Metagenomic Sequencing -NGS
Kaluwihan Service
● Isolasi lan bebas budidaya kanggo profil komunitas mikroba
● Resolusi dhuwur kanggo ndeteksi spesies kurang akeh ing conto lingkungan
● Gagasan "meta-" nggabungake kabeh fitur biologi ing tingkat fungsional, tingkat spesies lan tingkat gen, sing nggambarake tampilan dinamis sing luwih cedhak karo kasunyatan.
● BMK nglumpukake pengalaman gedhe ing macem-macem jinis sampel kanthi luwih saka 10.000 conto sing diproses.
Spesifikasi Layanan
| Platform | Sequencing | Data sing disaranake | Wektu turnaround |
| Platform Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 dina kerja |
Analisis bioinformatika
● Kontrol kualitas data mentah
● Déwan metagenome
● Non-redundant gen set lan anotasi
● Analisis keragaman spesies
● Analisis keragaman fungsi genetik
● Analisis antarkelompok
● Analisis asosiasi marang faktor eksperimen
Syarat Sampel lan Pangiriman
Syarat Sampel:
KanggoEkstrak DNA:
| Tipe Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kemurnian |
| Ekstrak DNA | > 30 ng | > 1 ng/l | OD260/280= 1.6-2.5 |
Kanggo sampel lingkungan:
| jinis sampel | Prosedur sampling sing disaranake |
| lemah | Jumlah sampling: approx.5 g;Sisa zat layu kudu dibuang saka permukaan;Tlatah potongan gedhe lan ngliwati saringan 2 mm;Sampel Aliquot ing tabung EP utawa cyrotube steril kanggo leladen. |
| najis | Jumlah sampling: approx.5 g;Nglumpukake lan conto aliquot ing EP-tabung steril utawa cryotube kanggo leladen. |
| isi usus | Sampel kudu diproses ing kahanan aseptik.Wisuh tissue diklumpukake karo PBS;Centrifuge PBS lan ngumpulake precipitant ing EP-tabung. |
| Sludge | Jumlah sampling: approx.5 g;Nglumpukake lan aliquot sampel endhot ing steril EP-tabung utawa cryotube kanggo leladen |
| Waterbody | Kanggo sampel kanthi jumlah mikroba sing winates, kayata banyu tap, banyu sumur, lsp., Nglumpukake paling sethithik 1 L banyu lan ngliwati saringan 0,22 μm kanggo nambah mikroba ing membran.Simpen membran ing tabung steril. |
| Kulit | Kasebut kanthi teliti, scrape lumahing kulit karo swab katun steril utawa agul-agul bedhah lan sijine ing tabung steril. |
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Beku conto ing nitrogen cair kanggo 3-4 jam lan simpen ing nitrogen cair utawa -80 derajat kanggo reservasi jangka panjang.Pengiriman sampel nganggo es garing dibutuhake.
Alur Kerja Layanan
pangiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
1.Histogram: Distribusi spesies
2.Gen fungsional anotasi kanggo jalur metabolik KEGG
3. Peta panas: Fungsi diferensial adhedhasar kelimpahan gen relatif
4. Sirkos gen resistensi antibiotik CARD
Kasus BMK
Prevalensi gen resistensi antibiotik lan patogen bakteri ing sadawane kontinum akar lemah-mangrove
Diterbitake:Jurnal Bahan Mbebayani, 2021
Strategi urutan:
Bahan: Ekstrak DNA saka patang fragmen sampel sing gegandhengan karo akar bakau: lemah sing ora ditandur, rhizosfer, kompartemen episfer lan endosfer.
Platform: Illumina HiSeq 2500
Sasaran: Metagenome
16S rRNA gen V3-V4 wilayah
Asil kunci
Sekuensing metagenomik lan profiling metabarkoding ing kontinuum akar-tanah saka anakan bakau diolah kanggo nyinaoni panyebaran gen resistensi antibiotik (ARG) saka lemah menyang tanduran.Data metagenomik ngandhakake yen 91.4% gen resistensi antibiotik umume diidentifikasi ing kabeh papat kompartemen lemah sing kasebut ing ndhuwur, sing nuduhake cara sing terus-terusan.16S rRNA amplicon sequencing kui 29.285 urutan, makili 346 spesies.Digabungake karo profil spesies kanthi urutan amplicon, panyebaran iki ditemokake bebas saka mikrobiota sing ana gandhengane karo oyod, nanging bisa difasilitasi dening unsur genetik seluler.Panliten iki nemtokake aliran ARG lan patogen saka lemah menyang tanduran liwat kontinum lemah-root sing saling nyambungake.
Referensi
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalensi gen resistensi antibiotik lan patogen bakteri ing sadawane kontinum akar lemah-mangrove.Jurnal Bahan Berbahaya, 408, 124985.
