Analisis Asosiasi Genome-wide
1.Kaluwihan Service
● Kasus Proyek sing akeh banget: wiwit diadegake ing taun 2009, BMKGENE wis ngrampungake atusan proyek spesies ing riset GWAS populasi, mbantu peneliti nerbitake luwih saka 100 artikel, lan faktor dampak kumulatif tekan 500.
● Analis profesional.
● Siklus analisis singkat.
● data mining akurat.
2. Spesifikasi Layanan
| Jinis | Skala Populasi | Strategi urutan lan ambane |
| SLAF-GWAS | Nomer sampel ≥200 | Ukuran genom <400M, kanthi ref-genome, WGS dianjurake |
| Genom ukuran ≤ 1G, 100K Tag lan 10X | ||
| 1G ≤ Ukuran genom ≤ 2G, Tag 200K lan 10X | ||
| Ukuran genom > 2G, 300K Tag lan 10X | ||
| WGS-GWAS | Nomer sampel ≥200 | 10X kanggo saben sampel |
3. Pamilihing Materi
Varietas beda, subspesies, landraces / genebanks / kulawarga campuran / sumber daya alam bébas
Macem-macem varietas, subspesies, landraces
kulawarga setengah sib / kulawarga full-sib / sumber alam bébas
4. Analisis Bioinformatika
● Analisis asosiasi genome-wide
● Analisis lan screening SNP sing signifikan
● Anotasi fungsional gen calon
5. Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
pangiriman sampel
Ekstraksi RNA
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
a.QC fenotipe
Histogram distribusi frekuensi
Statistik fenotipe
b.Analisis asosiasi (Model: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
Plot QQ
Plot Manhattan
| taun | Jurnal | IF | judhul |
| 2022 | NC | 17.69 | Dasar genom saka kromosom giga lan genom giga saka peony wit Paeonia ostii |
| 2015 | NP | 7.43 | Jejak domestikasi jangkar wilayah genom sing wigati agronomis ing kedele |
| 2018 | MP | 9.32 | Resequencing kabeh genom saka koleksi aksesi rapeseed ing saindenging jagad nuduhake basis genetis saka divergensi ekotipe. |
| 2022 | HR | 7.29 | Analisis asosiasi genom menehi wawasan molekuler babagan variasi alami ukuran wiji semangka |
