メタゲノムシーケンシング - ナノポア
サービスのメリット
●高品質なアセンブリー種の同定と機能遺伝子の予測精度の向上
● クローズドな細菌ゲノム分離
● 病原性微生物や抗生物質耐性関連遺伝子の検出など、さまざまな分野でのより強力で信頼性の高いアプリケーション
●比較メタゲノム解析
サービス仕様
| プラットホーム | シーケンス | 推奨データ | ターンアラウンドタイム |
| ナノポア | オント | 6G/10G | 65営業日 |
バイオインフォマティクス分析
●生データの品質管理
●メタゲノムアセンブリ
● 非重複遺伝子セットとアノテーション
●種の多様性分析
● 遺伝機能多様性解析
● グループ間分析
● 実験要因との関連分析
サンプルの要件と納品
サンプルの要件と納品
サンプル要件:
のためにDNA抽出物:
| サンプルの種類 | 額 | 集中 | 純度 |
| DNA抽出物 | 1～1.5μg | ＞ 20ng/μl | OD260/280=1.6-2.5 |
環境サンプルの場合:
| サンプルの種類 | 推奨されるサンプリング手順 |
| 土壌 | サンプリング量：約5g;残った枯れた物質は表面から取り除く必要があります。大きな断片を粉砕し、2 mm フィルターに通過させます。予約のために滅菌 EP チューブまたはサイロチューブにサンプルをアリコートします。 |
| 糞便 | サンプリング量：約5g;サンプルを収集し、予約のために滅菌 EP チューブまたはクライオチューブに分注します。 |
| 腸内容物 | サンプルは無菌条件下で処理する必要があります。採取した組織をPBSで洗浄します。PBS を遠心分離し、沈殿物を EP チューブに収集します。 |
| 汚泥 | サンプリング量：約5g;汚泥サンプルを収集し、予約のために滅菌 EP チューブまたはクライオチューブに分注します。 |
| 水域 | 水道水、井戸水など、微生物の量が限られたサンプルの場合は、少なくとも 1 L の水を集め、0.22 μm のフィルターを通過させ、膜上の微生物を濃縮します。メンブレンを滅菌チューブに保管します。 |
| 肌 | 滅菌綿棒または手術用ブレードで皮膚の表面を慎重にこすり、滅菌チューブに入れます。 |
推奨されるサンプル配信
サンプルを液体窒素で 3 ～ 4 時間凍結し、液体窒素または -80 度で長期保存します。サンプルの配送にはドライアイスが必要です。
サービスのワークフロー
サンプル納品
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターサービス
1.ヒートマップ: 種の豊富さのクラスタリング
2.KEGG代謝経路に注釈が付けられた機能遺伝子
3.種相関ネットワーク
4.CARD抗生物質耐性遺伝子のCircos
BMKケース
ナノポアメタゲノミクスにより、細菌性下気道感染症の迅速な臨床診断が可能になります
公開日:ネイチャーバイオテクノロジー、2019
技術的なハイライト
シーケンス: ナノポア MinION
臨床メタゲノミクスバイオインフォマティクス: 宿主 DNA 枯渇、WIMP および ARMA 分析
迅速な検出: 6 時間
高感度: 96.6%
主な結果
2006 年には、下気道感染症 (LR) により世界中で 300 万人が死亡しました。LR1 病原体検出の典型的な方法は培養ですが、感度が低く、所要時間が長く、初期の抗生物質療法の指針がありません。迅速かつ正確な微生物診断は、長い間緊急の必要性がありました。イースト・アングリア大学のジャスティン博士と彼のパートナーは、病原体検出のためのナノポアベースのメタゲノム法の開発に成功しました。彼らのワークフローによれば、宿主 DNA の 99.99% を枯渇させることができます。病原体や抗生物質耐性遺伝子の検出は6時間で完了します。
参照
Charalampous、T.、Kay、GL、Richardson、H.、Aydin、A.、および O'Grady、J.（2019年）。ナノポア メタゲノミクスにより、細菌性下気道感染症の迅速な臨床診断が可能になります。ネイチャーバイオテクノロジー、37(7)、1.
