プラットフォーム: Illumina NovaSeq プラットフォーム、PE150
ライブラリータイプ: 350bp インサート cDNA ライブラリー (ピーク分布に依存)
シーケンス戦略: ペアエンド 150 bp
推奨データ量: 2 Gb 生データ/サンプル
(1) シーケンスデータの品質管理: ヌクレオチド分布、塩基品質分布、rRNA 比率評価。
(2)配列アラインメント分析:アラインメント結果の統計、配列決定の飽和度、配列決定のカバレッジ。
(3) 参照ゲノムアノテーション (NR、Swiss-Prot、Pfam、COG、GO、KEGG)。
(4)発現解析:発現分布(2サンプル以上)、サンプル間の発現解析(ベン解析、相関解析、PCA解析)。
(5) 発現差解析(2 つ以上のサンプルを使用)。
(6)遺伝子セット分析:ベン分析、クラスター分析、機能アノテーション分析(COG、GO、KEGG)、機能強化分析(GO、KEGG)、機能強化コードグラフ、Ipath分析。
(7)sRNA解析:sRNA予測、sRNAアノテーション(Blast、sRNAMap、sRNATarBase、SIPHT、Rfam)、sRNA二次構造予測、sRNA標的遺伝子予測;
(8)転写構造解析:オペロン解析、転写開始点および転写終了点予測、UTRアノテーションおよび解析、プロモーター配列予測、SNP/InDel解析(SNP/InDelアノテーション、SNP/InDel領域分布、SNP統計)。