-
植物/動物のdenovoゲノムシーケンス
デノボシーケンシングとは、リファレンスゲノムがない場合に、PacBio、Nanopore、NGSなどのシーケンシングテクノロジーを使用して種の全ゲノムを構築することを指します。第3世代シーケンシングテクノロジーの読み取り長の著しい改善により、ヘテロ接合性が高く、反復領域の比率が高く、倍数体などの複雑なゲノムを組み立てる新しい機会がもたらされました。読み取り長が数十キロベースレベルであるため、これらのシーケンシング読み取りにより反復要素、異常なGC含有量の領域、およびその他の非常に複雑な領域の解決。
プラットフォーム：PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Hi-Cベースのゲノムアセンブリ
Hi-Cは、プロービング近接ベースの相互作用とハイスループットシーケンスを組み合わせることにより、染色体構成をキャプチャするように設計された方法です。これらの相互作用の強度は、染色体上の物理的距離と負の相関があると考えられています。したがって、Hi-Cデータは、ドラフトゲノム内のアセンブルされた配列のクラスタリング、順序付け、および方向付けをガイドし、それらを特定の数の染色体に固定することができます。このテクノロジーは、人口ベースの遺伝子地図がない場合でも、染色体レベルのゲノムアセンブリを強化します。すべてのゲノムにはHi-Cが必要です。
プラットフォーム：Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
進化遺伝学
進化遺伝学は、SNP、InDels、SV、CNVなどの遺伝的変異に基づいて特定の材料の進化情報に関する包括的な解釈を提供するために設計されたパックシーケンスサービスです。集団構造、遺伝的多様性、系統発生関係など、集団の進化的変化と遺伝的特徴を説明するために必要なすべての基本的な分析を提供します。また、有効な集団サイズ、発散時間の推定を可能にする遺伝子フローに関する研究も含まれています。
-
比較ゲノミクス
比較ゲノミクスとは、文字通り、異なる種の完全なゲノム配列と構造を比較することを意味します。この分野は、異なる種間で保存または分化した配列構造と要素を特定することにより、種の進化、遺伝子機能、ゲノムレベルでの遺伝子調節メカニズムを明らかにすることを目的としています。典型的な比較ゲノミクス研究には、遺伝子ファミリー、進化発生、全ゲノム重複、選択圧などの分析が含まれます。
-
バルク分離分析
バルク分離分析（BSA）は、表現型に関連する遺伝子マーカーを迅速に特定するために採用された手法です。BSAの主なワークフローには、表現型が極端に反対の個人の2つのグループを選択し、すべての個人のDNAをプールして2つのバルクのDNAを形成し、2つのプール間の異なる配列を特定することが含まれます。この技術は、植物/動物ゲノムの標的遺伝子に強く関連する遺伝子マーカーを特定するために広く採用されています。
