Analisis Segregant Bulked
Kaluwihan Service
Takagi et al., Jurnal Tanaman, 2013
● Lokalisasi akurat: Campuran bulks karo 30 + 30 kanggo 200 + 200 individu kanggo nyilikake gangguan latar mburi;prediksi wilayah calon basis mutan non-sinonim.
● Analisis komprehensif: Anotasi fungsi gen calon sing jero, kalebu NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, lsp.
● Wektu Turnaround luwih cepet: Lokalisasi gen kanthi cepet sajrone 45 dina kerja.
● Pengalaman ekstensif: BMK wis nyumbang ing ewonan lokalisasi sipat, nyakup macem-macem spesies kayata palawija, produk banyu, alas, kembang, woh-wohan, lsp.
Spesifikasi Layanan
Populasi:
Memisahkan keturunan orang tua dengan fenotip yang berlawanan.
contone, keturunan F2, Backcrossing (BC), Rekombinan inbred line (RIL)
Kolam campuran
Kanggo sipat kualitatif: 30 nganti 50 individu (minimal 20) / akeh
Kanggo tratis kuantitatif: paling dhuwur 5% nganti 10% individu kanthi fenotipe ekstrem ing kabeh populasi (minimal 30+30).
Dianjurake ambane urutan
Paling ora 20X / wong tuwa lan 1X / turunane individu (contone kanggo blumbang campuran turunan 30 + 30 individu, ambane urutan bakal dadi 30X saben akeh)
Analisis bioinformatika
● Resequencing genom kabèh
● Pangolahan data
● SNP / Indel nelpon
● Screening wilayah calon
● Anotasi fungsi gen calon
Syarat Sampel lan Pangiriman
Syarat Sampel:
Nukleotida:
| sampel gDNA | Sampel jaringan |
| Konsentrasi: ≥30 ng/μl | Tanduran: 1-2 g |
| Jumlah: ≥2 μg (Volumen ≥15 μl) | Kéwan: 0,5-1 g |
| Kemurnian: OD260/280= 1.6-2.5 | Gunggung getih: 1,5 ml |
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
pangiriman sampel
Ekstraksi RNA
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
1.Analisis asosiasi basis ing Euclidean Distance (ED) kanggo ngenali wilayah calon.Ing tokoh ing ngisor iki
Sumbu X: nomer kromosom;Saben titik nggambarake nilai ED saka SNP.Garis ireng cocog karo nilai ED sing dipasang.Nilai ED sing luwih dhuwur nuduhake asosiasi sing luwih penting antarane situs lan fenotipe.Garis dash abang nggambarake ambang asosiasi sing signifikan.
2.Analisis asosiasi adhedhasar ora SNP-indeks
Sumbu X: nomer kromosom;Saben titik nggantosi nilai SNP-indeks.Garis ireng tegese nilai indeks SNP sing dipasang.Sing luwih gedhe nilai kasebut, luwih penting asosiasi kasebut.
Kasus BMK
Lokus sifat kuantitatif efek utama Fnl7.1 nyandi protein sing akeh banget embriogenesis sing ana gandhengane karo dawa gulu woh ing timun.
Diterbitake: Jurnal Bioteknologi Tumbuhan, 2020
Strategi urutan:
Wong tuwa (Jin5-508, YN): Kabeh genom resequencing kanggo 34 × lan 20 ×.
Kolam DNA (50 gulu dawa lan 50 gulu cendhak): Resequencing kanggo 61 × lan 52 ×
Asil kunci
Ing panliten iki, pamisahan populasi (F2 lan F2:3) digawe kanthi nyabrang garis timun gulu dawa Jin5-508 lan YN gulu cendhak.Rong blumbang DNA dibangun dening 50 individu sing gulu dawa lan 50 wong sing gulu cendhak.QTL efek utama diidentifikasi ing Chr07 kanthi analisis BSA lan pemetaan QTL tradisional.Wilayah calon kasebut luwih sempit kanthi pemetaan sing apik, kuantifikasi ekspresi gen lan eksperimen transgenik, sing nuduhake gen kunci kanggo ngontrol dawa gulu, CsFnl7.1.Kajaba iku, polimorfisme ing wilayah promotor CsFnl7.1 ditemokake ana gandhengane karo ekspresi sing cocog.Analisis filogenetik salajengipun ngandharaken bilih lokus Fnl7.1 kemungkinan sanget asalipun saking India.
 QTL-mapping ing analisis BSA kanggo ngenali wilayah calon gadhah dawa gulu timun |  Profil LOD saka QTL dawa gulu timun sing diidentifikasi ing Chr07 |
Xu, X., et al."Lokus sifat kuantitatif efek utama Fnl7.1 nyandi protein sing akeh banget embriogenesis sing ana gandhengane karo dawa gulu woh ing timun."Jurnal Bioteknologi Tumbuhan 18.7(2020).
