Urutan mRNA lengkap -PacBio

Saikiurutan transkriptom lengkap, uga dikenal minangkaSaikiIso-Seq njupuk kaluwihan saka sequencer PacBio ing dawa diwaca, kang mbisakake urutan molekul cDNA lengkap-dawa tanpa break.Iki rampung ngindhari kesalahan sing diasilake ing langkah perakitan transkrip lan nggawe set unigene kanthi resolusi tingkat isoform.Set unigene iki nyedhiyakake informasi genetik sing kuat minangka "genom referensi" ing tingkat transkriptom.Kajaba iku, nggabungake karo data urutan generasi sabanjure, layanan iki nguatake kuantitas ekspresi tingkat isoform sing akurat.

Platform: PacBio Sekuel II

Perpustakaan: perpustakaan lonceng SMRT

Hubungi Kita

Rincian Layanan

Asil Demo

Studi Kasus

Kaluwihan Service

● Langsung maca molekul cDNA lengkap saka 3'- pungkasan nganti 5'- pungkasan

● Résolusi tingkat Iso-form ing struktur urutan

● Transkrip kanthi akurasi lan integritas sing dhuwur

● Kompatibel banget kanggo spesies vaiours

● Kapasitas urutan gedhe kanthi 4 platform urutan PacBio Sequel II dilengkapi

● Highly ngalami karo liwat 700 proyek RNA basis Pacbio sequencing

● Pangiriman asil adhedhasar BMKCloud: Data-mining khusus kasedhiya ing platform.

● Layanan sawise-sale bener kanggo 3 sasi sawise project completion

Spesifikasi Layanan

Platform: PacBio Sekuel II

Perpustakaan urutan: perpustakaan mRNA sing diperkaya Poli A

Hasil data sing disaranake: 20 Gb/sampel (Gumantung saka spesies)

FLNC（%）： ≥75%

*FLNC: Transip non-chimeric lengkap

Analisis bioinformatika

● Pangolahan data mentah

● Identifikasi transkrip

● Struktur urutan

● Ekspresi Quantification

● Anotasi Fungsi

Syarat Sampel lan Pangiriman

Syarat Sampel:

Nukleotida:

Konk.(ng/μl)

Jumlah (μg)

Kemurnian

Integritas

≥ 120

≥ 0,6

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0,5-2,5

Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel.

Kanggo tetanduran: RIN≥7.5;

Kanggo kewan: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

winates utawa ora elevasi baseline

Tisu: Bobot (garing):≥1 g
*Kanggo jaringan sing luwih cilik saka 5 mg, disaranake ngirim sampel jaringan flash beku (ing nitrogen cair).

Suspensi sel:Jumlah sel = 3×10⁶- 1×10⁷
* Disaranake ngirim lysate sel beku.Yen jumlah sel luwih cilik tinimbang 5 × 10⁵, lampu kilat beku ing nitrogen cair dianjurake, sing luwih disenengi kanggo ekstraksi mikro.

Sampel getih:Volume ≥1 mL

Mikroorganisme:Bobot ≥ 1 g

Pangiriman Sampel sing Disaranake

Wadhah:
2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)
Labeling sampel: Group+replikat contone A1, A2, A3;B1, B2, B3....

Kintunan:

1. Es garing: Sampel kudu dikemas ing tas lan dikubur ing es garing.
2. Tabung RNAstable: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (umpamane RNAstable®) lan dikirim ing suhu kamar.

Alur Kerja Layanan

Desain eksperimen

pangiriman sampel

Ekstraksi RNA

Konstruksi perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Layanan sawise-sale

Sadurunge: Eukariotik mRNA Sequencing-Illumina

Sabanjure: Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore

1.Distribusi dawa FLNC

Dawane maca non-chimeric lengkap (FLNC) nuduhake dawa cDNA ing konstruksi perpustakaan.Distribusi dawa FLNC minangka indikator penting kanggo ngevaluasi kualitas konstruksi perpustakaan.

mRNA-FLNC-maca-dawa-distribusi

distribusi dawa diwaca FLNC

2. Lengkap distribusi dawa wilayah ORF

Kita nggunakake TransDecoder kanggo prédhiksi wilayah coding protein lan urutan asam amino sing cocog kanggo ngasilake set unigene, sing ngemot informasi transkrip non-redundant lengkap ing kabeh conto.

mRNA-Complete-ORF-dawa-distribusi

Distribusi dawa wilayah ORF lengkap

3. Analisis pengayaan jalur KEGG

Transkrip sing diungkapake kanthi beda (DET) bisa diidentifikasi kanthi nyelarasake data urutan RNA basis NGS ing set transkrip lengkap sing digawe dening data urutan PacBio.DET iki bisa luwih diproses kanggo macem-macem analisis fungsional, contone, analisis pengayaan jalur KEGG.

mRNA-DEG-KEGG-pathway-pengayaan

DET KEGG pathway pengayaan -Dot plot

Kasus BMK

Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus

Diterbitake: Jurnal Bioteknologi Tumbuhan, 2019

Strategi urutan:
Koleksi sampel:wilayah batang: puncak, ruas pertama (IN1), ruas kedua (IN2), ruas ketiga (IN3), ruas (IN4) dan ruas (IN5) dari Nanlin895
NGS-urutan:RNA saka 15 individu dikumpulake minangka siji sampel biologis.Telung replika biologi saben titik diproses kanggo urutan NGS
TGS-urutan:Wilayah stem dipérang dadi telung wilayah, yaiku puncak, IN1-IN3 lan IN4-IN5.Saben wilayah diproses kanggo urutan PacBio kanthi papat jinis perpustakaan: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb lan 3-10 kb.

Asil kunci

1. Gunggunge 87150 transkrip lengkap diidentifikasi, ing ngendi, 2081 isoform novel lan 62058 isoform alternatif sing disambungake novel diidentifikasi.
2.1187 lncRNA lan 356 gen fusi diidentifikasi.
3. Saka wutah primer nganti pertumbuhan sekunder, 15838 transkrip sing diungkapake kanthi beda saka 995 gen sing diungkapake kanthi beda diidentifikasi.Ing kabeh DEG, 1216 minangka faktor transkripsi, sing paling akeh durung dilaporake.
4.Analisis pengayaan GO ngumumake pentinge divisi sel lan proses reduksi oksidasi ing wutah primer lan sekunder.