BMKGENE のクライアントからの重要な事例を例に挙げて、野生のさまざまな研究種を研究する可能性を掘り下げます。Plant Biotechnology Journal の今年版に最近掲載された、「染色体レベルの野生パラゴムノキのゲノム: ゲノム支援育種の強化とゴム収量の向上のための重要な遺伝子座の発掘」というタイトルの記事は、貴重な参考資料となります。
ブラジルゴムの木 (Hevea brasiliensis) は、重要な天然ゴムの供給源としてそびえ立っています。過去 1 世紀を通じて、伝統的な育種方法によりゴム生産量は 6 倍という驚くべき急増を引き起こしました。しかし、ゴムの収量向上の可能性を担う根本的な遺伝的基盤は依然として謎に包まれています。
この研究は、Nanopore ロングリード シーケンス、Illumina NGS シーケンス、および Hi-C テクノロジーの相乗効果を利用して、野生のゴムの木の染色体レベルのゲノムの構築に着手しました。
並行して、イルミナ プラットフォームを使用した包括的な全ゲノム再配列 (WGS) のために、高収量変異、野生株、および関連種を含む 147 の遺伝質リソースの宝庫が集められました。その後の配列データは厳密な集団遺伝学分析を受け、集団構造、多様性、連鎖不均衡の詳細な分析が可能になりました。この分析により、集団間の家畜化の差異が明らかになりました。
さらなる研究には、特にウィッカムクローンに焦点を当てた、ラテックス収量の向上から生じる選択シグナルを明らかにすることを目的として、Fst、π、Tajima's D、および LD を含む分析が含まれました。
ゲノムワイド関連解析 (GWAS) の結果、収量形質に関連するマーカーと、その後の収量関連遺伝子が特定されました。最初の検証では、2 つの ERF 遺伝子のさまざまな変異体にわたる独特の転写活性が明らかになり、それらの機能的重要性について予備的な概要が得られました。今後の研究でさらなる裏付けが予定されています。
BMKGENE は、バイオインフォマティクス分析における重要な役割とともに、この膨大な集団の広範な全ゲノム再配列決定に貢献していることを誇りに思っています。当社の豊富な経験には、1000 以上の生物種にわたる NGS/TGS シーケンスおよびマルチオミクス バイオインフォマティクス分析が含まれます。今後のプロジェクトでお客様と提携できることを楽しみにしています。
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投稿日時: 2023 年 8 月 29 日