Peta panas
File data matriks digunakake kanggo gambar peta panas, sing bisa nyaring, normalake lan data matriks kluster.Biasane digunakake kanggo analisis klompok tingkat ekspresi gen ing antarane macem-macem conto.
Anotasi Gene
Anotasi fungsi gen ditindakake kanthi pemetaan urutan ing file FASTA marang macem-macem database.
Anotasi Gene
Alat Panelusuran Alignment Lokal Dasar
CDS_UTR_Prediksi
Alat iki dirancang kanggo prédhiksi wilayah coding (CDS) lan wilayah non-coding (UTR) ing urutan transkrip tartamtu adhedhasar blasting marang database protein sing dikenal lan prediksi ORF.
Plot Manhattan
Plot Manhattan mbisakake tampilan data kanthi akeh titik data.Biasane digunakake ing studi asosiasi genom (GWAS).
Circos
Diagram CIRCOS mbisakake presentasi langsung distribusi SNP, InDeL, SV, CNV ing genom.
GO_Pengayaan
TopGO minangka alat sing dirancang kanggo pengayaan fungsional.Paket TopGO-Bioconductor kalebu analisis ekspresi diferensial, analisis pengayaan GO lan visualisasi asil.Bakal ngasilake folder kanthi output jenenge "Graph", sing ngemot asil kanggo topGO_BP, topGO_CC lan topGO_MF.
WGCNA
WGCNA minangka metode pertambangan data sing akeh digunakake kanggo nemokake modul co-ekspresi gen.Iki ditrapake kanggo macem-macem dataset ekspresi kalebu data microarray lan data ekspresi gen sing asale saka urutan generasi sabanjure.
InterProScan
Analisis lan klasifikasi urutan protein InterPro
GO_KEGG_Pengayaan
Alat iki dirancang kanggo ngasilake histogram pengayaan GO, histogram pengayaan KEGG lan jalur pengayaan KEGG adhedhasar set gen lan anotasi sing cocog.