Genomik Komparatif

Genomik komparatif secara harfiah tegese mbandhingake urutan genom lengkap lan struktur spesies sing beda-beda.Disiplin iki nduweni tujuan kanggo mbukak evolusi spesies, fungsi gen, mekanisme pangaturan gen ing tingkat genom kanthi ngenali struktur urutan lan unsur sing dikonservasi utawa dibedakake antarane spesies sing beda-beda.Pasinaon genomik komparatif sing khas kalebu analisis ing kulawarga gen, pangembangan evolusi, duplikasi genom kabeh, tekanan selektif, lsp.

Hubungi Kita

Rincian Layanan

Asil Demo

Studi Kasus

Kaluwihan Service

● Paket analisis komprehensif, ngemot wolung analisis sing paling umum dibutuhake

● Keandalan dhuwur ing analisis kanthi interpretasi sing rinci lan gampang dingerteni babagan asil

● Tokoh sing wis dirancang kanthi apik

● Tim bioinformatika sing trampil banget ngrampungake panjaluk analisis pribadi sing beda-beda

● Wektu giliran sing luwih cendhek kanthi akurasi analisis sing luwih dhuwur

● Pengalaman sing akeh banget karo luwih saka 90 kasus sing sukses kanthi faktor pengaruh sing diterbitake akumulatif luwih saka 900

Spesifikasi Layanan

Perkiraan wektu giliran

Jumlah spesies

Nganalisis

30 dina kerja

6 - 12

Kluster kulawarga gen

Ekspansi lan kontraksi kulawarga gen

Konstruksi wit filogenetik

Estimasi wektu divergensi (Kalibrasi fosil dibutuhake)

Wektu nglebokake LTR (Kanggo tanduran)

Duplikasi genom utuh (Kanggo tanduran)

Tekanan selektif

Analisis sintetik

Analisis bioinformatika

● kulawarga Gene

● Filogenetik

● wektu divergensi

● Tekanan selektif

● Analisis sintetik

Syarat Sampel lan Pangiriman

Syarat Sampel:

Tisu utawa DNA kanggo urutan lan perakitan genom

Kanggo Tisu

Spesies	Tisu	Survey	PacBio CCS
kewan	Jaringan viseral	0,5 ~ 1 g	≥ 3,5 g
	jaringan otot		≥ 3,5 g
			≥ 5,0 g
			≥ 5,0 ml
	getih mamalia		≥ 5,0 ml
	getih mamalia		≥ 0,5 ml
	Darah unggas / iwak		≥ 0,5 ml
tanduran	Godhong seger	1 ~ 2 g	≥ 5,0 g
	Petal / Batang	1 ~ 2 g	≥ 10.0g
	Oyod / Wiji	1 ~ 2 g	≥ 20,0 g
sel	Sel kultur	-	≥ 1 x 10⁸

data

File urutan genom(.fasta) lan file anotasi (.gff3) saka spesies sing ana hubungane

Alur Kerja Layanan

Desain eksperimen

pangiriman sampel

Konstruksi perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Layanan sawise-sale

Sadurunge: Genetika Evolusi

Sabanjure: Analisis Segregant Bulked

*Asil demo sing ditampilake ing kene kabeh saka génom sing diterbitake karo Biomarker Technologies

1.LTR insert wektu ngira: Tokoh ditampilake distribusi bimodal unik ing LTR-RTs kaping selipan ing Weining rye génom, dibandhingake spesies liyane.Puncak paling anyar muncul watara 0,5 yuta taun kepungkur.

3LTR-insertion-time-estimation-in-Weining-rye

Li Guang et al.,Genetika Alam, 2021

2. Analisis filogeni lan kulawarga gen ing labu siam (Sechium edule): Kanthi nganalisa labu siam lan 13 spesies liyane sing gegandhengan ing kulawarga gen, labu siam ditemokake paling raket karo labu ula (Trichosanthes anguina).Chayote asalé saka labu ula ing watara 27-45 Mya lan duplikasi genom wutuh (WGD) diamati ing labu siam ing 25±4 Mya, kang acara WGD katelu ing cucuibitaceae.

4 Filogenetik-wit-kayote

Fu A et al.,Riset Hortikultura, 2021

3.Analisis Syntey: Sawetara gen sing ana hubungane karo fitohormon ing pangembangan woh ditemokake ing labu siam, labu ula lan squash.Korélasi antara labu siam lan labu kuning rada luwih dhuwur tinimbang antara labu siam lan labu ula.

4 Filogenetik-wit-kayote

Fu A et al.,Riset Hortikultura, 2021

4.Analisis kulawarga Gene: Pengayaan KEGG babagan ekspansi lan kontraksi kulawarga gen ing génom G.thurberi lan G.davidsonii nuduhake yen biosintesis steroid lan gen sing gegandhengan karo biosintesis brassinosteroid ditambahi.

4 Filogenetik-wit-kayote

Yang Z et al.,BMC Biologi, 2021

5.Analisis duplikasi genom kabèh: Analisis distribusi 4DTV lan Ks ditampilake acara duplikasi genom kabèh.Puncak intraspesies ditampilake acara duplikasi.Puncak interspesies ditampilake acara spesiasi.Analisis kasebut nuduhake yen mbandhingake karo telung spesies liyane sing raket, O. europaea ngalami duplikasi gen skala gedhe sing luwih anyar.

4 Filogenetik-wit-kayote

Rao G et al.,Riset Hortikultura, 2021

Kasus BMK

Mawar tanpa prickle: wawasan genomik sing ana gandhengane karo adaptasi kelembapan

Diterbitake: Kajian Ilmu Nasional, 2021

Strategi urutan:

'BasyeTanpa duri' (R.Wichurainan) genom:
Kira-kira.93 X PacBio + kira-kira.90 X Nanopore + 267 X Illumina

Asil kunci

1. Genom R.wichuraiana kualitas dhuwur dibangun kanthi nggunakake teknik urutan sing wis suwe diwaca, sing ngasilake perakitan 530.07 Mb (Ukuran genom kira-kira 525.9 Mb kanthi sitometri aliran lan 525.5 kanthi survey genom; Heterozigositas sekitar 1.03%).Skor BUSCO kira-kira 93,9%.Dibandhingake karo "Old blush" (haploOB), kualitas lan kelengkapan genom iki dikonfirmasi kanthi akurasi basis tunggal lan indeks perakitan LTR (LAI = 20.03).Genom R.wichuraiana ngandhut 32.674 gen pengkode protein.

2.Analisis gabungan multi-omics, dumadi saka genomics komparatif, transcriptomics, analisis QTL populasi genetik, dicethakaké speciation wigati antarane R. wichuraiana lan Rosa chinensis.Uga, variasi ekspresi gen sing gegandhengan ing QTL bisa uga ana gandhengane karo pola prickle stem.

7KEGG-enrichment-on-gene-family-expansion-and-contraction

Anasis genomik komparatif antarane Basye;s Thornless lan Rosa chinensis kalebu analisis synteny, kluster kulawarga gen, analisis ekspansi lan kontraksi, nuduhake akeh variasi, sing ana hubungane karo sifat penting ing roses.Ekspansi unik ing kulawarga gen NAC lan FAR1 / FRS kemungkinan banget ana gandhengane karo resistensi kanggo titik ireng.

81Analisis-genomik-komparatif-antara-BT-lan-OB 82Analisis-genomik-komparatif-antara-BT-lan-OB 83Analisis-genomik-komparatif-antara-BT-lan-OB