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メタゲノムシーケンシング -NGS
メタゲノムは、環境メタゲノム、ヒトメタゲノムなど、生物の混合コミュニティの全遺伝物質のコレクションを指します。これには、培養可能な微生物と培養不可能な微生物の両方のゲノムが含まれています。メタゲノムシークエンシングは、環境サンプルから抽出された混合ゲノム物質を分析するために使用される分子ツールであり、種の多様性と豊富さ、個体群構造、系統発生関係、機能遺伝子、および環境要因との相関ネットワークに関する詳細な情報が得られます。
プラットホーム：イルミナ NovaSeq プラットフォーム
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メタゲノムシーケンシング - ナノポア
メタゲノミクスは、環境サンプルから抽出された混合ゲノム物質を分析するために使用される分子ツールであり、種の多様性と豊富さ、個体群構造、系統発生関係、機能遺伝子、環境要因との相関ネットワークなどに関する詳細な情報が得られます。ナノポアシークエンシングプラットフォームは最近導入されました。メタゲノム研究へ。リード長における優れたパフォーマンスにより、下流のメタゲノム解析、特にメタゲノムアセンブリが大幅に強化されました。リード長の利点を利用して、ナノポアベースのメタゲノム研究は、ショットガン メタゲノミクスと比較して、より連続的なアセンブリを達成できます。ナノポアベースのメタゲノミクスがマイクロバイオームから完全で閉じた細菌ゲノムを生成することに成功したことが発表されています (Moss, EL, et. al.ネイチャーバイオテック、2020）
プラットホーム：ナノポア プロメチオン P48
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16S/18S/ITS アンプリコン シーケンシング-PacBio
高度に保存された領域と超可変領域の両方を含む 16S および 18S rRNA のサブユニットは、原核生物と真核生物の同定に最適な分子フィンガープリントです。シーケンシングを利用することで、保存された部分に基づいてこれらのアンプリコンをターゲットにすることができ、微生物の同定のために超可変領域を完全に特徴付けることができ、微生物の多様性分析、分類学、系統学などをカバーする研究に貢献できます。 単一分子リアルタイム(SMRT) ) PacBio プラットフォームのシーケンスにより、完全長アンプリコン (約 1.5 Kb) をカバーできる高精度のロングリードの取得が可能になります。遺伝分野の視野が広がることにより、細菌または真菌群集における種の注釈の解像度が大幅に向上しました。
プラットホーム：PacBio シークエル II
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16S/18S/ITS アンプリコンシーケンス - NGS
16S/18S/ITS アンプリコン配列決定は、高度に変換された部分と超可変部分の両方を含むハウスキーピング遺伝子マーカーの PCR 産物を調査することにより、微生物群集における系統発生、分類学、および種の存在量を明らかにすることを目的としています。Woeses et al,(1977) によるこれらの完全な分子フィンガープリントの導入により、分離を必要としないマイクロバイオームのプロファイリングが可能になりました。16S (細菌)、18S (真菌) および内部転写スペーサー (ITS、真菌) の配列決定により、豊富な種だけでなく希少な未確認種の両方の同定が可能になります。この技術は、人間の口、腸、糞便など、さまざまな環境における異なる微生物組成を特定する上で広く応用され、主要なツールとなっています。
プラットホーム：イルミナ NovaSeq プラットフォーム
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細菌および真菌の全ゲノム再配列決定
細菌および真菌の全ゲノム再配列決定は、既知の細菌および真菌のゲノムを完全にするだけでなく、複数のゲノムを比較したり、新しい生物のゲノムをマッピングしたりするための重要なツールです。正確な参照ゲノムを生成し、微生物の同定やその他の比較ゲノム研究を行うために、細菌や真菌の全ゲノムの配列を決定することは非常に重要です。
プラットフォーム:Illumina NovaSeq プラットフォーム
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メタトランスクリプトーム配列決定
メタトランスクリプトーム シーケンスにより、自然環境 (土壌、水、海、糞便、腸など) 内の微生物 (真核生物と原核生物の両方) の遺伝子発現が特定されます。特に、このサービスでは、複雑な微生物群集の全遺伝子発現プロファイリング、分類学的分析を取得できます。種の分析、発現の異なる遺伝子の機能強化分析など。
プラットフォーム: Illumina NovaSeq プラットフォーム
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真菌ゲノム
Biomarker Technologies は、特定の研究目標に応じて、真菌のゲノム調査、微細ゲノム、完全ゲノムを提供します。次世代シーケンシング＋第三世代シーケンシングを組み合わせることで、ゲノムシークエンシング、アセンブリ、機能アノテーションを高レベルで実現できます。Hi-C テクノロジーを使用して、染色体レベルでのゲノム構築を促進することもできます。
プラットホーム：PacBio シークエル II
ナノポア プロメチオン P48
イルミナ NovaSeq プラットフォーム
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細菌の完全なゲノム
Biomarker Technologies は、ギャップゼロで細菌の完全なゲノムを構築するシーケンス サービスを提供します。細菌の完全なゲノム構築の主なワークフローには、特定の研究目標を達成する第 3 世代シーケンス、アセンブリ、機能アノテーション、および高度なバイオインフォマティクス分析が含まれます。細菌ゲノムのより包括的なプロファイリングは、その生物学的プロセスの根底にある基本的なメカニズムを明らかにすることを可能にし、高等真核生物種のゲノム研究に貴重な参考資料を提供する可能性もあります。
プラットホーム：ナノポア PromethION P48 + Illumina NovaSeq プラットフォーム
PacBio シークエル II
