-
მცენარეთა/ცხოველთა De novo გენომის თანმიმდევრობა
ახალითანმიმდევრობა გულისხმობს სახეობის მთელი გენომის მშენებლობას თანმიმდევრობის ტექნოლოგიების გამოყენებით, მაგ. PacBio, Nanopore, NGS და ა.შ., საცნობარო გენომის არარსებობის შემთხვევაში.მესამე თაობის თანმიმდევრობის ტექნოლოგიების წაკითხვის ხანგრძლივობის მნიშვნელოვანმა გაუმჯობესებამ შექმნა ახალი შესაძლებლობები რთული გენომების აწყობაში, როგორიცაა მაღალი ჰეტეროზიგოტურობა, განმეორებადი უბნების მაღალი თანაფარდობა, პოლიპლოიდები და ა.შ. განმეორებადი ელემენტების, არანორმალური GC შემცველობის რეგიონების და სხვა უაღრესად რთული რეგიონების გადაჭრა.
პლატფორმა: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C დაფუძნებული გენომის ასამბლეა
Hi-C არის მეთოდი, რომელიც შექმნილია ქრომოსომის კონფიგურაციის დასაფიქსირებლად, სიახლოვეზე დაფუძნებული ურთიერთქმედებებისა და მაღალი გამტარუნარიანობის თანმიმდევრობის კომბინაციით.ითვლება, რომ ამ ურთიერთქმედების ინტენსივობა უარყოფითად არის დაკავშირებული ქრომოსომებზე ფიზიკურ მანძილთან.აქედან გამომდინარე, Hi-C მონაცემებს შეიძლება უხელმძღვანელოს გენომში აწყობილი თანმიმდევრობების დაჯგუფება, მოწესრიგება და ორიენტირება და მათი დამაგრება ქრომოსომების გარკვეულ რაოდენობაზე.ეს ტექნოლოგია აძლიერებს ქრომოსომის დონის გენომის შეკრებას პოპულაციაზე დაფუძნებული გენეტიკური რუქის არარსებობის შემთხვევაში.თითოეულ გენომს სჭირდება Hi-C.
პლატფორმა: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
ევოლუციური გენეტიკა
ევოლუციური გენეტიკა არის შეფუთული თანმიმდევრობის სერვისი, რომელიც შექმნილია მოცემული მასალების ევოლუციური ინფორმაციის ყოვლისმომცველი ინტერპრეტაციისთვის, გენეტიკური ვარიაციების საფუძველზე, მათ შორის SNP, InDels, SVs და CNV.ის უზრუნველყოფს ყველა ფუნდამენტურ ანალიზს, რომელიც საჭიროა პოპულაციების ევოლუციური ცვლილებებისა და გენეტიკური მახასიათებლების აღსაწერად, როგორიცაა პოპულაციის სტრუქტურა, გენეტიკური მრავალფეროვნება, ფილოგენური ურთიერთობები და ა.შ.
-
შედარებითი გენომიკა
შედარებითი გენომიკა სიტყვასიტყვით ნიშნავს სხვადასხვა სახეობის გენომის სრული თანმიმდევრობებისა და სტრუქტურების შედარებას.ეს დისციპლინა მიზნად ისახავს სახეობების ევოლუციის, გენის ფუნქციის, გენის მარეგულირებელი მექანიზმის გამოვლენას გენომის დონეზე, მიმდევრობის სტრუქტურებისა და ელემენტების იდენტიფიცირებით, რომლებიც შენარჩუნებულია ან დიფერენცირებულია სხვადასხვა სახეობებში.ტიპიური შედარებითი გენომიკის შესწავლა მოიცავს ანალიზებს გენის ოჯახში, ევოლუციურ განვითარებას, მთლიან გენომის დუბლირებას, სელექციურ წნევას და ა.შ.
-
ნაყარი სეგრეგანტული ანალიზი
ნაყარი სეგრეგანტული ანალიზი (BSA) არის ტექნიკა, რომელიც გამოიყენება ფენოტიპთან დაკავშირებული გენეტიკური მარკერების სწრაფად იდენტიფიცირებისთვის.BSA-ს ძირითადი სამუშაო პროცესი შეიცავს ინდივიდების ორი ჯგუფის შერჩევას უკიდურესად საპირისპირო ფენოტიპებით, ყველა ინდივიდის დნმ-ის გაერთიანებას დნმ-ის ორი ძირითადი ნაწილის შესაქმნელად, ორ აუზს შორის დიფერენციალური თანმიმდევრობის იდენტიფიცირებას.ეს ტექნიკა ფართოდ იქნა გამოყენებული გენეტიკური მარკერების იდენტიფიცირებისთვის, რომლებიც მჭიდროდ დაკავშირებულია მიზნობრივ გენებთან მცენარის/ცხოველის გენომებში.
