EVOLUSI GENOME, PANGENOME
Apa Pan-genome?
Bukti sing akumulasi nuduhake manawa beda antarane galur spesies bisa dadi gedhe.Siji génom siji adoh saka cukup kanggo entuk gambaran kabèh informasi genetik saka spesies siji.Tujuan Panliten Pan-genom yaiku kanggo njupuk grafik genomik spesies sing luwih lengkap lan decode hubungan antarane sipat lan kode genetik kanthi nganakake perakitan genome de novo saka akeh galur, sing ngidini pertambangan luwih jero lan luwih jembar saka variasi kasebut.
Tren Pan-genome Study
Gambar 1 Tren saka makalah riset Pan-genome sing diterbitake.
Cathetan: Tokoh kasebut nuduhake asil njupuk "pan-genom" minangka tembung kunci kanggo nggoleki judhul artikel sing diterbitake ing jurnal seri Nature, Cell and Science.
a.Wacan saka pirang-pirang conto didadekake siji kanggo referensi lan sing ora cocog dirakit dadi contigs novel.Kanthi nambahake contigs novel kasebut menyang urutan referensi asli, referensi pangenome bisa dibangun.Wilayah dispensable ditemtokake adhedhasar pemetaan kabeh diwaca bali menyang pangenome.
b.Déwan de novo genom saka macem-macem aksesi ngidini pendekatan keselarasan genom kabeh kanggo ngenali wilayah genomik sing bisa dibuang.
c.Grafik pan-genom bisa digawe saka alignment genom kabeh utawa kanthi perakitan grafik de novo, sing kanthi efisien nyimpen informasi varian saka wilayah sing bisa dibuang minangka jalur unik liwat grafik.
Kepiye carane nggawe Pan-genome?
Gambar 2 Perbandingan pendekatan pan-genome1
a.Wacan saka pirang-pirang conto didadekake siji kanggo referensi lan sing ora cocog dirakit dadi contigs novel.Kanthi nambahake contigs novel kasebut menyang urutan referensi asli, referensi pangenome bisa dibangun.Wilayah dispensable ditemtokake adhedhasar pemetaan kabeh diwaca bali menyang pangenome.
b.Déwan de novo genom saka macem-macem aksesi ngidini pendekatan keselarasan genom kabeh kanggo ngenali wilayah genomik sing bisa dibuang.
c.Grafik pan-genom bisa digawe saka alignment genom kabeh utawa kanthi perakitan grafik de novo, sing kanthi efisien nyimpen informasi varian saka wilayah sing bisa dibuang minangka jalur unik liwat grafik.
Mentas Diterbitake Pan-genom
● Pan-genom rudo pekso2
● Tomat pan-genom 3
● Rice Pan -genome4
● Sunflower Pan-genome5
● Kacang Kedelai Pan-genome 6
● Rice Pan-genome7
● Barley Pan-genome8
● Gandum Pan-genome9
● Sorghum Pan-genome10
● Fitoplankton Pan-genome11
Referensi
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Pan-genom tanduran minangka referensi anyar.Tanduran Nat.2020;6(8):914-920.doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, dkk.Wolung genom kualitas dhuwur nuduhake arsitektur pan-genom lan diferensiasi ekotipe Brassica napus.Tanduran Nat.2020;6(1):34-45.doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Tomat pan-genom nemokake gen anyar lan alel langka sing ngatur rasa woh.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Analisis pan-genom nyoroti ombone variasi genomik ing beras sing ditanam lan liar [koreksi sing diterbitake katon ing Nat Genet.2018 Agustus;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Analisis pan-genome kembang srengenge nuduhake yen hibridisasi ngowahi isi gen lan resistensi penyakit.Tanduran Nat.2019;5(1):54-62.doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genome of Wild and Budidaya Soybeans.sel.2020;182(1):162-176.e13.doi: 10.1016/j.sel.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Analisis pan-genom saka 33 aksesi beras sing beda-beda sacara genetis mbukak variasi genomik sing didhelikake [diterbitake online sadurunge dicithak, 2021 Mei 25].sel.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi: 10.1016/j.sel.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Pan-genome barley mbukak warisan sing didhelikake saka pembiakan mutasi.alam.2020;588(7837):284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Multiple genom gandum mbukak variasi global ing breeding modern.alam.2020;588(7837):277-283.doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Variasi ekstensif ing pan-genome sorghum sing ditanam lan liar [diterbitake online sadurunge dicithak, 2021 Mei 20].Tanduran Nat.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Pangenome fitoplankton nuduhake transfer gen horisontal prokariotik ekstensif saka macem-macem fungsi.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Diterbitake 29 Apr 2020. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Wektu kirim: Jan-04-2022