Urutan transkrip kabeh - Illumina
Kaluwihan Service
● Estimasi kabeh jinis RNA saka segi jumlah, ekspresi lan ekspresi relatif adhedhasar kromosom
● Identifikasi RNA sing ditulis kanthi beda lan ekspresi sing cocog
● Analisis ko-ekspresi gen
● analisis jaringan ceRNA
● gen kunci melu analisis pathway
● Pangiriman asil adhedhasar BMKCloud: Data-mining khusus kasedhiya ing platform
● Layanan sawise-sale bener kanggo 3 sasi sawise project completion
Syarat Sampel lan Pangiriman
| Pustaka | Platform | Data sing disaranake | Data QC |
| RNA total | Illumina PE150&SE50 | Sirkuit/lnc/mRNA: 16G;miRNA: 10M diwaca | Q30≥85% |
Syarat Sampel:
Nukleotida:
| Kemurnian | Integritas | Kontaminasi | Jumlah |
| OD260/280≥1.7-2.5； OD260/230≥0.5-2.5； | Kanggo tetanduran: RIN≥6.5;Kanggo kewan: RIN≥7;28S/18S≥1.0;winates utawa ora elevasi baseline | Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel. | Conc.≥100 ng/μl;Volume ≥ 10 μl;Total ≥ 2 μg |
Tisu: Bobot (garing): ≥1 g
*Kanggo jaringan sing luwih cilik saka 5 mg, disaranake ngirim sampel jaringan flash beku (ing nitrogen cair).
Suspensi sel: Jumlah sel = 3×107
* Disaranake ngirim lysate sel beku.Yen jumlah sel luwih cilik tinimbang 5 × 105, lampu kilat beku ing nitrogen cair dianjurake.
Sampel getih:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol lan 2mL getih (TRIzol:Getih=3:1)
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadhah:
2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)
Labeling sampel: Group+replikat contone A1, A2, A3;B1, B2, B3....
Kintunan:
1.Es garing: Sampel kudu dikemas ing tas lan dikubur ing es garing.
2.Tabung stabil RNA: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (umpamane RNAstable®) lan dikirim ing suhu kamar.
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
pangiriman sampel
Ekstraksi RNA
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
Bioinformatika
1.Estimasi ing kabeh jinis RNA adhedhasar expression relatif
Circos babagan pentinge beda ing ekspresi RNA
2. Jaringan jalur KEGG terintegrasi
Jaringan jalur KEGG terintegrasi
3. analisis jaringan ceRNA
ceRNA Interaksi DE-circRNA-miRNA-mRNA adhedhasar Jaringan
Kasus BMK
Pola Ekspresi CircRNA lan Jaringan ceRNA lan miRNA–mRNA sing Terlibat ing Pengembangan Anther ing Garis CMS Brassica campestris
Diterbitake:Jurnal Internasional Ilmu Molekuler,2019
Sel NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) lan sel kontrol negatif (sh-Scr) dijupuk ing dina 6 infeksi virus tartamtu.
Asil kunci
Panliten iki netepake garis sterilitas lanang sitoplasma Polima (CMS) "Bcpol97-05A", lan garis subur, "Bcajh97-01B", ing Brassica campestris L. ssp.chinensis Makino, syn.B. rapa ssp.chinensis, lan nindakake perbandingan profil ekspresi RNA antarane kuncup kembang saka garis steril lan garis subur kanthi urutan transkriptom kabeh.
1. Gunggunge 31 circRNA sing diungkapake sacara beda (DE), 47 DE miRNA, lan 4779 DE mRNA diidentifikasi.
2. Analisis ontologi gen (GO) nuduhake manawa sebagian besar gen DE melu pangembangan tembok serbuk sari.
3. Analisis pengayaan jalur KEGG saka mRNA DE (kalebu mRNA sing diatur munggah lan mudhun ing garis steril dibandhingake karo garis sing subur) nuduhake yen "pati lan sukrosemetabolisme", "biosintesis fenilpropanoid", lan "interkonversi pentosa lan glukuronat." " minangka jalur metabolisme sing paling sugih.
 Analisis pengayaan jalur KEGG saka mRNA sing ditulis kanthi beda |  Klasifikasi ontologi gen (GO) mRNA sing diekspresikake kanthi beda |  Tampilan jaringan triple DEcircRNA–DEmiRNA–DEmRNA |
Referensi
Liang Y, Zhang Y, Xu L, et al.Pola Ekspresi CircRNA lan Jaringan ceRNA lan miRNA-mRNA sing melu Pengembangan Anther ing Garis CMS Brassica campestris [J].Jurnal Internasional Ilmu Molekuler, 2019, 20(19):4808-.DOI: 10.3390/ijms20194808
