Ing taun 2021, BMKGENE nyekseni 31 riset genom De novo sing kasil diterbitake ing jurnal kanthi dampak dhuwur kanthi total faktor pengaruh luwih saka 320. 15 artikel kasebut ditulis bebarengan, 4 saka wong-wong mau ditulis bebarengan minangka penulis pisanan dening BMKGENE
Sawise wiwitan taun 2022, wis ana rong artikel riset sing diterbitake ing jurnal "Natural Genetics" lan "Molecular Plant".Yaiku, "Loro haplotipe sing beda saka génom lychee sing heterozigot banget nyaranake acara domestikasi mandiri kanggo kultivar awal lan pungkasan diwasa" (Riset genom Lychee, sing ditindakake dening College of Horticulture, universitas Pertanian China Selatan, lan kolaborator ilmiah, diterbitake ing Natural Genetics. ), lan "Urutan genom saka limang spesies Sitopsis Aegilops lan asal saka gandum polyploid B-subgenome" (Gnome spesies Lima Sitopsis, sing ditindakake dening tim riset Profesor Bao Liu saka Northeast Normal University.).Kita uga bakal mriksa rong artikel kasebut lan bareng karo para pamaca.
Saiki, ayo deleng artikel riset sing apik sing diterbitake ing 2021 sing ditulis bareng karo BMK lan fasilitas kolaborasi kita.
Genome Tanduran - Terobosan ing macem-macem spesies.
1.A Déwan génom kualitas dhuwur nyorot karakteristik genomik rye lan gen agronomis penting
Fasilitas Kolaborasi: Universitas Pertanian Henan
Jurnal: Natural Genetics
Faktor Dampak: 38.31
Ing proyek iki, genom rye Weining, macem-macem rye Cina elit, diurutake.Contigs sing dirakit (7.74 Gb) nyatakake 98.47% saka ukuran genom sing dikira-kira (7.86 Gb), kanthi 93.67% saka contigs (7.25 Gb) ditugasake kanggo pitung kromosom.Unsur sing bola-bali dadi 90,31% saka genom sing dirakit.Analisis luwih saka perakitan Weining menehi cahya anyar babagan duplikasi gen genom lan pengaruhe ing gen biosintesis pati, organisasi fisik lokus prolamin kompleks, fitur ekspresi gen sing ndasari sipat judhul awal lan wilayah kromosom sing ana gandhengane karo domestikasi lan lokus ing rye.Urutan genom iki janji bakal nyepetake studi genom lan breeding ing rye lan sereal sing gegandhengan.
2.Rose tanpa prickle: wawasan genomik disambung kanggo adaptasi Kelembapan
Fasilitas Kolaborasi: Institut Botani Kunming, Akademi Ilmu Pengetahuan Cina
Jurnal: Kajian Ilmu Nasional
Faktor Dampak: 17.273
Ing proyek iki, conto 'Basye's Thornless' (BT, kultivar Rosa wichuraiana tanpa prickle), 'Old Blush' (OB, genotipe pendiri ing domestikasi mawar), hibrida F1 lan BCF1 diklumpukake.Lan perakitan genom referensi berkualitas tinggi digawe kanggo ngenali unsur genetik sing ana gandhengane karo pangembangan prickle stem.Ukuran génom kira-kira 530,6 Mb.Kanggo verifikasi kualitas genom sing dirakit, analisis kaya perbandingan peta genetik, BUSCO, NGS maca reassembly, mbandhingake karo haplotype OB, kontrol tingkat kesalahan basis urutan lan mriksa nilai Indeks LTR Majelis genom (LAI = 20.03).Panliten iki nyritakake pola warisan komplèks lan mekanisme regulasi prickles stem lan nyedhiyakake dhasar lan sumber daya novel kanggo nyinaoni biologi mawar lan penanda molekuler sing ana hubungane karo sipat penting.
3. Urutan Genom Kabeh Allopolyploid sing Disintesis ing Cucumis Nyedhiyakake Wawasan babagan Evolusi Genome Allopolyploidization
Fasilitas Kolaborasi: Universitas Pertanian Nanjing
Jurnal: Ilmu Lanjut
Faktor Dampak: 16.801
Panliten iki nglapurake genom kualitas dhuwur saka allotetraploid sintetik sing dipikolehi nggunakake hibridisasi interspesifik antarane timun (C. sativus, 2n = 14) lan spesies relatif liar (C. hystrix, 2n = 24) lan duplikasi kromosom sabanjure, yaiku sing pisanan. allopolyploid sintetik urutan lengkap.Majelis genom ngetrapake alur kerja "PacBio + BioNano + Hi-C + Illumina" urutan, ngasilake ukuran genom 530.8Mb lan contig N50 = 6.5Mb.Wacan ditugasake kanggo 19 pseudochromosome lan subgenom.Asil kasebut nuduhake yen hibridisasi, tinimbang duplikasi genom, nyebabake mayoritas owah-owahan genom ing genom nuklir lan cp.Disaranake yen heterozigositas tetep nyedhiyakake C. ×hytivus kanthi adaptasi stres sing tambah.Asil kasebut nyedhiyakake wawasan anyar babagan evolusi poliploidi tanduran lan menehi strategi pemuliaan sing prospektif kanggo panen mangsa ngarep.
