DNA/RNA シーケンス -PacBio Sequencer
特徴
PacBio シーケンサーの 2 つのシーケンス モード: Continuous Long Read (CLR) と Circular Consensus Read (CCS)
| シーケンスモード | ライブラリのサイズ | 理論データ収量 (細胞あたり) | シングルベース正確さ | アプリケーション |
| CLR | 20Kb、30Kbなど | 80GB～130GB | 約85% | デノボ、SV通話など。 |
| CCS | 15～20KB | 14 ～ 40 Gb/セル (Sequel II) 70 ～ 110 Gb/セル (Revio) サンプルにより異なります | 約99% | デノボ、SNP/Indel/SV コーリング、Iso-Seq、 |
RevioとSequel IIの性能と機能の比較
| 条項 | シークエルⅡシステム | レビオシステム | 増加 |
| より高い密度 | 800万ZMW | 2,500 万 ZMW | 3x |
| 独立したステージ | 1 | 4 | 4x |
| 実行時間の短縮 | 30時間 | 24時間 | 1.25倍 |
| 30X HiFi ヒトゲノム/年 | 88 | 1,300 | 1全体で5倍 |
サービスのメリット
● PacBio シーケンス プラットフォームで、さまざまな生物種を対象とした数千件のクローズド プロジェクトに関する 8 年以上の経験。
● 最新の PacBio シーケンシング プラットフォーム、Revio を完全装備し、十分なシーケンシング スループットを保証します。
● 所要時間の短縮、データ収量の向上、データの正確性の向上。
● 数百もの影響力の高い PacBio ベースの出版物に寄稿。
サンプル要件
| サンプルの種類 | 額 | 集中力（Qubit®） | 音量 | 純度 | その他 |
| ゲノムDNA | データ要件に応じて | ≥50 ng/μl | 15μl以上 | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5； 260nmに明確なピークがあり、汚染がない | 濃度は Qubit および Qubit/Nanopore = 0.8 ～ 2.5 で測定する必要があります。 |
| 総RNA | 1.2μg以上 | ≥120 ng/μl | 15μl以上 | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5；汚染がない | RIN値≧7.5 5≧28S/18S≧1 |
サービスのワークフロー
サンプルの準備
図書館の建設
シーケンス
データ分析
プロジェクトの実施
1.社内データ収量
63個のCCS細胞（26種）から生成されたデータ
| データ-PacBio-CCS-15 Kb | 平均 | マックス | 分 | 中央値 |
| 収量 - サブリード (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| イルド - CCS(GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| ポリメラーゼN50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| サブリード N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| 平均長 - ポリメラーゼ | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| 平均長 - サブリード | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| 平均長さ-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16個のCLR細胞（76種）から生成されたデータ
| データ-PacBio-CLR-30Kb | 平均 | マックス | 分 | 中央値 |
| 収量 - サブリード (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| ポリメラーゼN50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| サブリード N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| 平均長 - ポリメラーゼ | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| 平均長 - サブリード | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.データ QC – デモデータ収量に関する統計
| サンプル | ccs 読み取り数 | 総ccs塩基(bp) | ccs 読み取り N50 (bp) | ccs 平均長 (bp) | ccs 最長読み取り (bp) | サブリード塩基 (bp) | ccs率(%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
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