Urutan Fragmen Diperkuat Lokus Khusus (SLAF-Seq)
Rincian Layanan
Skema Teknis
Aliran kerja
Kaluwihan Service
Efisiensi panemuan panandha dhuwur- Teknologi sekuensing throughput dhuwur mbantu SLAF-Seq nemokake atusan ewu tag ing kabeh genom.
Ketergantungan sing kurang ing génom- Bisa ditrapake kanggo spesies kanthi utawa tanpa génom referensi.
Desain skema fleksibel- Enzim tunggal, dual-enzim, pencernaan multi-enzim lan macem-macem jinis enzim, kabeh bisa dipilih kanggo ngrampungake tujuan riset utawa spesies sing beda.Pre-evaluasi ing silico digunakake kanggo njamin desain enzim optimal.
Pencernaan enzim sing efisien- Pra-eksperimen ditindakake kanggo ngoptimalake kahanan, sing ndadekake eksperimen formal stabil lan dipercaya.Efisiensi koleksi pecahan bisa entuk luwih saka 95%.
Tag SLAF sing disebarake kanthi rata- Tag SLAF disebarake kanthi rata ing kabeh kromosom nganti paling gedhe, entuk rata-rata 1 SLAF saben 4 kb.
Panyegahan sing efektif kanggo mbaleni- Urutan bola-bali ing data SLAF-Seq dikurangi dadi luwih murah tinimbang 5%, utamane ing spesies kanthi tingkat pengulangan sing dhuwur, kayata gandum, jagung, lsp.
Pengalaman ekstensif-Swara 2000 ditutup proyek SLAF-Seq ing atusan spesies panutup tetanduran, mamalia, manuk, serangga, aqua-organisme, etc.
Alur kerja bioinformatika sing dikembangake dhewe- Alur kerja bioinformatik terpadu kanggo SLAF-Seq dikembangake dening BMKGENE kanggo njamin linuwih lan akurasi output akhir.
Spesifikasi Layanan
| Platform | Conc.(ng/gl) | Total (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Volume > 15μl) | 1.6-2.5 |
Dianjurake Sequencing Strategy
ambane urutan: 10X/Tag
| Ukuran Genome | Dianjurake SLAF Tags |
| <500 Mb | 100K utawa WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Genom raksasa utawa kompleks | 300 - 400K |
| Aplikasi
| Dianjurake Skala Populasi
| Strategi urutan lan ambane
| |
| ambane
| Nomer Tag
| ||
| GWAS
| Nomer sampel ≥ 200
| 10X
|
miturut ukuran genom
|
| Evolusi Genetik
| Individu saka saben subkelompok ≥ 10; total sampel ≥ 30
| 10X
| |
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadah: 2 ml tabung centrifuge
Kanggo umume conto, disaranake supaya ora disimpen ing etanol.
Labeling sampel: Sampel kudu diwenehi label kanthi jelas lan padha karo formulir informasi sampel sing dikirim.
Kintunan: Es garing: Sampel kudu dibungkus dhisik ing kantong lan dikubur ing es garing.
Alur Kerja Layanan
Sampel QC
Eksperimen pilot
SLAF-eksperimen
Persiapan Pustaka
Sequencing
Analisis Data
Layanan sawise-sale
1. Statistik asil peta
2. pangembangan SLAF panandha
3. Anotasi variasi
| taun | Jurnal | IF | judhul | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam | 17.694 | Dasar genomik saka kromosom giga lan genom giga saka peony wit Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Phytologist anyar | 7.433 | Jejak domestikasi jangkar wilayah genom sing wigati agronomis ing kedhele | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnal Riset Lanjut | 12.822 | Introgresi artifisial genom saka Gossypium barbadense menyang G. hirsutum mbukak lokus unggul kanggo nambah kualitas serat katun lan ngasilaken sipat | SLAF-Evolusioner genetika |
| 2019 | Tanduran Molekul | 10.81 | Analisis Genomik Populasi lan Majelis De Novo Mbukak Asal-Usul Weedy Beras minangka Game Evolusi | SLAF-Evolusioner genetika |
| 2019 | Genetika Alam | 31.616 | Urutan genom lan keragaman genetik saka carp umum, Cyprinus carpio | Peta SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetika Alam | 25.455 | Genom kacang sing diolah menehi wawasan babagan kariotipe legum, poliploid evolusi lan domestikasi tanduran. | Peta SLAF-Linkage |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 9.803 | Identifikasi ST1 nuduhake pilihan sing nglibatake hitchhiking morfologi wiji lan kandungan lenga sajrone domestikasi kedelai | Pangembangan SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Internasional Ilmu Molekul | 6.208 | Identifikasi lan Pengembangan Marker DNA kanggo Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitusi Kromosom Disomik | Pangembangan SLAF-Marker |
