-
רצף חיסוני כרומטין (ChIP-seq)
ChIP-Seq מספקת פרופיל גנום רחב של יעדי DNA עבור שינוי היסטון, גורמי שעתוק וחלבונים אחרים הקשורים ל-DNA.הוא משלב את הסלקטיביות של משקעים אימונו של כרומטין (ChIP) כדי לשחזר מתחמי חלבון-DNA ספציפיים, עם הכוח של רצף הדור הבא (NGS) עבור רצף תפוקה גבוהה של ה-DNA המשוחזר.בנוסף, מכיוון שמתחמי החלבון-DNA משוחזרים מתאי חיים, ניתן להשוות אתרי קישור בסוגי תאים ורקמות שונות, או בתנאים שונים.היישומים נעים בין ויסות שעתוק למסלולי התפתחות למנגנוני מחלה ומעבר לכך.
פלטפורמה: פלטפורמת Illumina NovaSeq
-
רצף מטאנומי -NGS
מטאנום מתייחס לאוסף של חומר גנטי כולל של קהילה מעורבת של אורגניזמים, כגון מטאנום סביבתי, מטאנום אנושי וכו'. הוא מכיל גנומים של מיקרואורגניזמים ניתנים לטיפוח ולא ניתנים לטיפוח כאחד.רצף מטאנומי הוא כלי מולקולרי המשמש לניתוח החומרים הגנומיים המעורבים המופקים מדגימות סביבתיות, המספק מידע מפורט על מגוון המינים ושכיחותם, מבנה האוכלוסייה, קשר פילוגנטי, גנים פונקציונליים ורשת מתאם עם גורמים סביבתיים.
פּלַטפוֹרמָה:פלטפורמת Illumina NovaSeq
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics הוא כלי מולקולרי המשמש לניתוח החומרים הגנומיים המעורבים המופקים מדגימות סביבתיות, המספק מידע מפורט במגוון ובשפע המינים, מבנה אוכלוסיה, קשר פילוגנטי, גנים פונקציונליים ורשת מתאם עם גורמים סביבתיים וכו'. לאחרונה הוצגו פלטפורמות רצף Nanopore. למחקרים מטגנומיים.הביצועים הבולטים שלו באורך הקריאה שיפרו במידה רבה את הניתוח המטאנומי במורד הזרם, במיוחד הרכבת המטאנום.תוך ניצול היתרונות של אורך הקריאה, מחקר מטאנומי מבוסס Nanopore מסוגל להשיג הרכבה רציפה יותר בהשוואה למטאנומיקה של רובה ציד.פורסם שמטגנומיקה מבוססת Nanopore יצרה בהצלחה גנום חיידקי מלא וסגור ממיקרוביום (Moss, EL, et. al,טבע ביוטק, 2020)
פּלַטפוֹרמָה:Nanopore PromethION P48
-
רצף בי-סולפיט שלם של הגנום
מתילציה של DNA במיקום החמישי בציטוזין (5-mC) משפיעה מהותית על ביטוי הגנים והפעילות התאית.דפוסי מתילציה חריגים נקשרו למספר מצבים ומחלות, כגון סרטן.WGBS הפך לסטנדרט הזהב לחקר מתילציה בכל הגנום ברזולוציית בסיס בודד.
פלטפורמה: פלטפורמת Illumina NovaSeq
-
מבחן עבור כרומטין נגיש ל-Transposase עם רצף תפוקה גבוה (ATAC-seq)
ATAC-seq היא שיטת ריצוף בתפוקה גבוהה לניתוח נגישות לכרומטין רחב הגנום, שחשובה לבקרה אפיגנטית גלובלית של ביטוי גנים.מתאמי רצף מוכנסים לאזורי כרומטין פתוחים על ידי טרנספוזאז Tn5 היפראקטיבי.לאחר הגברה של PCR, נבנית ספריית רצף.ניתן להשיג את כל אזורי הכרומטין הפתוחים בתנאי מרחב-זמן ספציפיים, לא רק לאתרי הקישור של גורם שעתוק, או לאזור מסוים עם שינוי היסטון.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
תת-היחידה על rRNA 16S ו-18S המכילה גם אזורים שמורים מאוד וגם אזורים היפר-משתנים היא טביעת אצבע מולקולרית מושלמת לזיהוי אורגניזמים פרוקריוטיים ואוקריוטיים.תוך ניצול היתרון של ריצוף, ניתן למקד את האמפליקונים הללו על סמך החלקים המשתמרים וניתן לאפיין את האזורים ההיפר-משתנים במלואם לזיהוי מיקרוביאלי התורם למחקרים המכסים ניתוח מגוון מיקרוביאלי, טקסונומיה, פילוגניה וכו'. מולקולה בודדת בזמן אמת (SMRT) ) ריצוף של פלטפורמת PacBio מאפשר השגת קריאות ארוכות מדויקות ביותר, שיכולות לכסות אמפליקונים באורך מלא (כ-1.5 Kb).הראייה הרחבה של השדה הגנטי הגדילה מאוד את הרזולוציה בביאור המינים בקהילת חיידקים או פטריות.
