רצף קטעים מוגבר של לוקוס ספציפי (SLAF-Seq)
פרטי שירות
תכנית טכנית
זרימת עבודה
יתרונות השירות
יעילות גבוהה לגילוי סמנים- טכנולוגיית רצף תפוקה גבוהה מסייעת ל-SLAF-Seq בגילוי מאות אלפי תגים בתוך הגנום כולו.
תלות נמוכה בגנום- ניתן ליישם אותו על מינים עם או בלי גנום ייחוס.
עיצוב סכימה גמישה- אנזים בודד, כפול, עיכול רב-אנזים וסוגים שונים של אנזימים, כולם ניתנים לבחירה כדי לתת מענה למטרות מחקר או מינים שונים.הערכה מוקדמת בסיליקו משמשת כדי להבטיח עיצוב אנזים אופטימלי.
עיכול אנזימטי יעיל- ניסוי מקדים בוצע כדי לייעל את התנאים, מה שהופך את הניסוי הפורמלי ליציב ואמין.יעילות איסוף השברים יכולה להגיע למעל 95%.
תגי SLAF מפוזרים באופן שווה- תגי SLAF מפוזרים באופן שווה בכל הכרומוזומים במידה הרבה ביותר, ומשיגים ממוצע של 1 SLAF לכל 4 kb.
הימנעות יעילה מחזרות- רצף חוזר בנתוני SLAF-Seq מופחת לנמוך מ-5%, במיוחד במינים עם רמה גבוהה של חזרות, כגון חיטה, תירס וכו'.
ניסיון רב-מעל 2000 פרויקטים של SLAF-Seq סגורים על מאות מינים המכסים צמחים, יונקים, ציפורים, חרקים, אורגניזמים מים וכו'.
זרימת עבודה ביואינפורמטיבית בפיתוח עצמי- זרימת עבודה ביואינפורמטית משולבת עבור SLAF-Seq פותחה על ידי BMKGENE כדי להבטיח אמינות ודיוק של הפלט הסופי.
מפרט שירות
| פּלַטפוֹרמָה | Conc.(ng/gl) | סה"כ (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(כרך>15μl) | 1.6-2.5 |
אסטרטגיית רצף מומלצת
עומק רצף: 10X/תג
| גודל הגנום | תגיות SLAF מומלצות |
| < 500 מגה-ביט | 100K או WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| גנומים ענקיים או מורכבים | 300 - 400K |
| יישומים
| מוּמלָץ סולם אוכלוסייה
| אסטרטגיית רצף ועומק
| |
| עוֹמֶק
| מספר תג
| ||
| GWAS
| מספר דוגמה ≥ 200
| פי 10
|
לפי גודל הגנום
|
| אבולוציה גנטית
| בודדים מכל אחד תת-קבוצה ≥ 10; סה"כ דגימות ≥ 30
| פי 10
| |
משלוח לדוגמא מומלץ
מיכל: שפופרת צנטריפוגה 2 מ"ל
עבור רוב הדגימות, אנו ממליצים לא לשמר באתנול.
תיוג לדוגמה: דגימות צריכות להיות מסומנות בבירור וזהות לטופס המידע המוגש לדוגמא.
משלוח: קרח יבש: יש לארוז תחילה את הדגימות בשקיות ולקבור אותן בקרח יבש.
זרימת עבודה של שירות
QC לדוגמה
ניסוי טייס
ניסוי SLAF
הכנת ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
שירותים לאחר המכירה
1. סטטיסטיקה של תוצאת המפה
2. פיתוח סמן SLAF
3. ביאור וריאציה
| שָׁנָה | כתב עת | IF | כותרת | יישומים |
| 2022 | תקשורת בטבע | 17.694 | בסיס גנומי של הג'יגה-כרומוזומים והג'יגה-גנום של אדמונית העץ Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | פיטולוג חדש | 7.433 | טביעות הרגל של ביות מעגנות אזורים גנומיים בעלי חשיבות אגרונומית ב פולי סויה | SLAF-GWAS |
| 2022 | כתב עת למחקר מתקדם | 12.822 | כניסות מלאכותיות של Gossypium barbadense לרחבי הגנום לתוך G. hirsutum לחשוף לוקוסים מעולים לשיפור בו-זמנית של איכות ותפוקת סיבי הכותנה תכונות | SLAF-גנטיקה אבולוציונית |
| 2019 | צמח מולקולרי | 10.81 | ניתוח גנומי של אוכלוסיות ואסיפת דה נובו חושפים את מקורו של ווידי אורז כמשחק אבולוציוני | SLAF-גנטיקה אבולוציונית |
| 2019 | גנטיקה של הטבע | 31.616 | רצף הגנום והמגוון הגנטי של הקרפיון המצוי, Cyprinus carpio | מפת SLAF-Linkage |
| 2014 | גנטיקה של הטבע | 25.455 | הגנום של בוטנים תרבותיים מספק תובנה לגבי קריוטיפים של קטניות, פוליפלואידים אבולוציה וביות יבולים. | מפת SLAF-Linkage |
| 2022 | יומן ביוטכנולוגיה צמחית | 9.803 | זיהוי של ST1 חושף מבחר הכרוך בטרמפים של מורפולוגיה של זרעים ותכולת שמן במהלך ביות פולי סויה | פיתוח SLAF-Marker |
| 2022 | כתב העת הבינלאומי למדעים מולקולריים | 6.208 | זיהוי ופיתוח סמן DNA עבור Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) החלפת כרומוזומים דיסומיים | פיתוח SLAF-Marker |
