16S/18S/ITS アンプリコンシーケンス - NGS
サービスのメリット
● 環境サンプル中の微生物組成を分離せずに迅速に同定
● 環境サンプル中の微量成分の高分解能
● データベース、アノテーション、OTU/ASV の観点から多様な分析を行う最新の QIIME2 分析フロー。
● 高スループット、高精度
●多様な微生物群集研究に応用可能
●BMKは、土壌、水、ガス、汚泥、糞便、腸、皮膚、発酵液、昆虫、植物などを対象に、年間10万件以上のサンプルを扱う豊富な経験を持っています。
● BMKCloud は、45 個のパーソナライズされた分析ツールを含むデータ解釈を容易にします。
サービス仕様
| シーケンスプラットホーム | 図書館 | 推奨されるデータ収量 | 推定所要時間 |
| イルミナ NovaSeq プラットフォーム | PE250 | 50K/100K/300K タグ | 30日 |
バイオインフォマティクス分析
●生データの品質管理
● OTUクラスタリング/ノイズ除去(ASV)
● OTU アノテーション
● アルファの多様性
● ベータの多様性
● グループ間分析
● 実験要因との関連分析
● 機能遺伝子の予測
サンプルの要件と納品
サンプル要件:
のためにDNA抽出物:
| サンプルの種類 | 額 | 集中 | 純度 |
| DNA抽出物 | ＞30ng | ＞ 1ng/μl | OD260/280=1.6-2.5 |
環境サンプルの場合:
| サンプルの種類 | 推奨されるサンプリング手順 |
| 土壌 | サンプリング量：約5g;残った枯れた物質は表面から取り除く必要があります。大きな断片を粉砕し、2 mm フィルターに通過させます。予約のために滅菌 EP チューブまたはサイロチューブにサンプルをアリコートします。 |
| 糞便 | サンプリング量：約5g;サンプルを収集し、予約のために滅菌 EP チューブまたはクライオチューブに分注します。 |
| 腸内容物 | サンプルは無菌条件下で処理する必要があります。採取した組織をPBSで洗浄します。PBS を遠心分離し、沈殿物を EP チューブに収集します。 |
| 汚泥 | サンプリング量：約5g;汚泥サンプルを収集し、予約のために滅菌 EP チューブまたはクライオチューブに分注します。 |
| 水域 | 水道水、井戸水など、微生物の量が限られたサンプルの場合は、少なくとも 1 L の水を集め、0.22 μm のフィルターを通過させ、膜上の微生物を濃縮します。メンブレンを滅菌チューブに保管します。 |
| 肌 | 滅菌綿棒または手術用ブレードで皮膚の表面を慎重にこすり、滅菌チューブに入れます。 |
推奨されるサンプル配信
サンプルを液体窒素で 3 ～ 4 時間凍結し、液体窒素または -80 度で長期保存します。サンプルの配送にはドライアイスが必要です。
サービスのワークフロー
サンプル納品
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターサービス
1.種の分布
2.ヒートマップ: 種の豊富さのクラスタリング
3.レア派閥曲線
4.NMDS分析
5.レフト解析
BMKケース
2型糖尿病を患っている肥満者とそうでない肥満者では、腸内細菌の機能能力と組成が異なることが示される
公開日:細胞宿主と微生物、2019
シーケンス戦略:
痩せ型の非糖尿病 (n=633)。糖尿病ではない肥満 (n=494);肥満 2 型糖尿病 (n=153);
対象領域：16S rDNA V1-V2
プラットフォーム: Illumina Miseq (NGS ベースのアンプリコン シーケンス)
DNA 抽出物のサブセットを Illumina Hiseq でメタゲノム配列決定した
主な結果
これらの代謝性疾患の微生物プロファイリングは首尾よく区別されました。
16S シーケンシングによって生成された微生物の特徴を比較することにより、肥満は微生物の組成、個々の特徴の変化、特にアッカーマンシア属、フェカリバクテリウム属、オシリバクター属、アリスティペス属などの大幅な減少と関連していることが判明しました。さらに、T2D は大腸菌/赤癬菌の増加と関連していることが判明しました。 。
参照
シングホルム、LB、他。「2型糖尿病を患っている肥満者とそうでない肥満者では、腸内細菌の機能能力と組成が異なる。」細胞宿主と微生物26.2(2019)。
