Kabar

Transposable element (TE) amplifikasi wis diakoni minangka daya nyopir mediasi ukuran genom perluasan lan évolusi, nanging jalaran kanggo mbentuk arsitektur genomik 3D tetep umumé ora dingerteni ing tetanduran.Ing kene, kita nglaporake rakitan genom kelas referensi kanggo telung spesies kapas kanthi ukuran genom kaping telu, yaikuGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), lanG. raimondii(D5), nggunakake Oxford Nanopore Technologies.Analisis genom komparatif nyathet rincian amplifikasi TE spesifik garis keturunan sing nyumbang kanggo beda ukuran genom sing gedhe (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), lan nuduhake isi gen sing relatif konservasi lan hubungan synteny ing antarane genom.Kita nemokake manawa kira-kira 17% gen sintenik nuduhake owah-owahan status kromatin ing antarane kompartemen aktif ("A") lan ora aktif ("B"), lan amplifikasi TE digandhengake karo paningkatan proporsi kompartemen A ing wilayah gen (~ 7,000 gen. ) ing K2 lan A2 relatif marang D5.Mung 42% saka wates topologically associating domain (TAD) sing dikonservasi ing antarane telung génom kasebut.Data kita nyebabake amplifikasi TEs sing anyar sawise pembentukan wates TAD khusus garis keturunan.Panliten iki nerangake babagan peran ekspansi genom sing dimediasi transposon ing evolusi struktur kromatin sing luwih dhuwur ing tanduran.