植物/動物のデノボゲノム配列決定
サービスのメリット
シーケンスプラットフォームとバイオインフォマティクスの開発デノボゲノムアセンブリ
(Amarasinghe SL ら、ゲノム生物学、2020）
● 新規ゲノムを構築し、対象種の既存の参照ゲノムを改良します。
● 組み立ての精度、連続性、完全性の向上
● 配列多型、QTL、遺伝子編集、育種等の研究のための基盤リソースの構築。
● あらゆる種類の第 3 世代シーケンシングプラットフォームを搭載：ワンストップのゲノムアセンブリソリューション
● 異なる特徴を持つ多様なゲノムを満たす柔軟なシーケンシングおよびアセンブル戦略
● 倍数体、巨大ゲノムなどを含む複雑なゲノムアセンブリに関する豊富な経験を持つ、高度に熟練したバイオインフォマティシャンチーム。
● 100 件を超える成功事例があり、累計公開インパクトファクターは 900 以上
● 染色体レベルのゲノムアセンブリの所要時間は最短 3 か月です。
● 実験面とバイオインフォマティクスの両方における一連の特許とソフトウェア著作権による確かな技術サポート。
サービス仕様
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コンテンツ
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プラットホーム
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読み取り長
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カバレッジ
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| ゲノム調査
| イルミナ ノヴァシーク
| PE150
| ≥ 50X
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| ゲノム配列決定
| パックバイオ レビオ
| 15 kb HiFi 読み取り
| ≥ 30X
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| ハイシー
| イルミナ ノヴァシーク
| PE150
| ≥100X
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作業の流れ
サンプルの要件と納品
サンプル要件:
| 種 | 組織 | パックバイオの場合 | ナノポア用 |
| 動物 | 内臓（肝臓、脾臓など） | 1.0g以上 | ≧3.5g |
| 筋 | ≧1.5g | ≧5.0g | |
| 哺乳類の血液 | 1.5mL以上 | 5.0mL以上 | |
| 魚や鳥の血 | 0.2mL以上 | 0.5mL以上 | |
| 植物 | 新鮮な葉 | ≧1.5g | ≧5.0g |
| 花びらまたは茎 | ≧3.5g | 10.0g以上 | |
| 根とか種子とか | 7.0g以上 | ≧20.0g | |
| 細胞 | 細胞培養 | ≧ 3×107 | ≥ 1×108 |
推奨されるサンプル配信
容器: 2 ml 遠沈管 (錫箔は推奨しません)
ほとんどのサンプルは、エタノール中で保存しないことをお勧めします。
サンプルのラベル付け: サンプルには明確にラベルが付けられ、提出されたサンプル情報フォームと同一である必要があります。
発送: ドライアイス: サンプルは最初にバッグに梱包し、ドライアイスに埋める必要があります。
サービスのワークフロー
実験計画
サンプル納品
DNA抽出
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターサービス
*ここに示されているデモ結果はすべて、Biomarker Technologies で公開されているゲノムからのものです
1. Circos の染色体レベルのゲノム構築G. ロトゥンディフォリウムNanopore シーケンスプラットフォームによる
王 M ら、分子生物学と進化、2021年
2.ウェイニンライ麦のゲノムアセンブリとアノテーションの統計
リー・ジーら、自然遺伝学、2021年
3.遺伝子予測セキウムエデュールゲノムは 3 つの予測方法から導き出されます。デノボ予測、相同性ベースの予測、RNA-Seq データベースの予測
Fu Aら、園芸研究、2021年
4.3つのワタゲノムにおける無傷の長い末端リピートの同定
王 M ら、分子生物学と進化、2021年
5.Hi-CヒートマップC.アクミナタゲノム全体にわたるオールバイオール相互作用を示すゲノム。Hi-C 相互作用の強度は、コンティグ間の直線距離に比例します。このヒート マップ上のきれいな直線は、染色体上のコンティグの非常に正確な固定を示しています。（コンティグアンカリング率：96.03％）
カン・Mら、ネイチャーコミュニケーションズ、2021年
BMKケース
高品質のゲノムアセンブリにより、ライ麦のゲノム特性と農学的に重要な遺伝子が強調表示されます
公開日: 自然遺伝学、2021年
シーケンス戦略:
ゲノムアセンブリ: 20 kb ライブラリーを使用した PacBio CLR モード (497 Gb、約 63 倍)
配列補正: Illumina プラットフォーム上の 270 bp DNA ライブラリー (430 Gb、約 54 倍) を使用した NGS
コンティグアンカリング: Illumina プラットフォーム上の Hi-C ライブラリ (560 Gb、約 71 倍)
光学マップ：（779.55 Gb、約 99 倍）Bionano Irys
主な結果
1. ウェイニンライ麦ゲノムのアセンブリが公開され、総ゲノムサイズは 7.74 Gb (フローサイトメトリーによる推定ゲノムサイズの 98.74%) でした。このアセンブリのスキャフォールド N50 は 1.04 Gb を達成しました。コンティグの 93.67% が 7 つの偽染色体にうまく固定されました。このアセンブリは、連鎖マップ、LAI、および BUSCO によって評価され、すべての評価で高いスコアが得られました。
2.このゲノムに基づいて、比較ゲノミクス、遺伝子連鎖地図、トランスクリプトミクス研究に関するさらなる研究が行われました。ゲノム全体にわたる遺伝子重複とそれらのデンプン生合成遺伝子への影響など、ゲノムの特徴に関連する一連の形質が明らかになった。複雑なプロラミン遺伝子座の物理的構成、初期出穂形質の基礎となる遺伝子発現の特徴、およびライ麦の推定家畜化関連染色体領域および遺伝子座。
 ウェイニンライ麦ゲノムのゲノム特徴に関するチルコス図 |  ライ麦ゲノムの進化的および染色体シンテニー解析 |
リー、G.、ワン、L.、ヤン、J.他。高品質のゲノムアセンブリにより、ライ麦のゲノム特性と農学的に重要な遺伝子が強調表示されます。ナット・ジュネット 53、574–584 (2021)。
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
