פלטפורמה: פלטפורמת Illumina NovaSeq, PE150
סוג ספרייה: 350bp insert cDNA ספריית (תלוי בהפצה שיא)
אסטרטגיית רצף: Paired-End 150 bp
כמות נתונים מומלצת: 2 Gb נתונים גולמיים/דגימה
(1) בקרת איכות רצף הנתונים: התפלגות נוקלאוטידים, התפלגות איכות הבסיס, הערכת יחס rRNA;
(2) ניתוח יישור רצף: נתונים סטטיסטיים של תוצאות יישור, רוויה של רצף, כיסוי של רצף;
(3) ביאור גנום התייחסות (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);
(4) ניתוח ביטוי: התפלגות ביטוי (עם שתי דגימות או יותר), ניתוח ביטוי בין דגימות (ניתוח וון, ניתוח מתאם, ניתוח PCA);
(5) ניתוח ביטוי דיפרנציאלי (עם שתי דגימות או יותר);
(6) ניתוח מערכי גנים: ניתוח Venn, ניתוח אשכולות, ניתוח ביאור פונקציות (COG, GO, KEGG), ניתוח העשרה של פונקציות (GO, KEGG), גרף אקורדי העשרת פונקציות, ניתוח Ipath;
(7) ניתוח sRNA: חיזוי sRNA, ביאור sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), חיזוי מבנה משני של sRNA, חיזוי גן יעד של sRNA;
(8) ניתוח מבנה תמלול: ניתוח אופרונים, חיזוי אתרי התחלה וסיום של תמלול, ביאור וניתוח UTR, חיזוי רצף מקדם, ניתוח SNP/InDel (ביאור SNP/InDel, התפלגות אזורית SNP/InDel, סטטיסטיקות SNP).