ヒートマップ
マトリックス データ ファイルはヒート マップ描画に使用され、マトリックス データのフィルター、正規化、クラスター化が可能です。主に、異なるサンプル間の遺伝子発現レベルのクラスター分析に使用されます。
遺伝子アノテーション
遺伝子機能のアノテーションは、FASTA ファイル内の配列をさまざまなデータベースに対してマッピングすることによって実行されます。
遺伝子アノテーション
基本的なローカルアライメント検索ツール
CDS_UTR_予測
このツールは、既知のタンパク質データベースに対するブラスティングと ORF 予測に基づいて、特定の転写配列のコード領域 (CDS) と非コード領域 (UTR) を予測するように設計されています。
マンハッタン・プロット
マンハッタン プロットを使用すると、多数のデータ ポイントを含むデータを表示できます。これは、ゲノムワイド関連研究 (GWAS) で一般的に使用されます。
チルコス
CIRCOS 図により、ゲノム上の SNP、InDeL、SV、CNV 分布を直接表示できます。
GO_エンリッチメント
TopGO は、機能を強化するために設計されたツールです。TopGO-Bioconductor パッケージは、発現差解析、GO 濃縮解析、および結果の視覚化で構成されています。「Graph」という名前の出力フォルダーが生成され、topGO_BP、topGO_CC、topGO_MF の結果が含まれます。
WGCNA
WGCNA は、遺伝子共発現モジュールを発見するために広く使用されているデータマイニング手法です。マイクロアレイデータや次世代シークエンシング由来の遺伝子発現データなど、さまざまな発現データセットに適用できます。
インタープロスキャン
InterPro タンパク質配列の分析と分類
GO_KEGG_エンリッチメント
このツールは、提供された遺伝子セットと対応するアノテーションに基づいて、GO 濃縮ヒストグラム、KEGG 濃縮ヒストグラム、KEGG 濃縮経路を生成するように設計されています。