცირებული ნიმუშების ოთხი ფრაგმენტის დნმ ექსტრაქტები: დაურგავი ნიადაგი, რიზოსფერო, ეპისფერო და ენდოსფერო ნაწილები
პლატფორმა: Illumina HiSeq 2500
მიზნები: მეტაგენომი
16S rRNA გენი V3-V4 რეგიონი

ძირითადი შედეგები

მანგროს ნერგების ნიადაგ-ფესვის კონტინიუმზე მეტაგენომიური თანმიმდევრობა და მეტაბარკოდირების პროფილირება დამუშავდა, რათა შესწავლილიყო ანტიბიოტიკების წინააღმდეგობის გენების (ARGs) ნიადაგიდან მცენარეებში გავრცელება.მეტაგენომიურმა მონაცემებმა აჩვენა, რომ ანტიბიოტიკებისადმი რეზისტენტობის გენების 91.4% ჩვეულებრივ იდენტიფიცირებული იყო ზემოთ ნახსენებ ნიადაგის ოთხივე განყოფილებაში, რაც აჩვენა უწყვეტი მოდა.16S rRNA ამპლიკონის თანმიმდევრობა წარმოქმნის 29285 თანმიმდევრობას, რომელიც წარმოადგენს 346 სახეობას.ამპლიკონის თანმიმდევრობით სახეობების პროფილირებასთან ერთად, აღმოჩნდა, რომ ეს გავრცელება დამოუკიდებელი იყო ფესვთან ასოცირებული მიკრობიოტასგან, თუმცა, მას შეიძლება ხელი შეუწყოს გენეტიკური ელემენტების მობილურობამ.ამ კვლევამ გამოავლინა ARG-ების და პათოგენების ნაკადი ნიადაგიდან მცენარეებში ერთმანეთთან დაკავშირებული ნიადაგი-ფესვის კონტინიუმის მეშვეობით.

მითითება

Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).ანტიბიოტიკორეზისტენტობის გენების და ბაქტერიული პათოგენების გავრცელება ნიადაგ-მანგროს ფესვების კონტინუუმის გასწვრივ.სახიფათო მასალების ჟურნალი, 408, 124985.