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単核 RNA シーケンス
単一細胞捕捉およびハイスループットシークエンシングと組み合わせた個別ライブラリー構築技術の進歩により、細胞ごとの遺伝子発現研究が可能になります。これにより、複雑な細胞集団に対するより深く完全なシステム分析が可能になり、すべての細胞の平均を取ることで不均一性をマスキングすることが大幅に回避されます。
ただし、一部の細胞は単細胞懸濁液にするのに適していないため、組織からの核抽出という他のサンプル前処理方法が必要です。つまり、組織または細胞から核を直接抽出し、単細胞懸濁液を調製して単核懸濁液を調製します。細胞の配列決定。
BMK は、10x Genomics ChromiumTM ベースの単一細胞 RNA シーケンス サービスを提供します。このサービスは、免疫細胞の分化、腫瘍の不均一性、組織発生などの疾患関連の研究で広く使用されています。
空間トランスクリプトームチップ: 10× ゲノミクス
プラットフォーム: Illumina NovaSeq プラットフォーム
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植物/動物の全ゲノム解読
WGS としても知られる全ゲノム再配列決定により、一塩基多型 (SNP)、挿入欠失 (InDel)、構造変異 (SV)、コピー数変異 (CNV) など、ゲノム全体の一般的な変異とまれな変異の両方を明らかにすることができます。 ）。SV は SNP よりも変異ベースの大きな部分を占めており、ゲノムに与える影響が大きく、生物に重大な影響を与えます。ロングリードのリシーケンスにより、タンデムリピート、GC/AT リッチ領域、超可変領域などの複雑な領域を越える染色体交差がはるかに容易になるため、大きなフラグメントや複雑なバリエーションをより正確に識別できます。
プラットフォーム: イルミナ、PacBio、ナノポア
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BMKMANU S1000 空間トランスクリプトーム
空間トランスクリプトミクスは科学革新の最前線にあり、研究者が空間的コンテキストを維持しながら組織内の複雑な遺伝子発現パターンを詳しく調査できるようにします。さまざまなプラットフォームがある中で、BMKGene は BMKManu S1000 空間トランスクリプトーム チップを開発しました。解像度の向上5μM、細胞内の範囲に到達し、マルチレベル解像度設定。約 200 万個のスポットを備えた S1000 チップは、空間的にバーコード化された捕捉プローブをロードしたビーズが積層されたマイクロウェルを採用しています。空間バーコードが豊富な cDNA ライブラリーは S1000 チップから調製され、その後 Illumina NovaSeq プラットフォームで配列決定されます。空間的にバーコード化されたサンプルと UMI を組み合わせることで、生成されるデータの精度と特異性が保証されます。BMKManu S1000 チップのユニークな特性はその多用途性にあり、さまざまな組織や詳細レベルに合わせて微調整できるマルチレベルの解像度設定を提供します。この適応性により、このチップは多様な空間トランスクリプトミクス研究に優れた選択肢として位置づけられ、ノイズを最小限に抑えた正確な空間クラスタリングが保証されます。
BMKManu S1000 チップやその他の空間トランスクリプトミクス技術を使用することで、研究者は細胞の空間構成や組織内で起こる複雑な分子相互作用をより深く理解することができ、以下のような幅広い分野における生物学的プロセスの根底にある機構について貴重な洞察を得ることができます。腫瘍学、神経科学、発生生物学、免疫学、植物研究。
プラットフォーム: BMKManu S1000 チップと Illumina NovaSeq
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10x Genomics Visium 空間トランスクリプトーム
空間トランスクリプトミクスは、研究者が空間的コンテキストを維持しながら組織内の遺伝子発現パターンを調査できるようにする最先端の技術です。この分野の強力なプラットフォームの 1 つは、Illumina シーケンスと組み合わせた 10x Genomics Visium です。10X Visium の原理は、組織切片が配置される指定されたキャプチャ領域を備えた特殊なチップ上にあります。この捕捉領域にはバーコード化されたスポットが含まれており、それぞれが組織内の固有の空間位置に対応しています。組織から捕捉された RNA 分子は、逆転写プロセス中に固有の分子識別子 (UMI) で標識されます。これらのバーコード付きスポットと UMI により、単一細胞解像度での遺伝子発現の正確な空間マッピングと定量化が可能になります。空間的にバーコード化されたサンプルと UMI を組み合わせることで、生成されるデータの精度と特異性が保証されます。この空間トランスクリプトミクス技術を使用することで、研究者は細胞の空間構成や組織内で起こる複雑な分子相互作用をより深く理解できるようになり、腫瘍学、神経科学、発生生物学、免疫学などの複数の分野における生物学的プロセスの基礎となるメカニズムについて貴重な洞察を得ることができます。 、植物の研究。
プラットフォーム: 10X Genomics Visium および Illumina NovaSeq
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全長 mRNA シーケンス - ナノポア
NGS ベースの mRNA シークエンシングは遺伝子発現定量化のための多用途ツールとして機能しますが、ショートリードへの依存により複雑なトランスクリプトーム解析における有効性が制限されます。一方、ナノポアシークエンシングはロングリード技術を採用しており、完全長の mRNA 転写物のシークエンシングを可能にします。このアプローチは、選択的スプライシング、遺伝子融合、ポリアデニル化、および mRNA アイソフォームの定量化の包括的な調査を容易にします。
ナノポア シーケンシングは、ナノポア単一分子のリアルタイム電気信号に依存します。二本鎖 DNA はモータータンパク質に導かれてバイオフィルムに埋め込まれたナノポアタンパク質に結合し、電位差の下でナノポアチャネルを通過するときに巻き戻ります。DNA 鎖上のさまざまな塩基によって生成される独特の電気信号がリアルタイムで検出および分類され、正確かつ連続的なヌクレオチド配列決定が容易になります。この革新的なアプローチは、ショートリードの制限を克服し、複雑なトランスクリプトーム研究を含む複雑なゲノム解析のための動的なプラットフォームを提供します。
プラットフォーム: ナノポア プロメチオン P48