פּלַטפוֹרמָה:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
רצף האמפליקונים של 16S/18S/ITS מטרתו לחשוף פילוגניה, טקסונומיה ושפע מינים בקהילה מיקרוביאלית על ידי חקירת תוצרי PCR של סמנים גנטיים למשק בית המכילים גם חלקים בעלי שיחות גבוהות וגם חלקים היפר-משתנים.הצגת טביעות האצבע המולקולריות המושלמות הללו על ידי Woeses et al,(1977) מעצימה פרופיל מיקרוביום ללא בידוד.ריצוף של 16S (חיידקים), 18S (פטריות) ו-Internal transscriber spacer (ITS, fungi) מאפשר זיהוי של מינים בשפע וגם של מינים נדירים ולא מזוהים.טכנולוגיה זו הפכה לכלי יישומי ועיקרי בזיהוי הרכב מיקרוביאלי דיפרנציאלי בסביבות שונות, כגון פה אנושי, מעיים, צואה וכו'.
פּלַטפוֹרמָה:פלטפורמת Illumina NovaSeq
-
ריצוף מחדש של גנום שלם של חיידקים ופטריות
ריצוף מחדש של גנום שלם של חיידקים ופטריות הוא כלי קריטי להשלמת הגנום של חיידקים ופטריות ידועים, כמו גם להשוואת גנומים מרובים או למיפוי גנומים של אורגניזמים חדשים.ישנה חשיבות רבה לרצף גנומים שלמים של חיידקים ופטריות על מנת ליצור גנום ייחוס מדויק, לבצע זיהוי מיקרוביאלי ומחקרי גנום השוואתיים אחרים.
פלטפורמה: פלטפורמת Illumina NovaSeq
-
PacBio באורך מלא 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
פלטפורמת Amplicon (16S/18S/ITS) פותחה עם שנים של ניסיון בניתוח פרויקטים של מגוון מיקרוביאלי, המכילה ניתוח בסיסי וניתוח מותאם אישית: ניתוח בסיסי מכסה את תוכן הניתוח המיינסטרים של מחקר מיקרוביאלי עדכני, תוכן הניתוח עשיר ומקיף, ותוצאות הניתוח מוצגות בצורה של דוחות פרויקטים;התוכן של ניתוח מותאם אישית הוא מגוון.ניתן לבחור דוגמאות וניתן להגדיר פרמטרים באופן גמיש בהתאם לדוח הניתוח הבסיסי ולמטרת המחקר, כדי לממש דרישות מותאמות אישית.מערכת הפעלה Windows, פשוטה ומהירה.
-
PacBio-Transcriptome באורך מלא (ללא התייחסות)
אם לוקחים נתוני רצף איזופורמים של Pacific Biosciences (PacBio) כקלט, אפליקציה זו מסוגלת לזהות רצפי תמלול באורך מלא (ללא הרכבה).על ידי מיפוי רצפים באורך מלא מול גנום התייחסות, ניתן לבצע אופטימיזציה לתמלילים על ידי גנים ידועים, תעתיקים, אזורי קידוד וכו'. במקרה זה, ניתן להשיג זיהוי מדויק יותר של מבני mRNA, כגון שחבור חלופי וכו'.ניתוח משותף עם נתוני רצף תעתיק של NGS מאפשר הערה מקיפה יותר וכימות מדויק יותר בביטוי ברמת התמלול, מה שמטיב במידה רבה עם ביטוי דיפרנציאלי במורד הזרם וניתוח פונקציונלי.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
מחקר מתילציה של DNA תמיד היה נושא חם בחקר מחלות, והוא קשור קשר הדוק לביטוי גנים ולתכונות פנוטיפיות.RRBS היא שיטה מדויקת, יעילה וחסכונית למחקר מתילציה של DNA.העשרה של אזורי פרומטור ואיי CpG על ידי ביקוע אנזימטי (Msp I), בשילוב עם רצף Bisulfite, מספקת זיהוי מתילציה של DNA ברזולוציה גבוהה.
פלטפורמה: פלטפורמת Illumina NovaSeq
-
רצף mRNA פרוקריוטי
רצף mRNA מעצים את הפרופיל המקיף של כל תעתיקי ה-mRNA בתוך תאים בתנאים ספציפיים.טכנולוגיה חדשנית זו משמשת ככלי רב עוצמה, חושפת פרופילי ביטוי גנים מורכבים, מבני גנים ומנגנונים מולקולריים הקשורים לתהליכים ביולוגיים מגוונים.אימוץ נרחב במחקר בסיסי, אבחון קליני ופיתוח תרופות, רצף mRNA מציע תובנות על המורכבויות של דינמיקה תאית וויסות גנטי.עיבוד דגימת ה-mRNA הפרוקריוטית שלנו מותאם עבור תעתיקים פרוקריוטיים, הכולל דלדול rRNA והכנת ספרייה כיוונית.
פלטפורמה: Illumina NovaSeq X
