10x Genomics Visium სივრცითი ტრანსკრიპტომა
მახასიათებლები
● გარჩევადობა: 100 μM
● ლაქის დიამეტრი: 55 μM
● ლაქების რაოდენობა: 4992
● გადაღების არე: 6,5 x 6,5 მმ
● თითოეული შტრიხკოდირებული ადგილი დატვირთულია 4 განყოფილებისგან შემდგარი პრაიმერებით:
- პოლი(dT) კუდი mRNA პრაიმინგისა და cDNA სინთეზისთვის
- უნიკალური მოლეკულური იდენტიფიკატორი (UMI) გამაძლიერებელი მიკერძოების გამოსასწორებლად
- სივრცითი შტრიხკოდი
- ნაწილობრივი წაკითხული 1 თანმიმდევრობის პრაიმერის დამაკავშირებელი თანმიმდევრობა
● სექციების H&E შეღებვა
უპირატესობები
●ერთჯერადი სერვისი: აერთიანებს ყველა გამოცდილებას და უნარებზე დაფუძნებულ ნაბიჯებს, მათ შორის კრიო-სექციურობას, შეღებვას, ქსოვილის ოპტიმიზაციას, სივრცითი შტრიხკოდირებას, ბიბლიოთეკის მომზადებას, თანმიმდევრობას და ბიოინფორმატიკას.
● მაღალკვალიფიციური ტექნიკური გუნდი: გამოცდილება ქსოვილის 250-ზე მეტ ტიპსა და 100+ სახეობაში, მათ შორის ადამიანები, თაგვი, ძუძუმწოვარი, თევზი და მცენარეები.
●რეალურ დროში განახლება მთელ პროექტზე: ექსპერიმენტული პროგრესის სრული კონტროლით.
●ყოვლისმომცველი სტანდარტული ბიოინფორმატიკა:პაკეტი მოიცავს 29 ანალიზს და 100+ მაღალი ხარისხის ფიგურას.
●მორგებული მონაცემთა ანალიზი და ვიზუალიზაცია: ხელმისაწვდომია სხვადასხვა კვლევის მოთხოვნისთვის.
●არჩევითი ერთობლივი ანალიზი ერთუჯრედიანი mRNA თანმიმდევრობით
სპეციფიკაციები
| ნიმუშის მოთხოვნები | ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდირებულია მონაცემები | Ხარისხის კონტროლი |
| OCT-ში ჩაშენებული კრიოს ნიმუშები, FFPE ნიმუშები (ოპტიმალური დიამეტრი: დაახლოებით 6x6x6 მმ3) 3 ბლოკი თითო ნიმუშზე | 10X Visium cDNA ბიბლიოთეკა | ილუმინა PE150 | 50K PE იკითხება თითო ადგილზე (60 გბ) | RIN> 7 |
ნიმუშის მომზადების ინსტრუქციისა და მომსახურების სამუშაო პროცესის შესახებ დამატებითი ინფორმაციისთვის, გთხოვთ, თავისუფლად ესაუბროთ აBMKGENE ექსპერტი
სერვისის სამუშაო პროცესი
ნიმუშის მომზადების ფაზაში ტარდება რნმ-ის მოპოვების საწყისი ტესტირება მაღალი ხარისხის რნმ-ის მიღების უზრუნველსაყოფად.ქსოვილის ოპტიმიზაციის ეტაპზე სექციები შეღებილია და ვიზუალიზაცია ხდება და ქსოვილიდან mRNA განთავისუფლების გამტარიანობის პირობები ოპტიმიზებულია.შემდეგ ოპტიმიზებული პროტოკოლი გამოიყენება ბიბლიოთეკის მშენებლობის დროს, რასაც მოჰყვება თანმიმდევრობა და მონაცემთა ანალიზი.
მომსახურების სრული პროცესი მოიცავს რეალურ დროში განახლებებს და კლიენტის დადასტურებას, რათა შეინარჩუნოს საპასუხო გამოხმაურება, რაც უზრუნველყოფს პროექტის შეუფერხებელ შესრულებას.
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
მონაცემთა ხარისხის კონტროლი:
o მონაცემთა გამომავალი და ხარისხის ქულების განაწილება
o გენის გამოვლენა თითო ადგილზე
o ქსოვილის დაფარვა
შიდა ნიმუშის ანალიზი:
o გენის სიმდიდრე
o წერტილოვანი კლასტერირება, შემცირებული განზომილების ანალიზის ჩათვლით
o დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი კლასტერებს შორის: მარკერის გენების იდენტიფიკაცია
o მარკერის გენების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
ჯგუფთაშორისი ანალიზი
o ლაქების ხელახალი კომბინაცია ორივე ნიმუშიდან (მაგ. დაავადებული და კონტროლი) და ხელახალი კლასტერიდან
o თითოეული კლასტერისთვის მარკერის გენების იდენტიფიცირება
o მარკერის გენების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
o ერთი და იგივე კლასტერის დიფერენციალური გამოხატვა ჯგუფებს შორის
შიდა ნიმუშის ანალიზი
ლაქების დაჯგუფება
მარკერის გენების იდენტიფიკაცია და სივრცითი განაწილება
ჯგუფთაშორისი ანალიზი
მონაცემთა კომბინაცია ორივე ჯგუფიდან და ხელახალი კლასტერი
ახალი კლასტერების მარკერის გენები
გამოიკვლიეთ მიღწევები, რომლებიც ხელს უწყობს BMKGene-ის სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის სერვისს 10X Visium ამ გამორჩეულ პუბლიკაციებში:
ჩენი, დ. და სხვ.(2023) 'mthl1, ძუძუმწოვრების ადჰეზიური GPCR-ების დროზოფილის პოტენციური ჰომოლოგი, ჩართულია ანტისიმსივნურ რეაქციებში ბუზებში ინექციურ ონკოგენურ უჯრედებზე', ამერიკის შეერთებული შტატების მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიის Proceedings, 120(30), გვ.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
ჩენი, ი. და სხვ.(2023) 'STEEL საშუალებას იძლევა მაღალი გარჩევადობით განვსაზღვროთ სივრცითი-დროითი ტრანსკრიპტომიური მონაცემები', ბრიფინგები ბიოინფორმატიკაში, 24(2), გვ. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. და სხვ.(2022) "ორგანოგენეზის სივრცითი დროითი ატლასი ორქიდეის ყვავილების განვითარებაში", ნუკლეინის მჟავების კვლევა, 50(17), გვ. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის ინტეგრირება და ერთბირთვიანი რნმ-ის თანმიმდევრობა ავლენს პოტენციურ თერაპიულ სტრატეგიებს საშვილოსნოს ლეიომიომისთვის', ბიოლოგიური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 19(8), გვ. 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
