circRNA シーケンス - イルミナ
サービスのメリット
● CircRNA は mRNA 発現調節と高い相関関係がある
● circRNA - miRNA - mRNA の制御システムに参加
● 既知の circRNA と新規の circRNA 予測の同定と統計
● BMKCloud ベースの結果配信: プラットフォーム上でカスタマイズされたデータ マイニングが利用可能です。
● プロジェクト完了後 3 か月間有効なアフターサービス
サンプルの要件と納品
| 図書館 | プラットホーム | 推奨データ | データQC |
| rRNAの枯渇 | イルミナPE150 | 16ギガバイト | Q30≧85% |
ヌクレオチド:
| 濃度(ng/μl) | 量（μg） | 純度 | 誠実さ |
| ≥ 100 | ≧ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5～2.5 ゲル上にタンパク質や DNA の汚染はほとんど見られないか、まったく見られません。 | 植物の場合: RIN≥6.5。 動物の場合：RIN≧7.0。 5.0≧28S/18S≧1.0; 基準高度が限られているか、基準高度がない |
サンプル要件:
ティッシュ: 重量 (乾燥): ≥1 g
※5 mg未満の組織については、急速冷凍（液体窒素）した組織サンプルをお送りいただくことをお勧めします。
細胞懸濁液: 細胞数 = 3×107
※細胞ライセートは凍結して発送することをお勧めします。セル数が5×10未満の場合5、液体窒素で急速冷凍することをお勧めします。
血液サンプル：
PA×遺伝子血液RNAチューブ;
6mLLTRIzolと2mLの血液(トリゾール:血=3:1)
推奨されるサンプル配信
容器: 2 ml 遠沈管 (錫箔は推奨しません)
ラベル付けのサンプル: グループ + 複製 (A1、A2、A3 など)。B1、B2、B3……
出荷:
ドライアイス: サンプルは袋に詰めてドライアイスに埋める必要があります。
RNAstable チューブ: RNA サンプルは RNA 安定化チューブ (例: RNAstable®) 内で乾燥され、室温で出荷されます。
サービスのワークフロー
実験計画
サンプル納品
RNA抽出
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターサービス
バイオインフォマティクス
1.CircRNAホスト
circRNA の大部分は、イントロンや遺伝子間領域ではなくエクソンに由来することが報告されています。さらに、circRNA の分布は染色体間で大きく異なります。したがって、異なる遺伝子領域および異なる染色体上の circRNA 宿主の分布を含め、異なるサンプル間での circRNA 宿主の異なる分布を評価することは非常に価値があります。
circRNA ホストの分布
2.DE-circRNAのクラスタリング解析
差次的に発現されるcircRNAの階層的クラスタリング
3.DE-circRNA 宿主遺伝子の GO アノテーション
DE-circRNA 宿主遺伝子の GO 分類
BMKケース
CPSF4は肝細胞癌におけるcircRNA形成とmicroRNA媒介遺伝子サイレンシングを調節する
公開日: がん遺伝子,2021
主な結果
1. HCCではCPSF4発現が上方制御されており、CPSF4の高発現はHCC患者の予後不良と関連している
2. CPSF4 は、ポリアデニル化シグナル配列を持つ circRNA のレベルを低下させ、この circRNA の減少により miRNA の蓄積が減少し、HCC における miRNA を介した遺伝子サイレンシングが破壊されます。
3.細胞培養および異種移植マウスモデルにおける実験により、CPSF4がHCC細胞の増殖を促進し、腫瘍形成性を高めることが示されました。さらに、CPSF4はHCCにおけるその下流circRNAの腫瘍抑制効果に拮抗する
 miRNAレベルとタンパク質レベル |
Wang X、Dong J、Li X 他CPSF4は、肝細胞癌におけるcircRNA形成とmicroRNAを介した遺伝子サイレンシングを調節します[J]。オンコジーン.DOI： 10.1038/s41388-021-01867-6