4. Analisis Genom Komparatif Sorotan Ekspansi Genom Mediasi Transposon lan Arsitektur Evolusi Genom Lipatan 3D ing Kapas
Fasilitas kolaborasi: Universitas Pertanian Huazhong
Jurnal: Biologi Molekuler lan Evolusi
Faktor Dampak: 16.242
Proyek iki nggunakake Nanopore Sequencing kanggo ngrakit genom saka telung spesies kapas yaiku: Gossypium rotundifolium (K2, ukuran genom = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, ukuran genom = 1.62Gb, contigN50 = 11.69Mb), lan G. raimondii (D5, ukuran génom = 0,75Gb, contigN50 = 17,04 Gb).Luwih saka 99% kabeh telung génom dirakit liwat Hi-C.Asil analisis BUSCO yaiku 92,5%, 93,9% lan 95,4%.Kabeh nomer kasebut nuduhake yen telung genom perakitan kasebut minangka referensi -grade.Analisis genom komparatif nyathet rincian amplifikasi TE spesifik garis keturunan sing nyumbang kanggo beda ukuran genom sing gedhe.Panliten iki nerangake babagan peran ekspansi genom sing dimediasi transposon ing evolusi struktur kromatin sing luwih dhuwur ing tanduran.
5. Perakitan skala kromosom dan analisis genom tanaman biomassa Miscanthus lutarioriparius
Fasilitas Kolaborasi: CAS Center for Excellence in molekular Plant Sciences
Jurnal: Komunikasi Alam
Faktor Dampak: 14.912
Proyek iki nglaporake perakitan skala kromosom genom Miscanthus lutarioriparius kanthi nggabungake sekuensing Nanopore Oxford lan teknologi Hi-C.Déwan 2.07Gb nyakup 96.64% saka génom, kanthi contig N50 saka 1.71 Mb.Kira-kira 94,30% saka total urutan disambungake menyang 19 pseudokromosom.Liwat perbandingan karo urutan BAC, evaluasi LAI, evaluasi BUSCO, re-assembly karo data NGS, re-assembly data transcriptome, genom dievaluasi minangka kualitas lan kontinuitas.Asal allotetraploid saka M. lutarioriparius dikonfirmasi nggunakake ulang satelit centromeric.Gen duplikat tandem saka M. lutarioriparius fungsine diperkaya ora mung ing syarat-syarat sing ana gandhengane karo respon stres, nanging biosintesis tembok sel.Duplikat gen mbokmenawa duwé peran ing fotosintesis C4 lan nyumbang kanggo fotosintesis Miscanthus C4 ing suhu sing kurang.Panliten kasebut menehi referensi penting kanggo nyinaoni tanduran perennial.
6. Majelis genome Camptotheca acuminata tingkat kromosom menehi wawasan babagan asal-usul evolusi biosintesis camptothecin
Fasilitas Kolaborasi: Universitas Sichuan
Jurnal: Komunikasi Alam
Faktor Dampak: 14.912
Proyek iki nglaporake perakitan genom C. acuminata tingkat kromosom kanthi kualitas dhuwur, kanthi ukuran genom 414.95Mb lan contingN50 1.47Mb.Kita nemokake manawa C. acuminata ngalami duplikasi genom kabeh lan akeh gen sing ana gandhengane karo biosintesis camptothecin.Divergensi fungsional saka gen LAMT lan evolusi positif saka rong gen SLAS, mula, loro-lorone nyumbang banget kanggo biosintesis camptothecin ing C. acuminata.Asil kasebut nandheske pentinge perakitan genom sing berkualitas tinggi kanggo ngenali owah-owahan genetik ing asal evolusi metabolit sekunder.
7. Genom sing ditetepake alel nuduhake diferensiasi biallelik sajrone evolusi singkong
Fasilitas Kolaborasi: Akademi Ilmu Pertanian Tropis Cina
Jurnal: Molecular Plant
Faktor Dampak: 13.162
Proyek iki ngrakit genom referensi kanggo singkong kanthi contigN50 1.1Mb nggunakake platform urutan Pacific Biosciences (PacBio).Sawise dievaluasi dening BUSCO, indeks LAI, lan peta genetik kapadhetan dhuwur, génom sing dirakit dikonfirmasi minangka kelas referensi.Wilayah sing keluwih diidentifikasi lan contigs disambungake menyang 18 pseudochromosome nggunakake tautan Hi-C.Genom referensi kualitas dhuwur lan alel-ditetepake kanggo singkong iki terkenal kanggo ngenali bi-alel beda ing kromosom homolog, ngidini kanggo njelajah diferensiasi lan dominasi ekspresi saka bi-alel lan ndasari daya pendorong evolusi.Iku difasilitasi inovasi strategi breeding ing singkong lan crops Highly heterozigot liyane.
