מגירת מפת חום משמשת לציור מפת חום, שיכולה לסנן, לנרמל ולאסוף נתונים מטריצות. היא משמשת בעיקר לניתוח אשכולות של רמת ביטוי גנים בין דגימות שונות.
צירוף פונקציות ביולוגיות לרצפים בקובץ FASTA על ידי יישור רצפים למסד נתונים, כולל NR, KEGG, COG, SwissProt, TrEMBL, KOG, Pfam.
BLAST (כלי חיפוש יישור מקומי) הוא אלגוריתם ותוכנית למציאת אזורים עם רצפים ביולוגיים דומים.הוא משווה את הרצפים הללו לבסיסי נתונים של רצף ומחשב את המובהקות הסטטיסטית.BLAST מורכב מארבעה סוגי כלים המבוססים על סוג רצף: blastn, lastp, blastx ו-tblastn.