Non-Referensi adhedhasar mRNA Sequencing-Illumina

Urutan mRNA nggunakake teknik urutan generasi sabanjure (NGS) kanggo njupuk RNA (mRNA) utusan saka Eukariota ing wektu tartamtu sing sawetara fungsi khusus diaktifake.Transkrip paling dawa sing disambung diarani 'Unigene' lan digunakake minangka urutan referensi kanggo analisis sakteruse, sing minangka sarana efektif kanggo nyinaoni mekanisme molekuler lan jaringan pangaturan spesies tanpa referensi.

Sawise perakitan data transkrip lan anotasi fungsional unigene

(1)Analisis SSR, prediksi CDS lan struktur gen bakal dibentuk.

(2) Kuantifikasi ekspresi unigene ing saben sampel bakal ditindakake.

(3) Unigenes sing dibedakake antarane conto (utawa klompok) bakal ditemokake adhedhasar ekspresi unigene

(4) Kluster, anotasi fungsional, lan analisis pengayaan saka unigen sing diungkapake kanthi beda bakal ditindakake

Hubungi Kita

Rincian Layanan

Bioinformatika

Asil Demo

Studi Kasus

Fitur

● Ora gumantung saka genom referensi,

● Data kasebut bisa digunakake kanggo nganalisis struktur lan ekspresi transkrip

● Ngenali situs clipping variabel

Kaluwihan Service

● Pangiriman asil adhedhasar BMKCloud: Asil dikirim minangka file data lan laporan interaktif liwat platform BMKCloud, sing ngidini maca output analisis kompleks lan data mining sing disesuaikan ing basis analisis bioinformatika standar.

● Layanan sawise-sale: Layanan sawise-sale valid kanggo 3 sasi sawise project completion, kalebu project tindakake-munggah, troubleshooting, asil Q&A, etc.

Syarat Sampel lan Pangiriman

Syarat Sampel:

Nukleotida:

Konk.(ng/μl)

Jumlah (μg)

Kemurnian

Integritas

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0,5-2,5

Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel.

Kanggo tetanduran: RIN≥6.5;

Kanggo kewan: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

winates utawa ora elevasi baseline

Tisu: Bobot (garing): ≥1 g
*Kanggo jaringan sing luwih cilik saka 5 mg, disaranake ngirim sampel jaringan flash beku (ing nitrogen cair).

Suspensi sel: Jumlah sel = 3×10⁷
* Disaranake ngirim lysate sel beku.Yen jumlah sel luwih cilik tinimbang 5 × 10⁵, lampu kilat beku ing nitrogen cair dianjurake.

Sampel getih:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol lan 2mL getih (TRIzol:Getih=3:1)

Pangiriman Sampel sing Disaranake

Wadhah:
2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)
Labeling sampel: Group+replikat contone A1, A2, A3;B1, B2, B3....

Kintunan:
1.Es garing: Sampel kudu dikemas ing tas lan dikubur ing es garing.
2.Tabung stabil RNA: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (umpamane RNAstable®) lan dikirim ing suhu kamar.

Alur Kerja Layanan

Desain eksperimen

pangiriman sampel

Ekstraksi RNA

Konstruksi perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Layanan sawise-sale

Sadurunge: Long non-coding sequencing-Illumina

Sabanjure: Eukariotik mRNA Sequencing-Illumina

Bioinformatika

1.mRNA(denovo) Prinsip Majelis

Miturut Trinity, wacan dipérang dadi potongan-potongan cilik, sing dikenal minangka K-mer.K-mers iki banjur digunakake minangka wiji kanggo ditambahi menyang contigs lan banjur komponen adhedhasar tumpang tindih contig.Pungkasan, De Bruijn ditrapake ing kene kanggo ngenali transkrip ing komponen kasebut.

mRNA-(De-novo)-Ringkesan-Trinitas

mRNA (De novo) Ringkesan Trinity

2.mRNA (De novo) Distribusi Tingkat Ekspresi Gen

RNA-Seq bisa nggayuh estimasi ekspresi gen sing sensitif banget.Biasane, sawetara transkrip ekspresi FPKM sing bisa dideteksi yaiku saka 10^-2 nganti 10^6.

mRNA-(De-novo)-Distribusi-kapadhetan-FPKM-ing-saben-sampel

mRNA (De novo) Distribusi Kapadhetan FPKM ing saben sampel

3.mRNA (De novo) Analisis Pengayaan GO saka DEGs

Database GO (Gene Ontology) minangka sistem anotasi biologis terstruktur sing ngemot kosakata standar fungsi produk gen lan gen.Isine macem-macem level, sing luwih murah level, luwih spesifik fungsi kasebut.

mRNA-(De-novo)-GO-klasifikasi-saka-DEGs-ing-tingkat kapindho

mRNA (De novo) GO klasifikasi DEGs ing tingkat kapindho

Kasus BMK

Analisis Transkriptom Metabolisme Sukrosa sajrone Pembengkakan lan Perkembangan Bulb ing Bawang (Allium cepa L.)

Diterbitake: wates ing ilmu tanduran,2016

Strategi urutan

Illumina HiSeq2500

Koleksi sampel

Kultivar Utah Yellow Sweet Spain "Y1351" digunakake ing panliten iki.Jumlah sampel sing diklumpukake yaiku
Dina kaping 15 sawise bengkak (DAS) bolam (diameter 2 cm lan bobot 3-4 g), DAS kaping 30 (diameter 5 cm lan bobot 100-110 g), lan ∼3 ing DAS kaping 40 (diameter 7 cm lan 260-300 gram).

Asil kunci

1. ing diagram Venn, total 146 DEG dideteksi ing kabeh telung pasangan tahap perkembangan.
2. "Transportasi lan metabolisme karbohidrat" diwakili mung 585 unigenes (yaiku, 7% saka COG sing dianotasi).
3.Unigenes kasil dianotasi menyang database GO diklasifikasikake dadi telung kategori utama kanggo telung tahap pangembangan bohlam sing beda.Paling diwakili ing kategori utama "proses biologis" yaiku "proses metabolik", banjur "proses seluler".Ing kategori utama "fungsi molekuler" rong kategori sing paling diwakili yaiku "ngiket" lan "aktivitas katalitik".

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Histogram klasifikasi klompok orthologous group (COG).

Klasifikasi histogram ontologi gen (GO) kanggo unigen sing asale saka bolam ing telung tahap perkembangan

Diagram Venn sing nuduhake gen sing ditulis kanthi beda ing rong tahap pangembangan bohlam bawang

Referensi

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Analisis Transkriptom Metabolisme Sukrosa sajrone Pembengkakan Bulb lan Perkembangan ing Bawang (Allium cepa L.)[J].Wewatesan ing Ilmu Tanduran, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425