8. Wawasan genomik babagan pertumbuhan paulownia kanthi cepet lan pembentukan sapu penyihir Paulownia
Fasilitas Kolaborasi: Universitas Pertanian Henan
Jurnal: Molecular Plant
Faktor Dampak: 13.162
Proyèk iki ngrakit génom nuklir Paulownia fortunei kualitas dhuwur, ukuran 511,6 Mb, kanthi 93,2% saka urutan sing disambungake menyang 20 pseudochromosome.Efisiensi fotosintesis sing luwih dhuwur digayuh kanthi nggabungake fotosintesis C3 lan jalur metabolisme asam crassulacean, sing bisa uga nyebabake kebiasaan tuwuh wit paulownia sing cepet banget.Urutan genom tambahan saka phytoplasma PaWB, digabungake karo analisis fungsional, nuduhake yen efektor PaWB-SAP54 langsung sesambungan karo Paulownia PfSPLa, sing banjur nyebabake degradasi PfSPLa kanthi jalur sing dimediasi ubiquitin lan ndadékaké pembentukan sapu penyihir.Data kasebut nyedhiyakake wawasan sing signifikan babagan biologi paulownias lan mekanisme regulasi kanggo pambentukan PaWB.
Genom kewan - Wawasan jero babagan evolusi spesies
1. Genom Nautilus pompilius madhangi evolusi mata lan biomineralisasi
Fasilitas Kolaborasi: Institut Oseanologi Laut China Selatan, CAS
Jurnal: Ekologi Alam & Evolusi
Faktor Dampak: 15.462
Proyek iki nampilake genom lengkap kanggo Nautilus pompilius.Nduwe genom minimalis ing antarane cephalopoda sing diurutake, yaiku 730,58Mb kanthi contigN50 = 1,1Mb.Asil evaluasi BUSCO yaiku 91,31%.Digabungake karo transkriptom, proteome, kulawarga gen lan analisis filogenetik, génom iki nyedhiyakake referensi dhasar babagan inovasi cephalopod, kayata mripat pinhole lan biomineralisasi.Panliten kasebut nuduhake yen karusakan ing kelengkapan kluster gen Hox bisa uga ana hubungane karo cangkang Moluska sing ilang.Sing penting, macem-macem inovasi genomik kalebu kerugian gen, kontraksi mandiri lan ekspansi kulawarga gen tartamtu lan jaringan pangaturan sing gegandhengan bisa nyetak evolusi mata jarum jarum nautilus.Genom nautilus minangka sumber daya sing penting kanggo mbangun maneh skenario evolusi lan inovasi genomik sing mbentuk cephalopoda sing isih ana.
2.Analisis genom Seadragon menehi wawasan babagan fenotipe lan lokus penentuan jinis
Fasilitas Kolaborasi: Institut Oseanologi Laut China Selatan, CAS
Jurnal: Ilmu Kemajuan
Faktor Dampak: 14.132
Proyèk iki kanthi urutan génom lanang lan wadon saka seadragon umum (Phyllopteryx taeniolatus) lan spesies sing ana hubungane cedhak, iwak alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Ukuran génom kanggo Phyllopteryx taeniolatus yaiku ~659 Mb（♂） lan ~663 Mb（♀）, kanthi contigN50 saka 10.0Mb lan 12.1mb.ukuran génom kanggo Phyllopteryx taeniolatus yaiku 637 Mb（♂） lan ~648 Mb（♀）, kanthi contigN50 18.0Mb lan 21.0Mb.Liwat analisis filogenetik, seadragon umum lan pipefish alligator minangka takson adhine Syngnathinae, lan diverged watara 27,3 Ma ago.Profil transkripsi saka kebaruan evolusi, appendages kaya godhong, nuduhake manawa sakumpulan gen sing biasane melu pangembangan sirip wis dipilih uga minangka pengayaan transkrip kanggo ndandani jaringan potensial lan gen pertahanan kekebalan.Lokus penentu jinis putative enkoding gen amhr2y khusus lanang sing dienggo bareng karo seadragon umum lan pipa alligator diidentifikasi.Proyek iki nyedhiyakake bukti kritis kanggo sinau babagan evolusi adaptif.
Wektu kirim: Sep-19-2022