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全長mRNAシーケンシング - PacBio
NGS ベースの mRNA シーケンスは遺伝子発現を定量化するための多用途ツールですが、ショートリードに依存しているため、複雑なトランスクリプトーム解析での使用は制限されます。一方、PacBio シーケンス (Iso-Seq) はロングリード技術を採用しており、全長 mRNA 転写物のシーケンスを可能にします。このアプローチは、必要なデータ量が多いため、遺伝子発現定量化の主な選択肢ではありませんが、選択的スプライシング、遺伝子融合、およびポリアデニル化の包括的な探索を容易にします。
PacBio シーケンス技術は単一分子リアルタイム (SMRT) シーケンスに依存しており、全長 mRNA 転写物の捕捉において明確な利点をもたらします。この革新的なアプローチには、シーケンス中の DNA ポリメラーゼ活性のリアルタイム観察を可能にする微細加工ウェルであるゼロモード導波路 (ZMW) の使用が含まれます。これらの ZMW 内で、PacBio の DNA ポリメラーゼは DNA の相補鎖を合成し、mRNA 転写産物全体に及ぶ長いリードを生成します。Circular Consensus Sequencing (CCS) モードでの PacBio 操作は、同じ分子を繰り返しシーケンスすることで精度を高めます。生成された HiFi リードは NGS に匹敵する精度を備えており、複雑なトランスクリプトーム特徴の包括的かつ信頼性の高い分析にさらに貢献します。プラットフォーム: PacBio Sequel II
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真核生物の mRNA シークエンシング-イルミナ
mRNA シーケンスにより、特定の条件下で細胞内のすべての mRNA 転写物の包括的なプロファイリングが可能になります。この最先端技術は強力なツールとして機能し、複雑な遺伝子発現プロファイル、遺伝子構造、および多様な生物学的プロセスに関連する分子機構を明らかにします。基礎研究、臨床診断、医薬品開発で広く採用されている mRNA シーケンスは、細胞動態と遺伝子制御の複雑さについての洞察を提供します。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq X
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非参照ベースの mRNA シーケンシング - イルミナ
mRNA シーケンスにより、特定の条件下で細胞内のすべての mRNA 転写物の包括的なプロファイリングが可能になります。この最先端技術は強力なツールとして機能し、複雑な遺伝子発現プロファイル、遺伝子構造、および多様な生物学的プロセスに関連する分子機構を明らかにします。基礎研究、臨床診断、医薬品開発で広く採用されている mRNA シーケンスは、細胞動態と遺伝子制御の複雑さについての洞察を提供します。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq X
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ロングノンコーディングシーケンシング - イルミナ
長いノンコーディング RNA (lncRNA) は、最小限のコーディング能力を持つ 200 ヌクレオチドより長い RNA であり、ノンコーディング RNA 内の重要な要素です。核および細胞質に存在するこれらの RNA は、エピジェネティック、転写、および転写後制御において重要な役割を果たしており、細胞および分子プロセスの形成における重要性を強調しています。LncRNA シーケンスは、細胞分化、個体発生、およびヒトの疾患における強力なツールです。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq
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Small RNA シーケンス - イルミナ
通常、長さが 200 ヌクレオチド未満の低分子 RNA (sRNA) 分子には、マイクロ RNA (miRNA)、低分子干渉 RNA (siRNA)、および piwi 相互作用 RNA (piRNA) が含まれます。これらの中で、約 20 ～ 24 ヌクレオチドの長さの miRNA は、さまざまな細胞プロセスにおける極めて重要な調節の役割で特に注目に値します。組織特異的および段階特異的な発現パターンを持つ miRNA は、異なる種間で高い保存性を示します。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq
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circRNA シーケンス - イルミナ
環状 RNA シーケンシング (circRNA-seq) は、非標準的なスプライシング イベントにより閉ループを形成し、これらの RNA の安定性を高める RNA 分子のクラスである環状 RNA をプロファイリングおよび分析することです。一部の circRNA はマイクロ RNA スポンジとして機能し、マイクロ RNA を隔離し、マイクロ RNA による標的 mRNA の調節を防ぐことが示されていますが、他の circRNA はタンパク質と相互作用したり、遺伝子発現を調節したり、細胞プロセスにおいて役割を果たしたりする可能性があります。circRNA発現解析は、これらの分子の制御的役割と、さまざまな細胞プロセス、発生段階、および疾患状態におけるそれらの重要性についての洞察を提供し、遺伝子発現の状況におけるRNA制御の複雑さのより深い理解に貢献します。
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全トランスクリプトームシーケンス – イルミナ
全トランスクリプトームシーケンシングは、コーディング (mRNA) と非コーディング RNA (lncRNA、circRNA、miRNA) の両方を含む、多様な RNA 分子をプロファイリングするための包括的なアプローチを提供します。この技術は、特定の瞬間における特定の細胞の完全なトランスクリプトームをキャプチャし、細胞プロセスの全体的な理解を可能にします。「トータル RNA シークエンシング」としても知られるこの手法は、トランスクリプトーム レベルで複雑な制御ネットワークを明らかにすることを目的としており、競合する内在性 RNA (ceRNA) や結合 RNA 解析などの詳細な解析を可能にします。これは、特にcircRNA-miRNA-mRNAベースのceRNA相互作用を含む制御ネットワークの解明において、機能的特徴付けに向けた最初のステップとなる。
